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万見
- PDB-8rc6: Cryo-EM structure of hexameric BTB domain of Drosophila CG6765 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rc6
タイトルCryo-EM structure of hexameric BTB domain of Drosophila CG6765 protein
要素BTB domain of CG6765 protein
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-binding / transcription regulation / oligomerization
機能・相同性
機能・相同性情報


developmental process involved in reproduction / animal organ development / neuron development / regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Bonchuk, A.N. / Naschberger, A. / Baradaran, R.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10099 ロシア
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: The Arthropoda-specific Tramtrack group BTB protein domains use previously unknown interface to form hexamers.
著者: Artem N Bonchuk / Konstantin I Balagurov / Rozbeh Baradaran / Konstantin M Boyko / Nikolai N Sluchanko / Anastasia M Khrustaleva / Anna D Burtseva / Olga V Arkova / Karina K Khalisova / ...著者: Artem N Bonchuk / Konstantin I Balagurov / Rozbeh Baradaran / Konstantin M Boyko / Nikolai N Sluchanko / Anastasia M Khrustaleva / Anna D Burtseva / Olga V Arkova / Karina K Khalisova / Vladimir O Popov / Andreas Naschberger / Pavel G Georgiev /
要旨: BTB (bric-a-brack, Tramtrack, and broad complex) is a diverse group of protein-protein interaction domains found within metazoan proteins. Transcription factors contain a dimerizing BTB subtype with ...BTB (bric-a-brack, Tramtrack, and broad complex) is a diverse group of protein-protein interaction domains found within metazoan proteins. Transcription factors contain a dimerizing BTB subtype with a characteristic N-terminal extension. The Tramtrack group (TTK) is a distinct type of BTB domain, which can multimerize. Single-particle cryo-EM microscopy revealed that the TTK-type BTB domains assemble into a hexameric structure consisting of three canonical BTB dimers connected through a previously uncharacterized interface. We demonstrated that the TTK-type BTB domains are found only in Arthropods and have undergone lineage-specific expansion in modern insects. The genome encodes 24 transcription factors with TTK-type BTB domains, whereas only four have non-TTK-type BTB domains. Yeast two-hybrid analysis revealed that the TTK-type BTB domains have an unusually broad potential for heteromeric associations presumably through a dimer-dimer interaction interface. Thus, the TTK-type BTB domains are a structurally and functionally distinct group of protein domains specific to Arthropodan transcription factors.
履歴
登録2023年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BTB domain of CG6765 protein
B: BTB domain of CG6765 protein
C: BTB domain of CG6765 protein
D: BTB domain of CG6765 protein
E: BTB domain of CG6765 protein
F: BTB domain of CG6765 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,2616
ポリマ－87,2616
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
BTB domain of CG6765 protein


分子量: 14543.481 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dmel\CG6765, CG6765, Dmel_CG6765 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VSL1

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexameric BTB domain of CG6765 protein / タイプ: CELL / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM Tris, pH 7.4, 50mM NaCl, 1mM DTT
試料濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.1 sec. / 電子線照射量: 40.3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
実像数: 9757

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 480721
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197562 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056262
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5538534
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.3152238
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042990
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041078

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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