[日本語] English
万見
- PDB-8rhs: Structure of the ZnF domain from human Roquin-1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rhs
タイトルStructure of the ZnF domain from human Roquin-1
要素Roquin-1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ZnF / Roquin / C3H1 / Immune-regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation / regulation of germinal center formation ...negative regulation of germinal center formation / negative regulation of T-helper cell differentiation / regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CCR4-NOT complex binding / regulation of T cell receptor signaling pathway / regulation of miRNA metabolic process / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / T follicular helper cell differentiation / regulation of germinal center formation / miRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / P-body assembly / post-transcriptional regulation of gene expression / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of activated T cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / cellular response to interleukin-1 / lymph node development / T cell proliferation / spleen development / regulation of mRNA stability / mRNA 3'-UTR binding / P-body / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / RING-type E3 ubiquitin transferase / RNA stem-loop binding / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / T cell receptor signaling pathway / double-stranded RNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. ...Roquin II / : / : / Roquin II domain / Roquin 1/2-like, ROQ domain / zinc-RING finger domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schlundt, A. / Tants, J.N.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SCHL2062/2-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SCHL2062/2-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Structure and RNA-binding of the helically extended Roquin CCCH-type zinc finger.
著者: Tants, J.N. / Oberstrass, L. / Weigand, J.E. / Schlundt, A.
履歴
登録2023年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Roquin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5821
ポリマ－5,5821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Roquin-1 / Roquin / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain- ...Roquin / RING finger and C3H zinc finger protein 1 / RING finger and CCCH-type zinc finger domain-containing protein 1 / RING finger protein 198


分子量: 5581.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C3H1-type of zinc finger / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RC3H1, KIAA2025, RNF198 / プラスミド: pETTrx1a / 詳細 (発現宿主): His6-Trx-TEV
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5TC82, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic31D
121isotropic12D 1H-15N HSQC
132isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
142isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
151isotropic23D 1H-15N NOESY
192isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
182isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
172isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D HBHANH
1112isotropic13D HN(CA)CO
1102isotropic13D HNCO
1122isotropic33D CCH TOCSY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.36 mM [U-15N] Human Roquin-1 zinc finger domain, 25 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 0.02 mg/mL Zinc, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.74 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Human Roquin-1 zinc finger domain, 25 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 0.02 mM Zinc, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.36 mMHuman Roquin-1 zinc finger domain[U-15N]1
25 mMTRISnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMTCEPnatural abundance1
0.02 mg/mLZincnatural abundance1
0.74 mMHuman Roquin-1 zinc finger domain[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMTRISnatural abundance2
150 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMTCEPnatural abundance2
0.02 mMZincnatural abundance2
試料状態イオン強度: 0.15 M / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.xBruker Biospincollection
TopSpin3.xBruker Biospin解析
CcpNmr Analysis2.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.1CCPNpeak picking
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る