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- PDB-8rel: Fab of an anti-PvAMA1 monoclonal antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rel
タイトルFab of an anti-PvAMA1 monoclonal antibody
要素
  • Fab 8.1.1 heavy chain
  • Fab 8.1.1 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antobody / anti-AMA-1 / Fab
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bentley, G.A. / Saul, F.A. / Vulliez-LeNormand, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Other private フランス
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Conformational variability in the D2 loop of Plasmodium Apical Membrane antigen 1.
著者: Saul, F.A. / Vulliez-Le Normand, B. / Boes, A. / Spiegel, H. / Kocken, C.H.M. / Faber, B.W. / Bentley, G.A.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 8.1.1 heavy chain
L: Fab 8.1.1 light chain
M: Fab 8.1.1 heavy chain
N: Fab 8.1.1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7075
ポリマ－93,6724
非ポリマー351
水7,891438
1
H: Fab 8.1.1 heavy chain
L: Fab 8.1.1 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8713
ポリマ－46,8362
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18590 Å2
2
M: Fab 8.1.1 heavy chain
N: Fab 8.1.1 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8362
ポリマ－46,8362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3360 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)53.490, 61.520, 116.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab 8.1.1 heavy chain


分子量: 23539.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab 8.1.1 light chain


分子量: 23296.701 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals of Fab8.1.1 were obtained by mixing 1 micro-L of protein and 1 micro-L of reservoir containing 24% PEG 4000, 80 mM sodium acetate pH 4.6 and 0.16 M ammonium acetate. The final ...詳細: Crystals of Fab8.1.1 were obtained by mixing 1 micro-L of protein and 1 micro-L of reservoir containing 24% PEG 4000, 80 mM sodium acetate pH 4.6 and 0.16 M ammonium acetate. The final protein concentration was 3.6 mg/ml. Cryo-protecting buffer for FabF8.1.1 consisted of the crystallisation buffer where PEG was increased to 30% added with 15% of glycerol (v/v).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.02 Å / Num. obs: 41875 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4784 / CC1/2: 0.503 / Rpim(I) all: 0.369 / Rrim(I) all: 0.713 / % possible all: 74.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→42.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 16.307 / SU ML: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25461 1231 2.9 %RANDOM
Rwork0.20035 ---
obs0.20206 40631 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.766 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å20 Å20.03 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6344 0 1 438 6783
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0126515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0165856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0651.6638879
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3861.57213580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8465822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.069527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85101007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2988
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027589
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4372.4413318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4362.4413318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4194.3784130
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4194.3774131
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5492.6263197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5472.6263196
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5874.7424750
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.09528.657085
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.01828.197011
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 65 -
Rwork0.307 2137 -
obs--68.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30860.0130.29770.1113-0.04340.2004-0.01530.0252-0.001-0.0380.0184-0.0286-0.0177-0.0359-0.0030.0511-0.0003-0.020.1007-0.00120.046919.9457-3.6809-11.3549
20.9734-0.2093-0.12930.0626-0.04010.45740.0477-0.06630.0278-0.0147-0.01920.00320.0070.0335-0.02850.0187-0.0113-0.02180.1544-0.00290.035310.1338-4.557620.3068
31.7525-0.1410.5670.1043-0.16880.66220.0376-0.20880.00240.01080.0011-0.001-0.0063-0.1317-0.03870.0045-0.02290.00030.20840.00760.005327.7647-4.307271.6663
40.64410.2001-0.060.1822-0.02370.9327-0.0207-0.0719-0.0396-0.03-0.0019-0.00280.0111-0.07760.02260.00940.0113-0.00590.2035-0.00230.012237.3311-3.240539.7986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
3X-RAY DIFFRACTION2H115 - 213
4X-RAY DIFFRACTION2L108 - 213
5X-RAY DIFFRACTION3M1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION3N2 - 107
7X-RAY DIFFRACTION4M115 - 213
8X-RAY DIFFRACTION4N108 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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