PDB-8rj1: Crystal structure of mutant aspartase from Caenibacillus caldisap...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rj1

タイトル

Crystal structure of mutant aspartase from Caenibacillus caldisaponilyticus in the closed loop conformation

要素

Aspartate ammonia lyase

キーワード

LYASE / ammonia aspartate lyase / closed conformation / Caenibacillus caldisaponilyticus

生物種

Caenibacillus caldisaponilyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Capra, N. / Thunnissen, A.M.W.H. / Janssen, D.B.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Bioinformatics and Computationally Supported Redesign of Aspartase for beta-Alanine Synthesis by Acrylic Acid Hydroamination.
著者: Gran-Scheuch, A. / Wijma, H.J. / Capra, N. / van Beek, H.L. / Trajkovic, M. / Baldenius, K. / Breuer, M. / Thunnissen, A.W.H. / Janssen, D.B.

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rj1.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rj1.ent.gz	148.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rj1_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rj1_full_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示
XML形式データ	8rj1_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	8rj1_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rj0C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Aspartate ammonia lyase

B: Aspartate ammonia lyase

105 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aspartate ammonia lyase

B: Aspartate ammonia lyase

A: Aspartate ammonia lyase

B: Aspartate ammonia lyase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.182, 164.182, 86.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Aspartate ammonia lyase 分子量: 52626.148 Da / 分子数: 2 / 変異: T187I, M321I, K324M, N326C, A424S,I431T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenibacillus caldisaponilyticus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: aspartate ammonia-lyase
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9654 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9654 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→47.44 Å / Num. obs: 24734 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.7 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.364 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.377 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 2.342 / Num. measured all: 63226 / Num. unique obs: 4419 / CC_1/2: 0.578 / R_pim(I) all: 0.637 / R_rim(I) all: 2.428 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→47.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 25.202 / SU ML: 0.409 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25891	1241	5 %	RANDOM
R_work	0.2041	-	-	-
obs	0.20685	23470	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.18 Å²	1.09 Å²	0 Å²
2-	-	2.18 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-7.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3.1→47.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7125	0	0	0	7125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	7212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.505	1.824	9764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.516	1.755	16079
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.622	5	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.407	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.512	10	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8522
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.023	8.275	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.023	8.275	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.689	14.876	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.689	14.876	4590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.471	8.807	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.47	8.808	3539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	11.847	16.013	5176
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	15.8	102.28	30612
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	15.8	102.28	30613
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	79	-
R_work	0.352	1689	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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