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- PDB-8rer: Major groove intercalation with Polypyridyl Ruthenium complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rer
タイトルMajor groove intercalation with Polypyridyl Ruthenium complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA / Major Groove / ruthenium / Minor Groove
機能・相同性lambda-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Abdullrahman, A. / Cardin, C.J. / Hall, J.P.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-INT-2019-861European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ruthenium Polypyridyl complex intercalating in Major and Minor Groove DNA
著者: Abdullrahman, A. / McQuaid, K. / Cardin, C.J. / Hall, J.P.
履歴
登録2023年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,96822
ポリマ－8,4704
非ポリマー3,49818
水3,729207
1
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,01912
ポリマ－4,2352
非ポリマー1,78510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,94810
ポリマ－4,2352
非ポリマー1,7148
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.676, 32.676, 103.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "C"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "D"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Auth seq-ID: 1 / Label seq-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1ens_1DGDGDGDGAA
d_2ens_1DGDGDGDGCC
d_1ens_2DCDCDCDCBB
d_2ens_2DCDCDCDCDD

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999998178393, -0.000623046296423, 0.00180416823599), (-0.000624976034436, 0.999999233072, -0.00106923364807), (-0.00180350067025, -0.00107035926226, -0.999997800856)16.3388986035, -16.3278197104, 26.1927609427
2given(-0.99999907835, -0.000941983179922, 0.000977736000587), (-0.000942032803414, 0.999999555022, -5.02941783372E-5), (-0.000977688189246, -5.12151913692E-5, -0.999999520751)16.324011143, -16.3268421834, 26.1884389207

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要素

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DNA鎖 , 2種, 4分子 ACBD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 2186.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*TP*C)-3')


分子量: 2048.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 225分子

#3: 化合物
ChemComp-KSB / lambda-[Ru(tap2-dppz-CN)]2+ / Cyano-derivative of Ruthenium-dipyridophenazine


タイプ: D-beta-peptide, C-gamma linking / 分子量: 772.741 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H21N13Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.47 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.86
詳細: A solution containing 0.6 mM DNA, 20 mM Sodium Cacodylate pH 5.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1.6 mM [Ru(TAP)2(11-CN-dppz)] was mixed in a 1:1 ratio with a solution containing 80.6 mM KCl, ...詳細: A solution containing 0.6 mM DNA, 20 mM Sodium Cacodylate pH 5.5, 100 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1.6 mM [Ru(TAP)2(11-CN-dppz)] was mixed in a 1:1 ratio with a solution containing 80.6 mM KCl, 40 mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.86, 55% -2-Methyl-2,4-pentanediol, 120 mM Spermine tetrahydrochloride.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→32.68 Å / Num. obs: 33977 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 15.77 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 0.828
反射 シェル解像度: 1.2→3.26 Å / Num. unique obs: 1710 / CC1/2: 0.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
xia2データスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→32.68 Å / SU ML: 0.2273 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.9477
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 3234 5.08 %
Rwork0.1715 60407 -
obs0.173 32448 94.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→32.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 562 226 207 995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.26731522
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.1066294
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.089533346448
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.0274694903101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2-1.220.4673130.6545490X-RAY DIFFRACTION17
1.22-1.240.56961890.56572434X-RAY DIFFRACTION91.59
1.24-1.260.53791450.53532496X-RAY DIFFRACTION88.89
1.26-1.280.55391200.50722708X-RAY DIFFRACTION99.23
1.28-1.30.48291800.48292731X-RAY DIFFRACTION99.18
1.3-1.330.51581160.44972786X-RAY DIFFRACTION99.42
1.33-1.350.46131360.40872819X-RAY DIFFRACTION99.7
1.35-1.380.41851520.37362708X-RAY DIFFRACTION99.24
1.38-1.420.3277930.3072857X-RAY DIFFRACTION99.26
1.42-1.450.33171580.26912710X-RAY DIFFRACTION99.45
1.45-1.490.2441650.2532832X-RAY DIFFRACTION99.67
1.49-1.530.22171580.21782654X-RAY DIFFRACTION98.81
1.53-1.580.20781760.20172711X-RAY DIFFRACTION98.67
1.58-1.640.19921680.17832703X-RAY DIFFRACTION97.69
1.64-1.710.15361020.15062748X-RAY DIFFRACTION97.17
1.71-1.780.17841850.15492681X-RAY DIFFRACTION98.15
1.78-1.880.15521430.14912725X-RAY DIFFRACTION99.07
1.88-20.20571330.15482761X-RAY DIFFRACTION99.59
2-2.150.14191200.13572830X-RAY DIFFRACTION99.33
2.15-2.370.13951340.13922767X-RAY DIFFRACTION99.52
2.37-2.710.15781560.13832779X-RAY DIFFRACTION99.97
2.71-3.410.18321550.13622694X-RAY DIFFRACTION98.55
3.41-32.680.15121370.10522783X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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