[日本語] English
万見
- PDB-8rfb: Cryo-EM structure of the R243C mutant of human Prolyl Endopeptida... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rfb
タイトルCryo-EM structure of the R243C mutant of human Prolyl Endopeptidase-Like (PREPL) protein involved in Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22)
要素Prolyl endopeptidase-like
キーワードHYDROLASE / thio-esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / trans-Golgi network / peptidase activity / cytoskeleton / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / mitochondrion ...Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / trans-Golgi network / peptidase activity / cytoskeleton / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / mitochondrion / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolyl endopeptidase-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Theodoropoulou, A. / Cavani, E. / Antanasijevic, A. / Marcaida, M.J. / Dal Peraro, M.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2024
タイトル: Missense variants in CMS22 patients reveal that PREPL has both enzymatic and nonenzymatic functions.
著者: Yenthe Monnens / Anastasia Theodoropoulou / Karen Rosier / Kritika Bhalla / Alexia Mahy / Roeland Vanhoutte / Sandra Meulemans / Edoardo Cavani / Aleksandar Antanasijevic / Irma Lemmens / ...著者: Yenthe Monnens / Anastasia Theodoropoulou / Karen Rosier / Kritika Bhalla / Alexia Mahy / Roeland Vanhoutte / Sandra Meulemans / Edoardo Cavani / Aleksandar Antanasijevic / Irma Lemmens / Jennifer A Lee / Catherine J Spellicy / Richard J Schroer / Ricardo A Maselli / Chamindra G Laverty / Patrizia Agostinis / David J Pagliarini / Steven Verhelst / Maria J Marcaida / Anne Rochtus / Matteo Dal Peraro / John Wm Creemers /
要旨: Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22, OMIM 616224) is a rare genetic disorder caused by deleterious genetic variation in the prolyl endopeptidase-like (PREPL) gene. Previous reports have ...Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22, OMIM 616224) is a rare genetic disorder caused by deleterious genetic variation in the prolyl endopeptidase-like (PREPL) gene. Previous reports have described patients with deletions and nonsense variants in PREPL, but nothing is known about the effect of missense variants in the pathology of CMS22. In this study, we have functionally characterized missense variants in PREPL from 3 patients with CMS22, all with hallmark phenotypes. Biochemical evaluation revealed that these missense variants do not impair hydrolase activity, thereby challenging the conventional diagnostic criteria and disease mechanism. Structural analysis showed that the variants affect regions most likely involved in intraprotein or protein-protein interactions. Indeed, binding to a selected group of known interactors was differentially reduced for the 3 variants. The importance of nonhydrolytic functions of PREPL was investigated in catalytically inactive PREPL p.Ser559Ala cell lines, which showed that hydrolytic activity of PREPL is needed for normal mitochondrial function but not for regulating AP1-mediated transport in the transgolgi network. In conclusion, these studies showed that CMS22 can be caused not only by deletion and truncation of PREPL but also by missense variants that do not necessarily result in a loss of hydrolytic activity of PREPL.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Prolyl endopeptidase-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4771
ポリマ－73,4771
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA

-
要素

#1: タンパク質 Prolyl endopeptidase-like / Prolylendopeptidase-like


分子量: 73477.398 Da / 分子数: 1 / 変異: R243C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PREPL, KIAA0436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q4J6C6, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like (PREPL) protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
220 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHepes1
31 mMTris-(2-Carboxyethyl)phosphine, HydrochlorideTCEP1
試料濃度: 13 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 4 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 3.2.0 / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 137436 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る