PDB-8rcz: Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Pseudomonas aerugi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rcz

タイトル

Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Pseudomonas aeruginosa with NADH cofactor

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FabV / enoyl-ACP reductase / Pseudomonas aeruginosa / NADH

機能・相同性

機能・相同性情報

trans-2-enoyl-CoA reductase (NADH) activity / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / NAD binding / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Vandebroek, L. / Van Olmen, F. / Voet, A.R.D. / Verwilst, P.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the enoyl-ACP reductase FabV from Pseudomonas aeruginosa with NADH cofactor
著者: Vandebroek, L. / Van Olmen, F. / Voet, A.R.D. / Verwilst, P.

履歴

登録	2023年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rcz.cif.gz	164.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rcz.ent.gz	127.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rcz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rcz_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rcz_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8rcz_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	8rcz_validation.cif.gz	44 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rcz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rcz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.744, 88.729, 158.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] 分子量: 43894.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fabV 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A2R3IT83
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.78 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 0.5M lithium chloride, 0.1M Tris pH 8.7, 24% PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→89.58 Å / Num. obs: 70614 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.957 / R_merge(I) obs: 0.1721 / R_pim(I) all: 0.112 / R_rim(I) all: 0.315 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.45→2.55 Å / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.748 / Num. measured all: 21204 / Num. unique obs: 3115 / CC_1/2: 0.877 / R_pim(I) all: 0.285 / R_rim(I) all: 0.803 / Χ²: 0.86 / Net I/σ(I) obs: 3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→45.01 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2421	3622	5.13 %
R_work	0.1971	-	-
obs	0.1994	70614	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→45.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5975	0	88	157	6220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6184
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.521	8394
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.533	2251
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	939
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1082

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.28	0.2857	125	0.27	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.31	0.2791	139	0.2545	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.34	0.2696	151	0.2542	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.38	0.3124	145	0.2592	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.302	145	0.2653	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.3191	170	0.2629	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.3065	164	0.2457	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.54	0.2799	158	0.2509	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.59	0.3057	148	0.2346	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.65	0.2422	139	0.2252	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.7	0.2895	129	0.225	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7-2.77	0.2712	163	0.23	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.83	0.2904	123	0.215	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.91	0.3089	163	0.2269	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3	0.2734	141	0.2184	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.09	0.2855	169	0.2229	2538	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.2	0.2655	123	0.2122	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.33	0.2932	105	0.2111	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.48	0.3171	109	0.2101	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.48-3.67	0.2571	140	0.1943	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.9	0.2189	150	0.1744	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.2	0.2101	115	0.1622	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2-4.62	0.197	121	0.1579	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.29	0.1978	130	0.1556	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.29-6.66	0.2147	126	0.1888	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
6.66-45.01	0.135	131	0.1546	2583	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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