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- PDB-8rgk: Structure of Human Serum Albumin in complex with Aristolochic Aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rgk
タイトルStructure of Human Serum Albumin in complex with Aristolochic Acid at 1.9 A resolution
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Human Serum Albumin / Aristolochic Acid I / Complex / High Resolution
機能・相同性
機能・相同性情報


Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...Ciprofloxacin ADME / exogenous protein binding / cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / Heme biosynthesis / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / cellular response to starvation / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GOQ / MYRISTIC ACID / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pomyalov, S. / Sidorenko, V.S. / Grollman, A.P. / Shoham, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and mechanistic insights into the transport of aristolochic acids and their active metabolites by human serum albumin.
著者: Pomyalov, S. / Minetti, C.A. / Remeta, D.P. / Bonala, R. / Johnson, F. / Zaitseva, I. / Iden, C. / Golebiewska, U. / Breslauer, K.J. / Shoham, G. / Sidorenko, V.S. / Grollman, A.P.
履歴
登録2023年12月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2024年6月26日ID: 6HSC
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,80825
ポリマ－138,9392
非ポリマー3,86923
水9,530529
1
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,19210
ポリマ－69,4701
非ポリマー1,7239
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,61615
ポリマ－69,4701
非ポリマー2,14614
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.397, 37.872, 180.248
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.124, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 69469.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOQ / 8-methoxy-6-nitro-naphtho[1,2-e][1,3]benzodioxole-5-carboxylic acid


分子量: 341.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11NO7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 34% PEG 3350, 25mM sodium Phosphate pH 7, Aristolochic Acid I.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.2 Å / Num. obs: 97365 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 26.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Num. unique obs: 9562 / CC1/2: 0.796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.2 Å / SU ML: 0.3135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.1697
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2892 4931 5.07 %
Rwork0.2402 92399 -
obs0.2427 97330 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9127 0 269 529 9925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00379606
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.644312906
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03531417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.50041447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.39421820.38052992X-RAY DIFFRACTION98.05
1.92-1.940.33991570.34112985X-RAY DIFFRACTION99.02
1.94-1.970.33781530.30383088X-RAY DIFFRACTION98.84
1.97-1.990.34611820.28063071X-RAY DIFFRACTION97.92
1.99-2.020.32381620.28172999X-RAY DIFFRACTION99.62
2.02-2.050.33091500.27163069X-RAY DIFFRACTION99.41
2.05-2.080.33851700.28023042X-RAY DIFFRACTION97.84
2.08-2.110.31271830.27653054X-RAY DIFFRACTION99.02
2.11-2.140.33351630.26453048X-RAY DIFFRACTION99.63
2.14-2.170.30271760.26863029X-RAY DIFFRACTION99.35
2.17-2.210.30251620.26373133X-RAY DIFFRACTION99.31
2.21-2.250.30881790.24383016X-RAY DIFFRACTION98.49
2.25-2.30.32321720.2553022X-RAY DIFFRACTION99.13
2.3-2.340.3321340.24313166X-RAY DIFFRACTION99.28
2.34-2.390.30861540.2423070X-RAY DIFFRACTION99.38
2.39-2.450.31531430.23933045X-RAY DIFFRACTION99.04
2.45-2.510.29891450.253160X-RAY DIFFRACTION99.49
2.51-2.580.30621520.25193042X-RAY DIFFRACTION99.22
2.58-2.650.31781490.25843112X-RAY DIFFRACTION99.15
2.65-2.740.31131500.26753149X-RAY DIFFRACTION99.34
2.74-2.840.3081660.25493050X-RAY DIFFRACTION99.01
2.84-2.950.32151530.25013120X-RAY DIFFRACTION98.85
2.95-3.090.26071890.24773048X-RAY DIFFRACTION98.9
3.09-3.250.31751700.243088X-RAY DIFFRACTION98.94
3.25-3.450.28071610.23743131X-RAY DIFFRACTION98.62
3.45-3.720.27131730.21993068X-RAY DIFFRACTION98.63
3.72-4.090.27691750.21183109X-RAY DIFFRACTION98.32
4.09-4.680.24571770.20053112X-RAY DIFFRACTION97.86
4.68-5.90.25981580.20843145X-RAY DIFFRACTION97.95
5.9-47.20.22941910.2153236X-RAY DIFFRACTION97.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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