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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rdq | ||||||
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タイトル | Cereblon isoform 4 from Magnetospirillum gryphiswaldense in complex with spiro-isoxazol based compound 8b | ||||||
要素 | Cereblon isoform 4 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / CEREBLON / Ubiquitination / E3 / MOLECULAR GLUE / spiro-isoxazole | ||||||
機能・相同性 | CULT domain / CULT domain profile. / metal ion binding / PHOSPHATE ION / : / Cereblon isoform 4 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Bischof, L. / Hartmann, M.D. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2024 タイトル: Discovery and characterization of potent spiro-isoxazole-based cereblon ligands with a novel binding mode. 著者: Shevalev, R. / Bischof, L. / Sapegin, A. / Bunev, A. / Olga, G. / Kantin, G. / Kalinin, S. / Hartmann, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rdq.cif.gz | 134.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rdq.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rdq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13703.577 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense (走磁性) 遺伝子: MGR_0879 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4TVL0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 分子量: 313.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H10Cl2N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.13 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.4-0.6 M (NH4)H2PO4, ~17 mg/ml MSCI4 with 3 mM thalidomide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.0001 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月11日 | |||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0001 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.03→47.61 Å / Num. obs: 263076 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.06 % / Biso Wilson estimate: 43.893 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 8.86 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.03→47.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 11.2 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.255 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.03→47.61 Å
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拘束条件 |
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