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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rih | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae URH1p riboside hydrolase | ||||||
![]() | Uridine ribohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Nucleosidase / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() uridine nucleosidase activity / purine nucleosidase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Degano, M. / Carriles, A.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Function Insights into the Dual Role in Nucleobase and Nicotinamide Metabolism and a Possible Use in Cancer Gene Therapy of the URH1p Riboside Hydrolase. 著者: Carriles, A.A. / Muzzolini, L. / Minici, C. / Tornaghi, P. / Patrone, M. / Degano, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 340 / Label seq-ID: 7 - 343
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38255.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: URH1, SCY_1288 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.27 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM TrisHCl, 800 mM LiCl, 32% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日 / 詳細: CRLs, multilayer mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→121.49 Å / Num. obs: 13763 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.981 / Rpim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 5.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.89 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7714 / CC1/2: 0.57 / Rpim(I) all: 0.988 / % possible all: 81.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.74→121.49 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection: ALL |