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万見
- PDB-8rjq: Serial femtosecond X-ray structure of a fluorescence optimized ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rjq
タイトルSerial femtosecond X-ray structure of a fluorescence optimized bathy phytochrome PAiRFP2 derived from wild-type Agp2 in I3 intermediate state.
要素histidine kinase
キーワードSIGNALING PROTEIN / fluorescent protein / phytochrome / bacteriophytochrome / intermediate / optogenetic
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / detection of visible light / histidine kinase / photoreceptor activity / phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region ...Bacteriophytochrome, CheY-like / Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EL5 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sauthof, L. / Schmidt, A. / Szczepek, M. / Brewster, A.S. / Kern, J.F. / Scheerer, P.
資金援助 ドイツ, イスラエル, 米国, 英国, 9件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC1078 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1423 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 311 2008/1 ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF)BIF Travel Grant ドイツ
Israel Science Foundation3131/20 イスラエル
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515, DE-AC02-05CH11231 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM05530, GM110501, GM126289, GM117126, S10 OD023453 米国
Wellcome Trust210734/Z/18/Z 英国
Royal SocietyRSWF- R2 - 182017 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Serial-femtosecond crystallography reveals how a phytochrome variant couples chromophore and protein structural changes.
著者: Sauthof, L. / Szczepek, M. / Schmidt, A. / Bhowmick, A. / Dasgupta, M. / Mackintosh, M.J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Michael, N. / Heyder, N.A. / Bauer, B. / ...著者: Sauthof, L. / Szczepek, M. / Schmidt, A. / Bhowmick, A. / Dasgupta, M. / Mackintosh, M.J. / Gul, S. / Fuller, F.D. / Chatterjee, R. / Young, I.D. / Michael, N. / Heyder, N.A. / Bauer, B. / Koch, A. / Bogacz, I. / Kim, I.S. / Simon, P.S. / Butryn, A. / Aller, P. / Chukhutsina, V.U. / Baxter, J.M. / Hutchison, C.D.M. / Liebschner, D. / Poon, B. / Sauter, N.K. / Miller, M.D. / Alonso-Mori, R. / Hunter, M.S. / Batyuk, A. / Owada, S. / Tono, K. / Tanaka, R. / van Thor, J.J. / Krauss, N. / Lamparter, T. / Brewster, A.S. / Schapiro, I. / Orville, A.M. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Hildebrandt, P. / Kern, J.F. / Scheerer, P.
履歴
登録2023年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: histidine kinase
B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,34516
ポリマ－115,0152
非ポリマー2,33014
水2,072115
1
A: histidine kinase
ヘテロ分子

A: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,34116
ポリマ－115,0152
非ポリマー2,32614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area41290 Å2
手法PISA
2
B: histidine kinase
ヘテロ分子

B: histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,34916
ポリマ－115,0152
非ポリマー2,33414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area8400 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area41330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.641, 184.641, 182.171
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-604-

SO4

21A-604-

SO4

31B-605-

SO4

41B-605-

SO4

51A-702-

HOH

61B-705-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 histidine kinase


分子量: 57507.484 Da / 分子数: 2
変異: K69R, R83K, G120D, A123T, M163L, Q168E, R220P, S243N, V244F, G269D, A276V, Y270C, E294A, H303F, H333R, I336L, D349R, M351I, A386V, G409D, L419I, T469S, A487T, E494G
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium fabrum str. C58 (バクテリア)
遺伝子: Atu2165 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9CI81, histidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 129分子

#2: 化合物 ChemComp-EL5 / 3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid / biliverdin, bound form at Pfr state


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 %
結晶化温度: 279 K / 手法: batch mode
詳細: 1.0 - 2.2 M ammonium sulphate, 2 - 12% PEG 1000, 0.1 M HEPES pH 6.8 - 7.7, 0.025% low-melt agarose

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.30096 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX170-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.30096 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→26.03 Å / Num. obs: 68403 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 533.4 % / CC1/2: 0.924 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 4581 / CC1/2: 0.034

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PRIMEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→26.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 10.084 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2213 1997 2.8 %RANDOM
Rwork0.20348 ---
obs0.20398 68403 98.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.27 Å2-0 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→26.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7429 0 153 115 7697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0137934
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0157284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.64210828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.161.57216668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6035986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.59719.425426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.402151169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8381557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.040.21031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.021835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2537.0933934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2537.0923933
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.78810.6274913
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.78810.6294914
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4337.3274000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4337.3284001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.1710.8975911
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.5980.3888376
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.5980.3958377
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 132 -
Rwork0.395 4581 -
obs--90.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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