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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8re3 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure determination of Dye-decolorizing Peroxidase (DyP) mutant M190G from Deinoccoccus radiodurans | |||||||||||||||||||||
要素 | Peroxidase, putative | |||||||||||||||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Peroxidase / Heme / Hydrogen Peroxide / D.radiodurans | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Deinococcus radiodurans (放射線耐性) | |||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Salgueiro, B.A. / Frade, K. / Frazao, C. / Matias, P. / Moe, E. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ポルトガル, 6件
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引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2024 タイトル: Biochemical, Biophysical, and Structural Analysis of an Unusual DyP from the Extremophile Deinococcus radiodurans. 著者: Frade, K. / Silveira, C.M. / Salgueiro, B.A. / Mendes, S. / Martins, L.O. / Frazao, C. / Todorovic, S. / Moe, E. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8re3.cif.gz | 522 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8re3.ent.gz | 436.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8re3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8re3_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8re3_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8re3_validation.xml.gz | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8re3_validation.cif.gz | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8re3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8re3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8re2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 49722.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 遺伝子: DR_A0145 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL / Variant (発現宿主): star / 参照: UniProt: Q9RZ08 |
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-非ポリマー , 5種, 639分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OH / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.06M Divalent (0.3M Magnesium Cloride hexahydrate, 0.3M Calcium Cloride dihydrate), 0.1M buffer (1M Tris pH8.5, BICINE), 50% v/v Precipitant (40% v/v PEG 500 MME, 20% w/v PEG 20000) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.51→74.74 Å / Num. obs: 188084 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.511→1.655 Å / Rmerge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4914 / CC1/2: 0.784 / Rpim(I) all: 0.408 / Rrim(I) all: 0.946 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→74.74 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.6 / 位相誤差: 26.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.51→74.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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