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万見
- PDB-8rgy: Serial synchrotron in plate room temperature structure of Dye Typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rgy
タイトルSerial synchrotron in plate room temperature structure of Dye Type Peroxidase Aa, 8 drops merged
要素Deferrochelatase
キーワードOXIDOREDUCTASE / serial synchrotron crystallography / heme peroxidase / metalloproteins
機能・相同性
機能・相同性情報


iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / lyase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Thompson, A.J. / Hough, M.A. / Williams, L.J. / Worrall, J.A.R. / Sanchez-Weatherby, J. / Mikolajek, H. / Sandy, J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Diamond Light SourceSTU0436 英国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Efficient in situ screening of and data collection from microcrystals in crystallization plates.
著者: Thompson, A.J. / Sanchez-Weatherby, J. / Williams, L.J. / Mikolajek, H. / Sandy, J. / Worrall, J.A.R. / Hough, M.A.
履歴
登録2023年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年4月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase
B: Deferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7134
ポリマ－80,4802
非ポリマー1,2332
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.456, 67.759, 74.707
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Deferrochelatase


分子量: 40240.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: SLI_2602 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A7U9DT46
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 7
詳細: 1:3 v/v ratio of 10 mg/ml protein in 20 mM sodium phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.0 and a mother liquor solution (12% v/v PEG 3350, 100 mM HEPES, pH 7.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: VMXi / 波長: 0.775 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→69.76 Å / Num. obs: 42538 / % possible obs: 97.74 % / 冗長度: 28.7 % / Biso Wilson estimate: 25.18 Å2 / CC1/2: 0.927 / R split: 0.285 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.07→2.144 Å / Num. unique obs: 4203 / CC1/2: 0.329 / R split: 1.759
Serial crystallography sample delivery解説: In plate / 手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed target解説: Mitegen in situ-1 plate

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→69.76 Å / SU ML: 0.3281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.5618
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 2104 5.05 %
Rwork0.2233 39527 -
obs0.2259 41631 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→69.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5476 0 86 411 5973
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61777879
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04825
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.56652053
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.120.4781980.41412043X-RAY DIFFRACTION76.77
2.12-2.170.41210.36052553X-RAY DIFFRACTION95.3
2.17-2.230.35761480.30092641X-RAY DIFFRACTION98.94
2.23-2.30.34951460.26952681X-RAY DIFFRACTION99.68
2.3-2.370.34011610.25112640X-RAY DIFFRACTION99.68
2.37-2.450.30231540.24692670X-RAY DIFFRACTION99.72
2.45-2.550.28391530.23722665X-RAY DIFFRACTION99.93
2.55-2.670.31911370.22472721X-RAY DIFFRACTION99.76
2.67-2.810.29031330.2212680X-RAY DIFFRACTION99.82
2.81-2.990.25311440.21222690X-RAY DIFFRACTION99.82
2.99-3.220.27911520.2012690X-RAY DIFFRACTION99.72
3.22-3.540.22391340.18032705X-RAY DIFFRACTION99.89
3.54-4.050.21441320.17312715X-RAY DIFFRACTION99.79
4.05-5.110.22481490.19192673X-RAY DIFFRACTION98.22
5.11-69.760.26881420.23332760X-RAY DIFFRACTION98.84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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