PDB-8rc7: The structure of membrane-active antibiotic cyclodecapeptide gram...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rc7

タイトル

The structure of membrane-active antibiotic cyclodecapeptide gramicidin S in complex with urea

要素

Gramicidin S

キーワード

ANTIBIOTIC / A cyclic decapeptide

機能・相同性

GRAMICIDIN S / UREA

機能・相同性情報

生物種

Brevibacillus brevis (バクテリア)

手法

X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.98 Å

データ登録者

Dodson, E.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: The crystal structure of a hydrated gramicidin S urea complex
著者: Dodson, E.J.

履歴

登録	2023年12月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rc7.cif.gz	15.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rc7.ent.gz	9.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rc7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rc7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/8rc7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

D: Gramicidin S

ヘテロ分子

1.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	25.800, 25.800, 21.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-101- URE
2	1	D-101- URE
3	1	D-206- HOH
4	1	D-207- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	Gramicidin S タイプ: Cyclic peptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1159.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: GRAMICIDIN S IS A DECAPEPTIDE, RESIDUES 1 AND 10 FORM A PEPTIDE BOND RESULTING IN CYCLIZATION. 由来: (天然) Brevibacillus brevis (バクテリア) / 参照: GRAMICIDIN S
#2: 化合物	ChemComp-URE / UREA / 尿素分子量: 60.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	GRAMICIDIN S IS A CYCLODECAPEPTIDE, CONSTRUCTED AS TWO IDENTICAL PENTAPEPTIDES JOINED HEAD TO TAIL, ...GRAMICIDIN S IS A CYCLODECAPEPTIDE, CONSTRUCTED AS TWO IDENTICAL PENTAPEPTIDES JOINED HEAD TO TAIL, PRODUCED BY THE GRAM POSITIVE BACTERIUM BACILLUS BREVIS HERE, GRAMICIDIN S IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.93 %
結晶化	詳細: Urea, HCl, 95% Ethanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1978年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.98→22.34 Å / Num. obs: 4028 / % possible obs: 81.1 % / Net I/σ(I): 210

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0411 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.98→22.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.988 / SU B: 0.276 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.023
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions. At this resolution the FreeR is often equal to the overall R factor

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1318	205	5.089 %	Random selection
R_work	0.14	3823	-	-
all	0.14	-	-	-
obs	-	4028	80.738 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.064 Å²	0.032 Å²	0 Å²
2-	-	0.064 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.98→22.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	82	0	4	9	95

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.012	97
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.015	103
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.196	1.624	134
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.881	1.564	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.751	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.574	10	15
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	23.292	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	1.735	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.204	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.221	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.168	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.023	0.62	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.02	0.62	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.336	1.126	58
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.332	1.122	59
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.916	0.965	51
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.927	0.98	50
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.176	1.583	76
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.228	1.597	74
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.488	8.265	87
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.54	8.032	87

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
0.98-1.005	0.143	7	0.16	141	0.159	354	0.983	0.983	41.8079	0.16
1.005-1.033	0.095	8	0.15	201	0.147	372	0.997	0.984	56.1828	0.15
1.033-1.063	0.144	17	0.138	206	0.139	318	0.987	0.985	70.1258	0.138
1.063-1.095	0.174	12	0.133	244	0.135	333	0.978	0.988	76.8769	0.133
1.095-1.131	0.152	6	0.145	248	0.145	329	0.974	0.986	77.2037	0.145
1.131-1.171	0.116	17	0.137	229	0.135	310	0.99	0.988	79.3548	0.137
1.171-1.215	0.214	13	0.151	233	0.154	308	0.967	0.985	79.8701	0.151
1.215-1.264	0.14	13	0.142	224	0.142	285	0.986	0.986	83.1579	0.142
1.264-1.32	0.204	14	0.137	225	0.141	279	0.964	0.988	85.6631	0.137
1.32-1.384	0.127	9	0.138	226	0.138	271	0.992	0.986	86.7159	0.138
1.384-1.459	0.134	10	0.14	225	0.14	266	0.99	0.986	88.3459	0.14
1.459-1.547	0.113	7	0.149	215	0.147	240	0.992	0.986	92.5	0.149
1.547-1.653	0.181	19	0.163	194	0.164	233	0.983	0.983	91.4163	0.163
1.653-1.785	0.151	12	0.132	191	0.133	214	0.992	0.989	94.8598	0.132
1.785-1.954	0.112	15	0.124	179	0.123	199	0.993	0.988	97.4874	0.124
1.954-2.183	0.033	5	0.119	177	0.116	185	1	0.992	98.3784	0.119
2.183-2.516	0.089	9	0.143	151	0.139	163	0.997	0.988	98.1595	0.143
2.516-3.072	0.205	5	0.142	138	0.145	145	0.992	0.987	98.6207	0.142
3.072-4.304	0.105	5	0.126	108	0.125	113	0.997	0.989	100	0.126
4.304-22.343	0.145	2	0.17	69	0.169	73	0.998	0.984	97.2603	0.17

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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