PDB-8rih: Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae URH1p riboside ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rih

タイトル

Crystal structure of the Saccharomyces cerevisiae URH1p riboside hydrolase

要素

Uridine ribohydrolase

キーワード

HYDROLASE / Nucleosidase / nucleoside hydrolase / riboside hydrolase

機能・相同性

uridine nucleosidase activity / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase, conserved site / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase family signature. / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / nucleobase-containing compound metabolic process / Uridine ribohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Degano, M. / Carriles, A.A.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2024
タイトル: Structure-Function Insights into the Dual Role in Nucleobase and Nicotinamide Metabolism and a Possible Use in Cancer Gene Therapy of the URH1p Riboside Hydrolase.
著者: Carriles, A.A. / Muzzolini, L. / Minici, C. / Tornaghi, P. / Patrone, M. / Degano, M.

履歴

登録	2023年12月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rih.cif.gz	352.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rih.ent.gz	221.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rih_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rih_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8rih_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	8rih_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/8rih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ri/8rih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine ribohydrolase

B: Uridine ribohydrolase

ヘテロ分子

76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uridine ribohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uridine ribohydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
38.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.284, 140.284, 81.343
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 340 / Label seq-ID: 7 - 343

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Uridine ribohydrolase 分子量: 38255.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: URH1, SCY_1288 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A6ZZ00
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.27 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM TrisHCl, 800 mM LiCl, 32% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月22日 / 詳細: CRLs, multilayer mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→121.49 Å / Num. obs: 13763 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 12.9 % / CC_1/2: 0.981 / R_pim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.89 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7714 / CC_1/2: 0.57 / R_pim(I) all: 0.988 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.74→121.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU B: 31.74 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.487 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2245	714	5.272 %	Random selection
R_work	0.1859	12828	-	-
all	0.188	-	-	-
obs	-	13542	56.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.22 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.035 Å²	0.017 Å²	0 Å²
2-	-	0.035 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.112 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→121.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5220	0	18	42	5280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	5389
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.908	1.654	7307
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.295	1.578	11573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.789	5	661
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.505	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.069	10	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.936	10	242
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.041	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	1200
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2914
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.175	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.14	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.151	1.055	2662
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.149	1.055	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.97	2.366	3313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.97	2.366	3314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.449	1.185	2727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.449	1.186	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.456	2.665	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.456	2.666	3995
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.743	10.577	23255
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.743	10.577	23252
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.059	0.05	11354

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05946	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05946	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.74-2.811	0.319	10	0.292	209	0.293	1793	0.908	0.945	12.2142	0.291
2.811-2.888	0.298	17	0.28	233	0.281	1691	0.945	0.951	14.7842	0.28
2.888-2.972	0.422	11	0.26	280	0.266	1690	0.958	0.965	17.2189	0.266
2.972-3.063	0.308	15	0.248	341	0.251	1643	0.928	0.963	21.6677	0.251
3.063-3.164	0.239	37	0.25	400	0.249	1587	0.959	0.959	27.5362	0.246
3.164-3.275	0.206	10	0.234	473	0.233	1518	0.987	0.966	31.8182	0.226
3.275-3.398	0.256	35	0.229	511	0.231	1493	0.96	0.965	36.5707	0.221
3.398-3.537	0.235	33	0.207	563	0.208	1409	0.968	0.973	42.2995	0.193
3.537-3.694	0.261	50	0.203	668	0.207	1399	0.96	0.974	51.3224	0.186
3.694-3.874	0.248	52	0.211	977	0.213	1283	0.965	0.969	80.2027	0.185
3.874-4.083	0.273	56	0.204	1175	0.207	1239	0.946	0.97	99.3543	0.183
4.083-4.331	0.199	66	0.184	1114	0.185	1180	0.976	0.978	100	0.168
4.331-4.629	0.176	41	0.161	1071	0.161	1112	0.979	0.983	100	0.146
4.629-5	0.188	48	0.147	992	0.149	1040	0.978	0.986	100	0.138
5-5.476	0.215	64	0.154	888	0.158	952	0.973	0.986	100	0.147
5.476-6.121	0.23	50	0.184	825	0.187	875	0.971	0.981	100	0.172
6.121-7.064	0.227	45	0.184	723	0.186	768	0.972	0.98	100	0.174
7.064-8.645	0.188	28	0.154	624	0.156	653	0.978	0.985	99.8469	0.156
8.645-12.195	0.174	31	0.141	479	0.144	510	0.982	0.987	100	0.157
12.195-121.49	0.26	15	0.201	281	0.204	299	0.955	0.972	98.9967	0.27

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6661	0.3724	0.2598	1.9817	-0.4757	3.5649	-0.027	-0.0211	-0.0688	-0.0497	-0.0486	0.1862	0.3053	-0.1933	0.0756	0.1404	-0.0612	0.0116	0.1836	-0.044	0.2234	46.404	-51.913	-0.127
2	1.5327	0.4203	0.2296	2.2028	-0.3393	5.2164	0.041	-0.1024	-0.3785	0.0439	0.0505	0.13	0.5265	-0.4291	-0.0915	0.1761	-0.0168	0.037	0.2419	0.0479	0.321	64.563	-66.357	37.126

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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