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- PDB-8rj5: P1-15 T-cell Receptor bound to HLA A*2402-NF9 pMHC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rj5
タイトルP1-15 T-cell Receptor bound to HLA A*2402-NF9 pMHC complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain
  • P1-15 T-cell Receptor Beta Chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM / T-cell Receptor / Peptide:HLA / NF9 / Covid-19
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / symbiont-mediated disruption of host tissue / protein homotetramerization / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / intracellular iron ion homeostasis / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / learning or memory / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Wall, A. / Sewell, A.K. / Motozono, C. / Rizkallah, P.J. / Fuller, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NF9 T-cell Receptor bound to HLA A*2402-NF9 pMHC complex (Paper Pending)
著者: Motozono, C. / Wall, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Fuller, A.
履歴
登録2023年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike protein S1
D: P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain
E: P1-15 T-cell Receptor Beta Chain
F: MHC class I antigen
G: Beta-2-microglobulin
H: Spike protein S1
I: P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain
J: P1-15 T-cell Receptor Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,87010
ポリマ－190,87010
非ポリマー00
水00
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Spike protein S1
D: P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain
E: P1-15 T-cell Receptor Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4355
ポリマ－95,4355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: MHC class I antigen
G: Beta-2-microglobulin
H: Spike protein S1
I: P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain
J: P1-15 T-cell Receptor Beta Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4355
ポリマ－95,4355
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.439, 200.439, 156.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31909.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Spike protein S1


分子量: 1266.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: タンパク質 P1-15 T-cell Receptor Alpha Chain


分子量: 22836.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 P1-15 T-cell Receptor Beta Chain


分子量: 27543.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: di-Sodium malonate, 0.1M HEPES pH7, 0.1M Poly(acrylic acid sodium salt) 2,100, 30% w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.02→61.63 Å / Num. obs: 71335 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.302 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.309 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.05→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 4.765 / Num. unique obs: 3413 / CC1/2: 0.274 / Rpim(I) all: 1.03 / Rrim(I) all: 4.876

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
DIALSデータスケーリング
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.02→61.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 65.149 / SU ML: 0.449 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.705 / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25981 3445 4.9 %RANDOM
Rwork0.21997 ---
obs0.22195 66155 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 119.997 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.68 Å2-1.34 Å20 Å2
2---2.68 Å2-0 Å2
3---8.69 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.02→61.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13408 0 0 0 13408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01313768
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01512286
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.65318684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1431.58328332
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85351656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.22422.152818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.757152236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.06515102
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3296.7566660
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3286.7566659
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.04110.1298304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.04110.138305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4147.0727108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4157.0727105
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.25210.47510379
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined13.568127.81454356
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other13.568127.81254355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A85240.13
12F85240.13
21B29070.14
22G29070.14
31D53290.21
32I53290.21
41E74180.15
42J74180.15
LS精密化 シェル解像度: 3.02→3.097 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 161 -
Rwork0.386 3411 -
obs--68.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1357-0.42660.28482.7661-0.81885.10020.28060.25580.2548-0.4721-0.12540.07920.5163-0.2431-0.15521.10760.1663-0.15030.2301-0.03970.0834-0.967154.36587.549
26.43990.53361.08511.34680.77960.747-0.08340.5475-1.23240.81730.03570.49110.5487-0.34310.04772.1197-0.1267-0.08640.9992-0.03260.6502-5.548131.43958.952
34.6573-1.312-0.6034.60221.11224.87750.03770.5072-0.3216-0.3675-0.1132-0.55640.59380.26660.07551.64560.2982-0.07910.4395-0.07140.245810.639132.38175.344
41.7452-2.7111-0.21786.75743.72824.79040.12740.12330.1029-0.2426-0.16170.00940.09680.06090.03430.68570.0943-0.07170.25850.13380.2325-6.577181.275102.502
57.2119-1.15251.25152.4645-0.29133.6787-0.11040.32470.4103-0.1767-0.00260.2498-0.35240.05160.1130.69830.09150.04460.2346-0.04210.2379-3.037207.852122.999
64.1363.93962.01367.07781.03963.02860.286-0.0189-0.1414-0.09540.0195-0.2468-0.00580.1607-0.30550.65620.18580.00880.30890.0490.174311.859172.249112.211
76.1257-2.3407-1.53735.27251.69363.2595-0.0712-0.1194-0.13160.1057-0.0323-0.1016-0.04430.03960.10340.6744-0.0994-0.0150.09030.01080.01294.804195.396131.456
83.106-1.18730.8753.45110.19493.83910.22740.11890.3153-0.5262-0.4276-0.824-0.25780.42610.20020.83910.13230.10760.43830.0320.665336.357147.02100.256
90.01540.0010.0160.0018-0.00710.0545-0.01590.05130.13440.0122-0.03240.0283-0.06130.22320.04821.1578-0.030.110.9780.06981.407547.141171.94575.564
103.83150.7566-1.02093.8404-1.66532.24860.09750.29920.6671-0.4325-0.4535-0.5976-0.443-0.11120.3561.25890.23220.12830.59650.01241.07130.502172.52391.411
110.8921-0.7066-1.07567.0549-3.15824.1236-0.09230.14740.12070.00560.0193-0.08650.1546-0.05210.07290.46150.1367-0.04650.5022-0.10610.36436.361118.323112.098
126.78180.30430.08933.16591.66462.6705-0.1946-0.2173-0.66620.0851-0.03010.5530.467-0.05980.22470.80850.19960.1310.58390.00490.464928.19691.644132.08
137.26842.5263-1.75413.9401-0.52232.24870.1626-0.0560.06080.17140.0381-0.16540.00690.0589-0.20070.57790.2168-0.02130.3419-0.10290.200820.009129.827122.894
146.2602-1.68180.98575.1826-1.62281.72940.1074-0.5563-0.16440.02690.0410.41490.31160.1324-0.14840.81310.28540.14440.6635-0.01880.073722.403104.781140.576
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D0 - 115
6X-RAY DIFFRACTION5D117 - 203
7X-RAY DIFFRACTION6E1 - 115
8X-RAY DIFFRACTION7E120 - 245
9X-RAY DIFFRACTION8F1 - 180
10X-RAY DIFFRACTION8H1 - 9
11X-RAY DIFFRACTION9F181 - 276
12X-RAY DIFFRACTION10G0 - 99
13X-RAY DIFFRACTION11I0 - 115
14X-RAY DIFFRACTION12I117 - 203
15X-RAY DIFFRACTION13J1 - 115
16X-RAY DIFFRACTION14J120 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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