PDB-8riy: Human NUDT5 with ibrutinib derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8riy

タイトル

Human NUDT5 with ibrutinib derivative

要素

ADP-sugar pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / NUDT5 / NUDIX

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process / nucleobase-containing small molecule metabolic process / 8-oxo-dGDP phosphatase / ADP-sugar diphosphatase activity / ADP-ribose diphosphatase / D-ribose catabolic process / ADP-ribose diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / ribose phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.288 Å

データ登録者

Balikci-Akil, E. / Elkins, J.M. / Huber, K.V.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Unexpected Noncovalent Off-Target Activity of Clinical BTK Inhibitors Leads to Discovery of a Dual NUDT5/14 Antagonist.
著者: Balikci, E. / Marques, A.M.C. / Bauer, L.G. / Seupel, R. / Bennett, J. / Raux, B. / Buchan, K. / Simelis, K. / Singh, U. / Rogers, C. / Ward, J. / Cheng, C. / Szommer, T. / Schutzenhofer, K. ...

履歴

登録	2023年12月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8riy.cif.gz	92.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8riy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8riy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8riy_validation.pdf.gz	960.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8riy_full_validation.pdf.gz	964.2 KB	表示
XML形式データ	8riy_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	8riy_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/8riy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/8riy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8otvC 8rdzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: ADP-sugar pyrophosphatase

BBB: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.605, 60.605, 502.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 14 - 208 / Label seq-ID: 15 - 209

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked ...8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 5 / Nudix motif 5 / hNUDT5 / YSA1H 分子量: 23136.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5, NUDIX5, HSPC115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 8-oxo-dGDP phosphatase, ADP-D-ribose pyrophosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-W0O / 1-(1-methylpiperidin-4-yl)-3-(4-phenoxyphenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine 分子量: 400.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₄N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M citrate pH 5.5, 30 % PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.288→83.768 Å / Num. obs: 9387 / % possible obs: 85.8 % / 冗長度: 35.1 % / R_merge(I) obs: 0.335 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 2.288→2.646 Å / R_merge(I) obs: 2.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 469

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.288→83.768 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / SU B: 10.909 / SU ML: 0.254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.562 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2948	450	4.794 %
R_work	0.2255	8937	-
all	0.229	-	-
obs	-	9387	35.535 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.518 Å²	0.259 Å²	0 Å²
2-	-	0.518 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.288→83.768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2922	0	60	33	3015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	3043
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.374	1.653	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.14	1.574	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.027	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.396	23.759	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.443	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.452	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3431
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	614
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	579
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.18	0.2	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	1624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.002	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.722	4.802	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.716	4.802	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.602	7.187	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.601	7.187	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.337	4.934	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.337	4.934	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.014	7.339	2231
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.013	7.338	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.152	55.4	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.148	55.405	3200
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.122	0.05	5278

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12212	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12212	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work	Fsc free
2.288-2.348	0.06	1	0.282	28	0.278	1892	0.916	1.5328	0.255
2.348-2.412	0.754	3	0.351	58	0.373	1824	0.762	3.3443	0.323	0.553
2.412-2.482	0.353	2	0.364	97	0.363	1786	0.729	5.5431	0.351	0.581
2.482-2.558	0.659	3	0.352	121	0.356	1764	0.768	7.0295	0.321	0.238
2.558-2.642	0.521	11	0.351	136	0.364	1704	0.78	8.6268	0.327	0.747
2.642-2.735	0.311	10	0.397	127	0.391	1618	0.785	8.4672	0.367	0.626
2.735-2.838	0.367	12	0.31	215	0.314	1603	0.816	14.1609	0.277	0.879
2.838-2.954	0.431	12	0.323	259	0.328	1519	0.824	17.8407	0.281	0.76
2.954-3.085	0.381	15	0.291	367	0.295	1504	0.848	25.3989	0.269	0.765
3.085-3.235	0.337	23	0.258	414	0.262	1396	0.883	31.3037	0.226	0.811
3.235-3.41	0.321	19	0.263	492	0.265	1386	0.876	36.8687	0.23	0.839
3.41-3.616	0.368	18	0.258	392	0.264	1286	0.898	31.8818	0.225	0.881
3.616-3.865	0.329	56	0.245	845	0.25	1218	0.9	73.9737	0.216	0.871
3.865-4.174	0.3	45	0.219	841	0.223	1145	0.927	77.3799	0.188	0.896
4.174-4.572	0.185	45	0.183	1040	0.183	1085	0.947	100	0.154	0.943
4.572-5.109	0.213	56	0.174	932	0.177	988	0.958	100	0.15	0.958
5.109-5.896	0.294	43	0.211	839	0.215	882	0.936	100	0.182	0.921
5.896-7.212	0.364	39	0.22	721	0.226	760	0.931	100	0.195	0.892
7.212-10.162	0.265	18	0.206	630	0.208	648	0.958	100	0.192	0.952
10.162-83.768	0.375	19	0.293	383	0.297	402	0.928	100	0.301	0.95

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関連情報:EMDBヘッダ

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