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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rj4 | ||||||
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タイトル | E. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules and Mg2+ as a result of enzymatic AP4A hydrolysis | ||||||
要素 | Adenylate kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ATP:AMP PHOSPHOTRANSFERASE / ENERGY METABOLISM / AP4A HYDROLYSIS / POTENTIAL MOONLIGHTING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate metabolic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Tischlik, S. / Ronge, P. / Wolf-Watz, M. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Magnesium Induced Structural Preorganization in the Active Site of Adenylate Kinase. 著者: Abdul Raafik, A.T. / Tischlik, S. / Nagy, T.M. / Phoeurk, C. / Schierholtz, L. / Aden, J. / Rogne, P. / Drescher, M. / Nam, K. / Sauer-Eriksson, A.E. / Wolf-Watz, M. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023 タイトル: Insights into Enzymatic Catalysis from Binding and Hydrolysis of Diadenosine Tetraphosphate by 著者: Tischlik, S. / Oelker, M. / Rogne, P. / Sauer-Eriksson, A.E. / Drescher, M. / Wolf-Watz, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rj4.cif.gz | 190.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rj4.ent.gz | 151.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rj4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rj4_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rj4_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rj4_validation.xml.gz | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rj4_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rj4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rj4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rj6C 8rj9C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23620.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: adk, dnaW, plsA, b0474, JW0463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69441, adenylate kinase #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 24 % (w/v) PEG3350, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.11→44.71 Å / Num. obs: 55145 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.19 Å / Rmerge(I) obs: 1.452 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 5433 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.903 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→44.71 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.06 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→44.71 Å
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LS精密化 シェル |
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