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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rbr | ||||||
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タイトル | Neutron structure of alginate lyase PsPL7C from Paradendryphiella salina | ||||||
![]() | Alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE / alginate lyase / neutron structure / beta jelly-roll | ||||||
機能・相同性 | Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 中性子回折 / ![]() | ||||||
![]() | Meilleur, F. / Morth, J.P. / Wilkens, C. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Neutron structure of alginate lyase PsPL7C from Paradendryphiella salina 著者: Meilleur, F. / Morth, J.P. / Wilkens, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 326 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 326 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25544.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500; 0.1 M TBG buffer pH 4 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||
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放射光源 | 由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ORNL ANGER CAMERA / 検出器: SCINTILLATION / 日付: 2020年5月12日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→27.23 Å / Num. obs: 41523 / % possible obs: 84.03 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 13.14 Å2 / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 5.29 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.84 Å / Num. unique obs: 705 / CC1/2: 0.32 |
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解析
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.01 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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