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- PDB-8rbn: Neutron structure of alginate lysase PsPL7C from Paradendryphiell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rbn
タイトルNeutron structure of alginate lysase PsPL7C from Paradendryphiella salina soaked with penta-mannuronic acid
要素Alginate lyase
キーワードLYASE (リアーゼ) / alginate lyase / neutron structure / mannuronic acid
機能・相同性Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase
機能・相同性情報
生物種Paradendryphiella salina (菌類)
手法中性子回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meilleur, F. / Morth, J.P. / Wilkens, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neutron structure of alginate lysase PsPL7C from Paradendryphiella salina soaked with penta-mannuronic acid
著者: Meilleur, F. / Morth, J.P. / Wilkens, C.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alginate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4433
ポリマ－25,5441
非ポリマー8992
水2,234124
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area9930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.089, 61.451, 91.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Alginate lyase


分子量: 25544.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7C / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A7I9C8Z1
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 352.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122A-1b_1-5][a11eEA-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-ManpA]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAa1-4DManpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a1122A-1b_1-5][a1122A-1a_1-5]/1-2-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][a-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500; 0.1 M TBG buffer pH 4

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SPALLATION SOURCE / サイト: ORNL Spallation Neutron Source / ビームライン: MANDI / 波長: 2-4
検出器タイプ: ORNL ANGER CAMERA / 検出器: SCINTILLATION / 日付: 2020年10月4日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron
放射波長
ID波長 (Å)相対比
121
241
反射解像度: 2.15→13.85 Å / Num. obs: 11082 / % possible obs: 84.03 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.71 Å2 / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 5.29
反射 シェル解像度: 2.15→2.26 Å / Num. unique obs: 1091 / CC1/2: 0.45

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解析

精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→27.41 Å / SU ML: 0.1673 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.0672
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1767 726 5.02 %
Rwork0.1288 13734 -
obs0.1312 14460 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0124239
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.79827284
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0894300
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068847
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.77641082
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.260.24451560.15412668NEUTRON DIFFRACTION99.93
2.26-2.490.20411510.152702NEUTRON DIFFRACTION100
2.49-2.850.1771060.15152743NEUTRON DIFFRACTION100
2.85-3.590.19141580.12962751NEUTRON DIFFRACTION100
3.59-27.410.13561550.10262870NEUTRON DIFFRACTION99.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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