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- PDB-8rd7: HUWE1 WWE domain in complex with ADP-ribose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rd7
タイトルHUWE1 WWE domain in complex with ADP-ribose
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードLIGASE / E3 Ligase / Complex / Nucleotide
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial fusion / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein monoubiquitination / Golgi organization / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair ...negative regulation of mitochondrial fusion / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein monoubiquitination / Golgi organization / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / membrane fusion / cell differentiation / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-AR6 / E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å
データ登録者Muenzker, L. / Zak, K.M. / Boettcher, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: A ligand discovery toolbox for the WWE domain family of human E3 ligases
著者: Munzker, L. / Kimani, S.W. / Fowkes, M.M. / Dong, A. / Zheng, H. / Li, Y. / Dasovich, M. / Zak, K.M. / Leung, A.K.L. / Elkins, J.M. / Kessler, D. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L. / Bottcher, J.
履歴
登録2023年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
C: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
D: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,96612
ポリマ－42,0784
非ポリマー8888
水7,764431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7480 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area16100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.883, 62.883, 231.245
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1


分子量: 10519.563 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6Z7

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非ポリマー , 5種, 439分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na Acetate pH 4.83, 2.9 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.31→60.679 Å / Num. obs: 87488 / % possible obs: 78.3 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル解像度: 1.313→1.437 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.544 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4372 / Rsym value: 1.544 / % possible all: 16.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21_5207: ???)精密化
XDSJan 31, 202データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.31→44.46 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1771 4319 4.94 %RANDOM
Rwork0.1477 ---
obs0.1491 87481 78.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.31→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2486 0 51 431 2968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3931015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.103375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.38-1.40.3032400.2364788X-RAY DIFFRACTION22
1.4-1.410.2684450.23451030X-RAY DIFFRACTION30
1.41-1.430.2364650.21451279X-RAY DIFFRACTION36
1.43-1.460.2355830.21591781X-RAY DIFFRACTION51
1.46-1.480.24041560.19442716X-RAY DIFFRACTION78
1.48-1.50.25951640.19073345X-RAY DIFFRACTION96
1.5-1.530.24051760.18283509X-RAY DIFFRACTION100
1.53-1.560.21811720.17133489X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.590.19311680.16313517X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.620.20371930.1523514X-RAY DIFFRACTION100
1.62-1.650.20211750.14653535X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.690.16852080.14363452X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.740.18372020.14573511X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.780.19122060.15673506X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.830.18431650.13343499X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.890.16871810.12563579X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.960.15672040.11733509X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.040.1471830.1163553X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.130.16131760.11463547X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.250.15211910.12213579X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.390.17941890.13093550X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.570.18831780.14663598X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.830.19522050.15953603X-RAY DIFFRACTION100
2.83-3.240.17341530.14733678X-RAY DIFFRACTION100
3.24-4.080.15451990.14193687X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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