PDB-8rdz: Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rdz

タイトル

Crystal Structure of Human ADP-ribose Pyrophosphatase NUDT5 In complex with Ibrutinib

要素

ADP-sugar pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Nudix domain /

ADPR (ADPリボース) / ADP-ribose pyrophosphatase /

NUDt5

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-D-ribose pyrophosphorylase / ribonucleoside diphosphate catabolic process /

ADP-ribose diphosphatase / nucleobase-containing small molecule metabolic process /

8-oxo-dGDP phosphatase /

ADP-ribose diphosphatase activity /

ADP-sugar diphosphatase activity / nucleoside phosphate metabolic process / D-ribose catabolic process / ribose phosphate metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Raux, B. / Huber, K.V.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Unexpected Noncovalent Off-Target Activity of Clinical BTK Inhibitors Leads to Discovery of a Dual NUDT5/14 Antagonist.
著者: Balikci, E. / Marques, A.M.C. / Bauer, L.G. / Seupel, R. / Bennett, J. / Raux, B. / Buchan, K. / Simelis, K. / Singh, U. / Rogers, C. / Ward, J. / Cheng, C. / Szommer, T. / Schutzenhofer, K. ...

履歴

登録	2023年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年5月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rdz.cif.gz	174.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rdz.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rdz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rdz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8otvC 8riyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: ADP-sugar pyrophosphatase

B: ADP-sugar pyrophosphatase

C: ADP-sugar pyrophosphatase

D: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

99.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ADP-sugar pyrophosphatase

C: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 2 ポリマー

2

B: ADP-sugar pyrophosphatase

D: ADP-sugar pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.710, 59.200, 79.431
Angle α, β, γ (deg.)	80.652, 82.958, 77.028
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	ADP-sugar pyrophosphatase / 8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked ...8-oxo-dGDP phosphatase / Nuclear ATP-synthesis protein NUDIX5 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 5 / Nudix motif 5 / hNUDT5 / YSA1H 分子量: 24355.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT5, NUDIX5, HSPC115 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UKK9, ADP-ribose diphosphatase, 8-oxo-dGDP phosphatase, ADP-D-ribose pyrophosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-A1H14 / Ibrutinib (unbound form) / 1-[(3S)-3-[4-azanyl-3-(4-phenoxyphenyl)pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl]prop-2-en-1-one 分子量: 440.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris, PEG4K, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→49.56 Å / Num. obs: 53078 / % possible obs: 96.87 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.05739 / R_pim(I) all: 0.04047 / R_rim(I) all: 0.07063 / Net I/σ(I): 7.35
反射シェル	解像度: 2.02→2.092 Å / R_merge(I) obs: 0.8753 / Num. unique obs: 5256 / CC_1/2: 0.243 / CC star: 0.625

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.02→49.557 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.612 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.211 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	2657	5.02 %
R_work	0.2207	50268	-
all	0.224	-	-
obs	-	52925	96.943 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.269 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.076 Å²	1.454 Å²	2.016 Å²
2-	-	-0.918 Å²	1.351 Å²
3-	-	-	0.306 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.02→49.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5894	0	168	119	6181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5888
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.773	1.856	8396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.584	1.761	13637
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.878	5	755
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.934	7.703	74
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	1.89	10	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.436	10	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.677	10	257
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	5345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2907
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.12	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.061	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.603	4.358	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.601	4.358	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.472	7.806	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.471	7.807	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.837	4.927	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.836	4.928	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.107	8.833	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.106	8.833	4612
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.31	41.705	6509
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.312	41.731	6493

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.02-2.072	0.386	200	0.352	3666	0.354	4021	0.887	0.894	96.1452	0.346
2.072-2.129	0.343	171	0.322	3610	0.323	3939	0.924	0.923	95.9888	0.313
2.129-2.191	0.388	184	0.305	3503	0.309	3845	0.902	0.929	95.8908	0.299
2.191-2.258	0.347	183	0.323	3383	0.324	3704	0.802	0.889	96.2743	0.311
2.258-2.332	0.321	180	0.266	3297	0.269	3606	0.936	0.956	96.4226	0.251
2.332-2.414	0.326	171	0.257	3202	0.26	3479	0.933	0.959	96.9531	0.24
2.414-2.504	0.327	159	0.245	3106	0.249	3363	0.931	0.963	97.0859	0.226
2.504-2.606	0.324	178	0.234	2926	0.239	3200	0.942	0.967	97	0.216
2.606-2.722	0.371	139	0.26	2887	0.265	3108	0.923	0.962	97.3616	0.243
2.722-2.854	0.322	153	0.231	2723	0.236	2968	0.936	0.971	96.9003	0.214
2.854-3.008	0.299	143	0.235	2588	0.239	2823	0.947	0.968	96.7411	0.223
3.008-3.19	0.294	134	0.21	2471	0.214	2681	0.942	0.974	97.1652	0.202
3.19-3.409	0.258	113	0.23	2329	0.231	2493	0.958	0.97	97.9543	0.225
3.409-3.681	0.262	110	0.206	2177	0.209	2339	0.967	0.978	97.7768	0.207
3.681-4.03	0.252	125	0.196	1971	0.199	2149	0.96	0.979	97.5337	0.203
4.03-4.502	0.29	96	0.173	1780	0.178	1936	0.954	0.983	96.9008	0.188
4.502-5.191	0.254	72	0.171	1603	0.175	1721	0.97	0.985	97.3271	0.191
5.191-6.341	0.297	60	0.199	1363	0.203	1443	0.969	0.982	98.614	0.215
6.341-8.894	0.194	50	0.175	1081	0.176	1135	0.981	0.982	99.6476	0.195
8.894-49.557	0.255	36	0.212	602	0.215	639	0.963	0.977	99.8435	0.228

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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