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万見
- PDB-8rcu: human TRPM4 in SMA IBA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rcu
タイトルhuman TRPM4 in SMA IBA
要素Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
キーワードMEMBRANE PROTEIN / trpm / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulation of vascular associated smooth muscle cell membrane depolarization / sodium channel complex / regulation of T cell cytokine production / membrane depolarization during AV node cell action potential / metal ion transport / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / negative regulation of bone mineralization / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential ...positive regulation of atrial cardiac muscle cell action potential / positive regulation of regulation of vascular associated smooth muscle cell membrane depolarization / sodium channel complex / regulation of T cell cytokine production / membrane depolarization during AV node cell action potential / metal ion transport / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / negative regulation of bone mineralization / regulation of ventricular cardiac muscle cell action potential / calcium-activated cation channel activity / sodium ion import across plasma membrane / inorganic cation transmembrane transport / dendritic cell chemotaxis / TRP channels / cellular response to ATP / sodium channel activity / monoatomic cation transmembrane transport / regulation of heart rate by cardiac conduction / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / protein sumoylation / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of heart rate / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of vasoconstriction / calcium-mediated signaling / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homotetramerization / adaptive immune response / calmodulin binding / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TRPM, SLOG domain / : / SLOG in TRPM / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHOLESTEROL / Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ekundayo, B. / Prakash, A. / Christian, G. / Anne, F.H. / Sabrina, G. / Mey, B. / Daniela, R. / Martin, L. / Jean, S.R. / Henning, S. ...Ekundayo, B. / Prakash, A. / Christian, G. / Anne, F.H. / Sabrina, G. / Mey, B. / Daniela, R. / Martin, L. / Jean, S.R. / Henning, S. / Hugues, A. / Dongchun, N.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationNCCR TransCure (185544) スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Identification of a binding site for small molecule inhibitors targeting human TRPM4.
著者: Babatunde Ekundayo / Prakash Arullampalam / Christian E Gerber / Anne-Flore Hämmerli / Sabrina Guichard / Mey Boukenna / Daniela Ross-Kaschitza / Martin Lochner / Jean-Sebastien Rougier / ...著者: Babatunde Ekundayo / Prakash Arullampalam / Christian E Gerber / Anne-Flore Hämmerli / Sabrina Guichard / Mey Boukenna / Daniela Ross-Kaschitza / Martin Lochner / Jean-Sebastien Rougier / Henning Stahlberg / Hugues Abriel / Dongchun Ni /
要旨: Transient receptor potential (TRP) melastatin 4 (TRPM4) protein is a calcium-activated monovalent cation channel associated with various genetic and cardiovascular disorders. The anthranilic acid ...Transient receptor potential (TRP) melastatin 4 (TRPM4) protein is a calcium-activated monovalent cation channel associated with various genetic and cardiovascular disorders. The anthranilic acid derivative NBA is a potent and specific TRPM4 inhibitor, but its binding site in TRPM4 has been unknown, although this information is crucial for drug development targeting TRPM4. We determine three cryo-EM structures of full-length human TRPM4 embedded in native lipid nanodiscs without inhibitor, bound to NBA, and an anthranilic acid derivative, IBA. We found that the small molecules NBA and IBA were bound in a pocket formed between the S3, S4, and TRP helices and the S4-S5 linker of TRPM4. Our structural data and results from patch clamp experiments enable validation of a binding site for small molecule inhibitors, paving the way for further drug development targeting TRPM4.
履歴
登録2023年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
B: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
C: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
D: Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)340,19416
ポリマ－335,3744
非ポリマー4,82012
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28870 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area118000 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily M member 4 / hTRPM4 / Calcium-activated non-selective cation channel 1 / Long transient receptor potential ...hTRPM4 / Calcium-activated non-selective cation channel 1 / Long transient receptor potential channel 4 / LTrpC-4 / LTrpC4 / Melastatin-4


分子量: 83843.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPM4, LTRPC4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TD43
#2: 化合物
ChemComp-A1HZ5 / 4-chloranyl-2-[2-(3-iodanylphenoxy)ethanoylamino]benzoic acid


分子量: 431.610 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11ClINO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: homotetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 500 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6BQV

6bqv


Accession code: 6BQV / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00320096
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.68627204
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.3062664
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0393028
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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