PDB-8rcx: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis regulator Vir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rcx

タイトル

Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis regulator VirS (N-terminal fragment 4-208) in complex with the drug candidate alpibectir

要素

HTH-type transcriptional regulator VirS

キーワード

TRANSCRIPTION / ARAC FAMILY / TUBERCULOSIS / DNA BINDING PROTEIN / IN SITU PROTEOLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to acidic pH / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.494 Å

データ登録者

Edoo, Z. / Frita, R. / Grosse, C. / Bourotte, M. / Moune, M. / Antoine, R. / Trebosc, V. / Schellhorn, B. / Dreneau, A. / Hofmann, L. ...

資金援助

ベルギー,

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clinical candidate alpibectir rejuvenates ethionamide for treating tuberculosis
著者: Edoo, Z. / Frita, R. / Grosse, C. / Bourotte, M. / Moune, M. / Antoine, R. / Trebosc, V. / Schellhorn, B. / Dreneau, A. / Hofmann, L. / Kemmer, C. / Lociuro, S. / Dale, G.E. / Jung, F. / ...

履歴

登録	2023年12月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rcx.cif.gz	182.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rcx.ent.gz	138.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rcx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rcx_validation.pdf.gz	1009.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rcx_full_validation.pdf.gz	1008.1 KB	表示
XML形式データ	8rcx_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	8rcx_validation.cif.gz	31.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rcx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rcx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator VirS

B: HTH-type transcriptional regulator VirS

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: HTH-type transcriptional regulator VirS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: HTH-type transcriptional regulator VirS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.313, 115.313, 70.713
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator VirS 分子量: 44573.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Proteolytic fragment: residues 4-208 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: virS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMJ3
#2: 化合物	ChemComp-YPQ / 4,4,4-tris(fluoranyl)-1-[3-(trifluoromethyl)-1-oxa-2,8-diazaspiro[4.5]dec-2-en-8-yl]butan-1-one 分子量: 332.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄F₆N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.3 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Tris, pH 7.5, 8% (w/v) PEG 20,000, 8% (v/v) PEG 500 MME, pH7.5, protein:alpibectir ratio 1:1, in situ proteolysis with subtilisin, temperature 293K, vapor diffusion

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.494→19.244 Å / Num. obs: 78828 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.977 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.494→1.535 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.88 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3941 / CC_1/2: 0.106 / R_pim(I) all: 0.387 / R_rim(I) all: 0.965 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
autoPROC	1.0.5	data processing
STARANISO		データスケーリング
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.494→19.244 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 1.238 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.069 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2043	3979	5.048 %
R_work	0.1798	74849	-
all	0.181	-	-
obs	-	78828	91.009 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.895 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0.003 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.017 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.494→19.244 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3166	0	44	275	3485

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.012	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.129	1.664	4488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.681	1.565	7111
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.849	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.056	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.102	10	494
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.699	10	147
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	637
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1662
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.302	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.134	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.267	1.763	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.264	1.763	1643
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.161	3.166	2052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.16	3.166	2053
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.222	2.181	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.221	2.18	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.079	3.811	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.078	3.811	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.751	20.334	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.744	19.652	3631

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.494-1.533	0.25	147	0.247	3501	0.248	6366	0.957	0.95	57.3044	0.241
1.533-1.574	0.225	234	0.226	4456	0.226	6194	0.966	0.968	75.7184	0.218
1.574-1.62	0.212	227	0.205	4638	0.205	5964	0.972	0.973	81.5728	0.193
1.62-1.669	0.262	256	0.202	4816	0.205	5868	0.957	0.974	86.4349	0.189
1.669-1.724	0.213	268	0.196	4936	0.197	5686	0.97	0.975	91.523	0.182
1.724-1.784	0.225	251	0.192	5034	0.194	5445	0.967	0.977	97.0615	0.179
1.784-1.85	0.223	279	0.185	4955	0.187	5314	0.97	0.979	98.4945	0.172
1.85-1.925	0.193	271	0.177	4761	0.178	5092	0.975	0.98	98.8217	0.17
1.925-2.01	0.197	256	0.173	4605	0.175	4899	0.977	0.982	99.2243	0.17
2.01-2.107	0.186	261	0.172	4368	0.173	4669	0.979	0.982	99.1433	0.175
2.107-2.219	0.204	239	0.173	4184	0.175	4476	0.977	0.982	98.8159	0.179
2.219-2.352	0.196	205	0.167	3972	0.169	4232	0.976	0.983	98.7004	0.18
2.352-2.512	0.185	194	0.165	3698	0.166	3971	0.978	0.984	98.0106	0.184
2.512-2.709	0.222	215	0.175	3385	0.178	3700	0.972	0.981	97.2973	0.202
2.709-2.962	0.201	147	0.185	3169	0.186	3414	0.976	0.979	97.1295	0.218
2.962-3.301	0.244	141	0.203	2931	0.205	3137	0.962	0.976	97.928	0.242
3.301-3.794	0.2	134	0.175	2539	0.176	2745	0.978	0.984	97.3771	0.217
3.794-4.602	0.158	114	0.149	2161	0.15	2350	0.983	0.987	96.8085	0.197
4.602-6.329	0.198	81	0.177	1698	0.178	1871	0.985	0.987	95.0828	0.237
6.329-19.244	0.217	59	0.198	1042	0.199	1157	0.975	0.982	95.1599	0.259

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