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- PDB-8ri2: Crystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-562 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ri2
タイトルCrystal structure of NLRP3 in complex with inhibitor NP3-562
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / inflammasome / inhibitor / NLRP3 / NALP3
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity ...detection of biotic stimulus / molecular sensor activity / phosphatidylinositol phosphate binding / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / NLRP3 inflammasome complex assembly / interphase microtubule organizing center / positive regulation of type 2 immune response / NLRP3 inflammasome complex / cysteine-type endopeptidase activator activity / peptidoglycan binding / osmosensory signaling pathway / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / pattern recognition receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-1 beta production / pyroptotic inflammatory response / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of acute inflammatory response / microtubule organizing center / The NLRP3 inflammasome / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / signaling adaptor activity / protein maturation / positive regulation of interleukin-1 beta production / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / defense response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Cytoprotection by HMOX1 / ADP binding / Metalloprotease DUBs / protein homooligomerization / cellular response to virus / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / negative regulation of inflammatory response / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of inflammatory response / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / inflammatory response / Golgi membrane / innate immune response / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...NACHT-associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / Fish-specific NACHT associated domain / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-A1H02 / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dekker, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of Potent, Orally Bioavailable, Tricyclic NLRP3 Inhibitors.
著者: Velcicky, J. / Janser, P. / Gommermann, N. / Brenneisen, S. / Ilic, S. / Vangrevelinghe, E. / Stiefl, N. / Boettcher, A. / Arnold, C. / Malinverni, C. / Dawson, J. / Murgasova, R. / ...著者: Velcicky, J. / Janser, P. / Gommermann, N. / Brenneisen, S. / Ilic, S. / Vangrevelinghe, E. / Stiefl, N. / Boettcher, A. / Arnold, C. / Malinverni, C. / Dawson, J. / Murgasova, R. / Desrayaud, S. / Beltz, K. / Hinniger, A. / Dekker, C. / Farady, C.J. / Mackay, A.
履歴
登録2023年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,0213
ポリマ－64,1561
非ポリマー8652
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.238, 96.238, 267.973
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 3 / Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced ...Angiotensin/vasopressin receptor AII/AVP-like / Caterpiller protein 1.1 / CLR1.1 / Cold-induced autoinflammatory syndrome 1 protein / Cryopyrin / PYRIN-containing APAF1-like protein 1


分子量: 64156.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP3, C1orf7, CIAS1, NALP3, PYPAF1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96P20, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-A1H02 / 2-[4-chloranyl-9-oxidanylidene-12-(2-oxidanylpropan-2-yl)-5-thia-1,10,11-triazatricyclo[6.4.0.0^{2,6}]dodeca-2(6),3,7,11-tetraen-10-yl]-~{N}-[(3~{R})-1-methylpiperidin-3-yl]ethanamide


分子量: 437.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24ClN5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein: well = 1: 1 well: 1.94 M Ammonium citrate pH 7.0 protein: 7 mg/ml protein copurified with 1 uM inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→83.34 Å / Num. obs: 18959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 65.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rrim(I) all: 0.34 / Rsym value: 0.33 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 18.1 % / Rmerge(I) obs: 4.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1359 / CC1/2: 0.48 / Rrim(I) all: 4.73 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8精密化
XDS2015データ削減
XSCALE2015データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→79.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU R Cruickshank DPI: 0.737 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.915 / SU Rfree Blow DPI: 0.351 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.346
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 948 5 %RANDOM
Rwork0.2242 ---
obs0.2265 18959 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 84.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.6338 Å20 Å20 Å2
2--0.6338 Å20 Å2
3----1.2676 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→79.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3868 0 56 80 4004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0074026HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.865462HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1392SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes684HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4014HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion519SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3125SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.59
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3767 20 -
Rwork0.3632 --
obs0.3638 404 100 %
精密化 TLSOrigin x: 13.7755 Å / Origin y: 33.7997 Å / Origin z: 136.343 Å
111213212223313233
T-0.112 Å2-0.0316 Å20.0265 Å2--0.1999 Å2-0.0026 Å2---0.1418 Å2
L2.7284 °2-0.7619 °2-0.9634 °2-0.8365 °21.5076 °2--4.4262 °2
S-0.0489 Å °0.1923 Å °0.5985 Å °0.1923 Å °0.0193 Å °0.1323 Å °0.5985 Å °0.1323 Å °0.0296 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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