PDB-8rg2: Structure of BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rg2

タイトル

Structure of BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 8

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / free form Structure of BlaC from Mycobacterium tuberculosis at pH 8

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Sun, J. / Bruenle, S. / Ubbink, M.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2024
タイトル: A low-barrier proton shared between two aspartates acts as a conformational switch that changes the substrate specificity of the beta-lactamase BlaC.
著者: Sun, J. / Boyle, A.L. / Brunle, S. / Ubbink, M.

履歴

登録	2023年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rg2.cif.gz	69.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rg2.ent.gz	48.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rg2_validation.pdf.gz	428 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rg2_full_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示
XML形式データ	8rg2_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	8rg2_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/8rg2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rfzC 8riiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

28.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.131, 54.633, 80.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Ambler class A beta-lactamase 分子量: 28272.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC, blaA, Rv2068c, MTCY49.07c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WKD3, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris pH 8 (buffer) 20%w/v PEG 6K (precipitant) 0.01 M ZnCl2 (salt)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→38.48 Å / Num. obs: 22101 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 929 / CC_1/2: 0.588

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→38.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.865 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18853	1088	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16092	-	-	-
obs	0.16235	21009	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→38.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1989	0	6	211	2206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.496	1.652	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.499	1.568	4439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.73	5	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.876	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.558	10	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.624	1.703	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.613	1.701	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.452	3.048	1333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.47	3.051	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.58	2.018	983
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.579	2.02	984
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.065	3.559	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.34	20.72	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.21	18.62	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.303	63	-
R_work	0.245	1141	-
obs	-	-	73.41 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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