PDB-8rd6: the C-terminal domain of TonB protein from Salmonella enterica.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rd6

タイトル

the C-terminal domain of TonB protein from Salmonella enterica.

要素

Protein TonB

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / PROTEIN / TonB

機能・相同性

機能・相同性情報

energy transducer activity / bacteriocin transport / siderophore transport / plasma membrane protein complex / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica (サルモネラ菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Iwai, H. / Ciragan, A. / Oeemig, J.S.

資金援助

フィンランド, 4件

引用

ジャーナル: Sci Data / 年: 2024
タイトル: The 100-protein NMR spectra dataset: A resource for biomolecular NMR data analysis.
著者: Klukowski, P. / Damberger, F.F. / Allain, F.H. / Iwai, H. / Kadavath, H. / Ramelot, T.A. / Montelione, G.T. / Riek, R. / Guntert, P.

履歴

登録	2023年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rd6.cif.gz	640.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rd6.ent.gz	549.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rd6_validation.pdf.gz	622 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rd6_full_validation.pdf.gz	1010.4 KB	表示
XML形式データ	8rd6_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	8rd6_validation.cif.gz	79.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rd/8rd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34887the C-terminal domain of TonB protein from Salmonella enterica.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein TonB

10.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints, not applicable

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Protein TonB 分子量: 10054.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌) 遺伝子: tonB, STM1737 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P25945

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	NOESY
1	2	1	isotropic	3	NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution 内容: 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TonB-CTD(154-242), 90% H2O/10% D2O 詳細: 1.1mM TonB in 20mM Kpi pH 6.0 / Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.1 mM / 構成要素: TonB-CTD(154-242) / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態	イオン強度: 20 mM / Label: DL_2015 / pH: 6 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2
Bruker AVANCE III	Bruker	AVANCE III	950	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guentert	structure calculation
Amber		Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化
CYANA		Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2	CCPN	データ解析
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
TopSpin		Bruker Biospin	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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