PDB-8rbk: Bos taurus PRMT9 in the presence of SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rbk

タイトル

Bos taurus PRMT9 in the presence of SAH

要素

MGC151858 protein

キーワード

TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / PRMT9 / TPR / SAH

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-arginine omega-N symmetric methyltransferase activity / peptidyl-arginine methylation / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / mRNA processing / chromatin remodeling / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PRMT9 with SAH
著者: Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

履歴

登録	2023年12月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rbk.cif.gz	317.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rbk.ent.gz	258 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rbk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rbk_validation.pdf.gz	665.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rbk_full_validation.pdf.gz	668.2 KB	表示
XML形式データ	8rbk_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8rbk_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rbk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rb/8rbk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (2)

登録構造単位

A: MGC151858 protein

ヘテロ分子

93.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, native mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.433, 121.247, 67.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	MGC151858 protein / Protein arginine methyltransferase 9 分子量: 93103.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PRMT9, MGC151858 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A5PJT3
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.5 0.8 M A.S. 2.5% PEG 6,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980115 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.980115 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→45.97 Å / Num. obs: 12994 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.114 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 90508
反射シェル	解像度: 3.6→3.94 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 2.446 / Num. measured all: 21045 / Num. unique obs: 3096 / CC_1/2: 0.516 / R_pim(I) all: 1.012 / R_rim(I) all: 2.65 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc4_4035	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.19.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.6→45.97 Å / SU ML: 0.64 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 41.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2789	626	4.83 %	RANDOM
R_work	0.2389	-	-	-
obs	0.2409	12972	99.5 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→45.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5830	0	26	0	5856

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5980
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.529	8113
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.189	796
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	932
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1030

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.6-3.96	0.4078	166	0.3546	3062	X-RAY DIFFRACTION	99
3.96-4.53	0.3109	147	0.2719	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-5.71	0.2935	153	0.256	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
5.71-45.97	0.2521	160	0.2104	3128	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.9338	-1.411	-3.9785	8.4202	-0.3932	5.6565	0.4492	0.775	1.2953	0.5207	-0.3666	-1.1597	-0.0687	0.4465	-0.2156	1.5663	-0.0155	-0.2074	1.4706	-0.0701	1.7091	-8.9264	-30.3307	24.677
2	3.3835	0.1849	-1.4437	3.033	-0.523	1.1044	-0.0682	-0.9923	-0.2314	0.5626	0.1175	-0.1792	0.0462	0.4001	-0.0031	1.887	-0.3027	-0.0333	1.9666	-0.0129	1.8241	28.93	-23.972	30.6928
3	4.0731	2.33	0.1885	2.2544	-1.1124	9.4467	-0.7572	0.2684	0.2552	-0.1578	0.1051	-0.5577	-0.362	1.8093	0.8385	1.254	-0.2789	-0.1315	1.2662	-0.2276	1.4546	44.1311	-7.1533	27.3823
4	2.8738	0.6784	0.9379	0.5652	0.3108	3.6631	-0.0297	0.048	0.1996	-0.0216	0.1891	0.0924	-0.7414	-0.0217	-0.1585	1.7292	-0.2745	0.2071	1.5143	-0.0861	1.7231	24.4801	-5.1476	5.4787
5	3.2199	-0.7416	0.6846	2.6086	-2.65	4.7393	-0.1027	0.4546	-0.5483	-0.1867	-0.0578	-0.3207	0.3249	0.4934	0.1222	1.7081	-0.2504	0.0536	1.4039	-0.3716	1.6968	30.4901	-30.0705	4.33

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 337 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 338 through 415 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 416 through 704 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 705 through 846 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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