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万見
- PDB-8rdd: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae Nmd4 protein involv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rdd
タイトルCrystal structure of Saccharomyces cerevisiae Nmd4 protein involved in nonsense mediated mRNA decay
要素Nonsense-mediated decay protein 4
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Nonsense-mediated mRNA decay / PIN domain
機能・相同性Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / nucleus / cytoplasm / ACETIC ACID / Nonsense-mediated decay protein 4
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Barbarin-Bocahu, I. / Graille, M.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0003-04 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
Ecole polytechnique フランス
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2024
タイトル: Structure of the Nmd4-Upf1 complex supports conservation of the nonsense-mediated mRNA decay pathway between yeast and humans.
著者: Barbarin-Bocahu, I. / Ulryck, N. / Rigobert, A. / Ruiz Gutierrez, N. / Decourty, L. / Raji, M. / Garkhal, B. / Le Hir, H. / Saveanu, C. / Graille, M.
履歴
登録2023年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nonsense-mediated decay protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8394
ポリマ－19,6271
非ポリマー2123
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.371, 80.371, 94.134
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Nonsense-mediated decay protein 4


分子量: 19626.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: NMD4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q12129
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Na citrate, 0.1 M Na cacodylate pH 6.5, 0.2 M lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.2 Å / Num. obs: 31899 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.0015 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.853 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1598 / CC1/2: 0.608 / Rpim(I) all: 0.58

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.796→40.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU R Cruickshank DPI: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.089 / SU Rfree Blow DPI: 0.082 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.078
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1916 1580 -RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.1816 31899 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3052 Å20 Å20 Å2
2--0.3052 Å20 Å2
3----0.6104 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.796→40.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1334 0 14 208 1556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0091404HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.861897HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d509SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes242HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1404HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion186SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1357SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.63
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2787 27 -
Rwork0.2918 --
obs0.2912 638 42.38 %
精密化 TLSOrigin x: -29.5393 Å / Origin y: 24.8888 Å / Origin z: -29.0679 Å
111213212223313233
T-0.0018 Å20.0067 Å20.0015 Å2--0.0476 Å2-0.0004 Å2---0.0381 Å2
L1.3342 °2-0.1481 °2-0.2783 °2-0.8424 °20.3396 °2--1.3547 °2
S0.0436 Å °0.1049 Å °0.0369 Å °0.1049 Å °0.0042 Å °-0.0507 Å °0.0369 Å °-0.0507 Å °-0.0478 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1{ B|* }B201 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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