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- PDB-8riu: Crystal structure of the F420-reducing carbon monoxide dehydrogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8riu
タイトルCrystal structure of the F420-reducing carbon monoxide dehydrogenase component from the ethanotroph Candidatus Ethanoperedens thermophilum
要素
  • (Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit ...) x 2
  • Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
キーワードOXIDOREDUCTASE / Carbon monoxide dehydrogenase / F420-reductase / acetyl-coenzyme A synthase-decarbonylase complex / anaerobic oxidoreductase / CO2-releasing enzyme / C-cluster / CO / CO2 / gas channelling.
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methanogenesis, from acetate / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, with an iron-sulfur protein as acceptor / anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / methanogenesis / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / acetyl-CoA metabolic process / iron-sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase ...Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / CO dehydrogenase beta subunit/acetyl-CoA synthase epsilon subunit / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, N-terminal / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit, C-terminal / Oxidoreductase FRHB/FDHB/HCAR-like / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit N-term / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus / CO dehydrogenase, alpha-bundle / Hydroxylamine reductase/Ni-containing CO dehydrogenase / Prismane/CO dehydrogenase family / Prismane-like, alpha/beta-sandwich / Prismane-like superfamily / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / IRON/SULFUR CLUSTER / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon / Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Methanoperedenaceae archaeon GB50 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Lemaire, O.N. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
German Research Foundation (DFG)WA 4053/2-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ethane-oxidising archaea couple CO 2 generation to F 420 reduction.
著者: Lemaire, O.N. / Wegener, G. / Wagner, T.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha
B: Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
C: Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon
D: Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha
E: Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus
F: Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,17153
ポリマ－294,6766
非ポリマー9,49547
水25,5451418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43020 Å2
ΔGint-468 kcal/mol
Surface area76710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.070, 159.213, 191.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit ... , 2種, 4分子 ADCF

#1: タンパク質 Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit alpha / ACDS complex subunit alpha / ACDS complex carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha / ACDS CODH ...ACDS complex subunit alpha / ACDS complex carbon monoxide dehydrogenase subunit alpha / ACDS CODH subunit alpha


分子量: 87549.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Ligands SF4, XCC and GOL are not part of the protein sequence
由来: (天然) Candidatus Methanoperedenaceae archaeon GB50 (古細菌)
参照: UniProt: A0A7R9N4A5, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase
#3: タンパク質 Acetyl-CoA decarbonylase/synthase complex subunit epsilon / ACDS complex subunit epsilon / ACDS complex carbon monoxide dehydrogenase subunit epsilon / ACDS ...ACDS complex subunit epsilon / ACDS complex carbon monoxide dehydrogenase subunit epsilon / ACDS CODH subunit epsilon


分子量: 19057.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Ligand GOL is not part of the protein sequence
由来: (天然) Candidatus Methanoperedenaceae archaeon GB50 (古細菌)
参照: UniProt: A0A7R9N5A2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BE

#2: タンパク質 Coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase, beta subunit C terminus


分子量: 40730.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: Ligands SF4, FAD and GOL are not part of the protein sequence
由来: (天然) Candidatus Methanoperedenaceae archaeon GB50 (古細菌)
参照: UniProt: A0A7R9R773

-
非ポリマー , 9種, 1465分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-XCC / FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER / C CLUSTER


分子量: 410.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4NiS4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#10: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 % / 解説: Brown thick square plate
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystallisation was performed anaerobically at 20 degree Celsius using the sitting drop method on 96-Well MRC 2-Drop polystyrene Crystallisation Plates (SWISSCI) in a Coy tent containing a ...詳細: Crystallisation was performed anaerobically at 20 degree Celsius using the sitting drop method on 96-Well MRC 2-Drop polystyrene Crystallisation Plates (SWISSCI) in a Coy tent containing a N2/H2 (97:3%) atmosphere. The reservoir chamber was filled with 90 ul of crystallisation condition and the drop was formed by spotting 0.6 ul protein with 0.6 ul of 20% (w/v) PEG 6,000; 100 mM MES pH6 and 200 mM Ammonium chloride. The protein was crystallized at 13.0 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 2 mM dithiothreitol, 1 mM flavin adenine dinucleotide and 1 mM Flavin mononuleotide and 10% (v/v) glycerol. Crystals were cryo-protected by soaking in 20% (w/v) PEG 6,000; 100 mM MES pH6 and 200 mM Ammonium chloride supplemented with 30% v/v glycerol for a few seconds.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→122.41 Å / Num. obs: 164775 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 1.89→2.1 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 1.583 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8240 / CC1/2: 0.639 / Rpim(I) all: 0.46 / Rrim(I) all: 1.65 / % possible all: 73.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.89→39.8 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.39 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The last refinement steps were performed by refining with a translation libration screw (TLS) and with modelled hydrogens in the riding position. Hydrogens were omitted in the final deposited models.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1873 8278 5.03 %
Rwork0.1651 --
obs0.1662 164728 69.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→39.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20332 0 128 1418 21878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.233
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3147894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2613215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0093606
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.910.401230.2302121X-RAY DIFFRACTION2
1.91-1.940.2429150.2836320X-RAY DIFFRACTION4
1.94-1.960.2889300.2755575X-RAY DIFFRACTION8
1.96-1.990.2871380.2686858X-RAY DIFFRACTION12
1.99-2.010.2861550.26011068X-RAY DIFFRACTION14
2.01-2.040.2278720.24921237X-RAY DIFFRACTION17
2.04-2.070.2739860.24531493X-RAY DIFFRACTION20
2.07-2.10.2865850.24281830X-RAY DIFFRACTION25
2.1-2.130.26611260.23292248X-RAY DIFFRACTION31
2.13-2.170.25411750.22983076X-RAY DIFFRACTION42
2.17-2.20.242190.22574118X-RAY DIFFRACTION56
2.2-2.240.24962590.21645270X-RAY DIFFRACTION71
2.24-2.290.25044020.22216819X-RAY DIFFRACTION93
2.29-2.330.2593850.21347387X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.380.26763650.20247438X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.440.24154090.19547390X-RAY DIFFRACTION100
2.44-2.50.22834340.19177383X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.570.1914260.18727400X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.640.19563760.187439X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.730.19533990.18177423X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.830.20894120.17987438X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.940.19893910.17067468X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.070.19244060.16967442X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.240.20433810.16697491X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.440.17853960.16147486X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.70.17373820.14677546X-RAY DIFFRACTION100
3.7-4.080.16113800.13657545X-RAY DIFFRACTION100
4.08-4.670.12874190.12087559X-RAY DIFFRACTION100
4.67-5.880.15613280.14147685X-RAY DIFFRACTION100
5.88-39.80.19354240.17877897X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.33720.4545-1.27610.9466-0.55751.8141-0.1157-0.1279-0.12410.15320.0205-0.12840.0950.10150.11380.28840.0479-0.03570.3079-0.00120.2855-0.421666.289853.1205
20.651-0.3862-0.19121.45590.20350.5927-0.0369-0.25350.0420.49130.0682-0.0618-0.0351-0.0212-0.03210.40510.0256-0.03750.3544-0.00840.2195-6.419483.423468.088
32.36480.56380.22891.6075-0.50350.53910.035-0.15280.23840.34440.00120.1035-0.2244-0.0226-0.03390.40880.05740.00980.2785-0.05060.2238-11.8062100.820559.845
41.50170.73131.51821.63581.57193.7777-0.1248-0.03290.27250.13560.01070.0534-0.4634-0.00270.11760.34210.0470.04160.2598-0.00830.259-10.3145107.731552.1919
50.70380.3624-0.44871.5424-0.95841.6179-0.0162-0.07020.01370.28120.0230.1254-0.1402-0.2264-0.02080.31080.06280.04420.3849-0.02360.2436-25.513987.96753.1551
60.96310.093-0.07781.17710.16980.5072-0.0192-0.2108-0.06620.3033-0.01650.06310.0284-0.08840.03570.34850.01490.02230.36030.00970.2141-17.086771.795662.3815
70.3439-0.19680.50571.2748-0.55151.34130.02090.0495-0.14140.19730.0060.2250.0916-0.1593-0.03460.34250.0170.08260.41060.01270.3417-27.338460.331754.7847
88.36180.21743.11021.2075-0.2372.60750.0868-0.1056-0.61270.16870.08340.28090.1511-0.1773-0.16450.33440.03570.13340.33790.01460.393-33.747150.410956.8253
92.1301-0.90452.29624.78230.0532.9876-0.12160.15160.0525-0.34090.04-0.4169-0.0312-0.09510.10250.2676-0.02380.11030.3783-0.07650.2464-2.05664.039213.2085
101.628-0.2461-0.41581.23050.67462.71990.03820.4791-0.073-0.3685-0.0306-0.14470.1396-0.0411-0.06490.3094-0.00480.09250.4233-0.04880.27881.441660.8802-0.7852
111.7516-1.6315-0.95531.74560.75044.21840.00060.6333-0.4131-0.2821-0.0182-0.42730.50880.43650.03230.52670.13050.13650.6109-0.24860.52899.956446.1612-6.1129
124.98050.51592.1261.1593-0.85572.33010.2126-0.1153-0.5485-0.06460.0390.12290.46480.0463-0.23620.5780.00270.05460.4084-0.11270.4952-1.659942.83410.0908
131.59450.410.88333.53721.16943.6130.1069-0.033-0.1366-0.02050.001-0.02770.243-0.0495-0.08510.34590.0310.11410.3917-0.06520.28761.341154.6642.1421
146.1369-1.60372.2348.5335-2.97888.41140.40181.0036-0.7671-1.29170.01660.58241.143-0.3346-0.36460.7391-0.0965-0.0180.823-0.20950.5142-15.775541.0463-9.2855
150.86270.0723-0.16342.0606-0.13672.84090.23550.6981-0.4658-0.5398-0.2168-0.12540.2334-0.1198-0.00010.54140.0790.08230.6884-0.18670.3769-1.98855.5033-12.764
162.6324-3.1369-3.62295.92395.45157.5460.13371.0608-0.0316-0.6455-0.58330.0122-0.3991-0.96760.46530.4790.0586-0.01580.6759-0.03120.2797-10.506966.4595-12.6881
170.61030.4897-0.11485.1341-1.18421.04330.00210.1161-0.2401-0.5408-0.17390.47310.38380.06670.19530.4760.05250.01340.4626-0.08120.4085-12.35583.74640.9561
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381.4471.0247-0.3670.7218-0.38984.0426-0.02380.091-0.1898-0.18360.10020.03540.1240.0965-0.11730.2559-0.0506-0.01060.36830.0170.402522.206492.121220.5165
392.19021.31360.63732.14040.68893.1752-0.06820.4166-0.0087-0.4102-0.0086-0.4788-0.03840.64840.0310.3541-0.00450.12260.50780.04180.489925.701794.420612.9581
401.52810.02090.37851.12060.29452.17440.04890.17480.1595-0.265-0.0126-0.2969-0.23340.49270.04730.2788-0.04630.03250.37830.03270.434727.246395.997825.6078
411.38140.65550.59111.99910.55231.3075-0.06870.07910.0715-0.1395-0.0251-0.1286-0.0450.02810.09070.27490.00990.03590.35240.01340.341913.2293.574826.1477
422.73780.7552-0.49342.9453-2.14811.6694-0.240.2722-0.2512-0.79810.4602-0.31010.19670.005-0.19050.391-0.02020.10460.4319-0.0360.388417.305584.361910.3708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 257 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 258 through 337 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 338 through 417 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 418 through 552 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 553 through 656 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 657 through 739 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 740 through 789 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 36 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 37 through 108 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 109 through 131 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 132 through 162 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 163 through 229 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 230 through 253 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 254 through 324 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 325 through 346 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 347 through 370 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1 through 20 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 21 through 30 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 31 through 47 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 48 through 74 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 75 through 92 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 93 through 107 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 108 through 156 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 157 through 174 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 31 through 337 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 338 through 417 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 418 through 739 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 740 through 790 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 1 through 36 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 37 through 131 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 132 through 162 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 163 through 266 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 267 through 349 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 350 through 370 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 1 through 20 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 21 through 30 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 31 through 47 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 48 through 57 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 58 through 92 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 93 through 156 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 157 through 174 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る