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万見
- PDB-8rji: HLA A*2402-NF9_5R pMHC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rji
タイトルHLA A*2402-NF9_5R pMHC complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • Spike glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / HUMAN / MHC / Covid-19
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC ...: / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / iron ion transport / negative regulation of neuron projection development / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / learning or memory / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Surface glycoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wall, A. / Motozono, C. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Fuller, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HLA A*2402-NF9_5R pMHC complex
著者: Wall, A. / Motozono, C. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Fuller, A.
履歴
登録2023年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike glycoprotein
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Spike glycoprotein
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: Spike glycoprotein
I: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,87212
ポリマ－179,87212
非ポリマー00
水6,431357
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9683
ポリマ－44,9683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9683
ポリマ－44,9683
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
3
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9683
ポリマ－44,9683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4530 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
4
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: Spike glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9683
ポリマ－44,9683
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.281, 77.018, 111.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
1010
1111
1212
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
MHC class I antigen


分子量: 31778.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 1310.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: A0A8B6RM54
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.86 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Glycerol 15% v/v Polyethylene glycol 4000, 20% w/v Sodium Cacodylate, 0.1 M, pH 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→54.8 Å / Num. obs: 73135 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.191 / Num. measured all: 29794 / Num. unique obs: 4344 / CC1/2: 0.677 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 1.289 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→54.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 21.959 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26524 3589 4.9 %RANDOM
Rwork0.21686 ---
obs0.21927 69442 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.207 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å2-0 Å2-0.78 Å2
2---0.96 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→54.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12676 0 0 357 13033
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01313036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.01511596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4471.6617672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2011.58626712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.38851528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.42121.34836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.303152144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.34815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023284
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9461.7836148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9461.7836147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5832.677664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5832.677665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.181.9356888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.181.9356888
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.9582.84210008
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.78719.74913858
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.77419.68413829
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A87670.08
12D87670.08
21A89350.06
22G89350.06
31A86970.08
32J86970.08
41B31130.05
42E31130.05
51B31170.05
52H31170.05
61B31000.05
62K31000.05
71D88040.07
72G88040.07
81D88770.06
82J88770.06
91E30960.05
92H30960.05
101E31160.05
102K31160.05
111G87510.07
112J87510.07
121H31140.06
122K31140.06
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 260 -
Rwork0.338 5035 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.08640.36041.02793.41920.72223.4496-0.09030.07660.1310.10110.0542-0.0748-0.17410.00620.03610.180.0095-0.06850.020.00670.0356-6.86439.1885-2.206
23.6134-3.7894-0.01675.4126-0.77341.7652-0.09260.02720.3850.0023-0.0797-0.7774-0.09380.22220.17220.2982-0.0319-0.13160.1573-0.00890.225917.9844-8.797616.505
33.03630.19321.64763.3662-0.77146.6364-0.1504-0.3953-0.14030.69270.12730.0740.0981-0.11560.02310.26010.0974-0.00640.09310.02990.0634-4.6168-7.53719.6744
42.9242-1.11421.5692.8001-0.83054.6971-0.238-0.11140.22220.07760.0017-0.0759-0.668-0.02040.23620.39150.0257-0.11830.016-0.01850.046817.929846.4071107.2656
51.8531.96160.37836.71873.08723.18270.0441-0.35530.2590.2447-0.3840.98440.1507-0.68290.33980.24870.0363-0.02650.3613-0.02590.1721-4.758326.470486.5305
62.40930.17412.10051.92151.04067.4483-0.03820.1912-0.1621-0.2760.0614-0.16750.06380.1714-0.02310.1124-0.03180.03940.057-0.03950.052317.526830.037485.236
73.28220.44981.7633.35761.08373.6860.2411-0.168-0.38490.01860.0516-0.04030.31010.0173-0.29270.24110.001-0.07980.08220.03980.0667-20.37681.665659.1308
82.4246-1.2124-0.26636.402-3.65633.5855-0.01060.0920.3421-0.5381-0.1133-0.5360.16350.22670.1240.35460.0577-0.07040.2128-0.04410.1282-25.371719.998528.3355
94.8792-0.89222.572.5588-0.39985.3204-0.02230.00910.3747-0.2201-0.08490.4794-0.1916-0.43180.10720.2380.0268-0.05060.12420.03880.1893-39.056317.776946.8572
102.59840.13651.07092.39070.90553.41460.17320.0001-0.18240.0776-0.0681-0.050.31660.0809-0.1050.20160.0223-0.06870.0075-0.00440.030832.15062.720458.4582
111.6718-1.28940.70836.2726-3.23922.15680.1360.32110.02-0.6543-0.2203-0.30190.3710.43080.08430.3030.0381-0.08040.2596-0.03970.075323.705623.01729.2094
122.4499-0.30721.3283.3680.03256.53960.06380.05150.3521-0.1643-0.01040.8511-0.116-0.6813-0.05340.1063-0.0039-0.03050.09310.04390.306812.197218.68648.3336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION4F1 - 9
7X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99
9X-RAY DIFFRACTION7G1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION7I1 - 9
11X-RAY DIFFRACTION8G181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION9H0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION10J1 - 180
14X-RAY DIFFRACTION10L1 - 9
15X-RAY DIFFRACTION11J181 - 276
16X-RAY DIFFRACTION12K0 - 99

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万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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