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- PDB-8rbj: Structure of fungal tRNA ligase in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rbj
タイトルStructure of fungal tRNA ligase in complex with RNA
要素
  • RNA
  • tRNA ligase
キーワードLIGASE / tRNA ligase / RNA duplex / RNA processing / tRNA splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP-dependent polyribonucleotide 5'-hydroxyl-kinase activity / RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / phosphoric diester hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
tRNA ligase Trl1, fungi / tRNA ligase, phosphodiesterase / tRNA ligase, kinase domain, fungi / Fungal tRNA ligase phosphodiesterase domain / tRNA ligase kinase domain / T4 RNA ligase 1, N-terminal / RNA ligase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / RNA / tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Kopp, J. / Koehler, S. / Peschek, J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)442512666 ドイツ
German Research Foundation (DFG)439669440 ドイツ
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structure of fungal tRNA ligase Trl1 with RNA reveals conserved substrate-binding principles.
著者: Kohler, S. / Kopp, J. / Maiti, S. / Bujnicki, J.M. / Peschek, J.
履歴
登録2023年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA ligase
C: RNA
B: RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6644
ポリマ－53,3173
非ポリマー3471
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area21390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.560, 75.360, 124.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 tRNA ligase


分子量: 48873.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0034810 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0S6G2
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 2221.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: protein concentration: 5.8 mg/ml protein:RNA ratio = 1:1.7 precipitant solution: 20 % PEG3350, 0.2 M potassium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→47.64 Å / Num. obs: 20384 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 45.35 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.355 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.37→2.46 Å / Rmerge(I) obs: 3.123 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2019 / CC1/2: 0.392 / Rpim(I) all: 0.856

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20200131データ削減
Aimless0.7.12データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.37→47.64 Å / SU ML: 0.341 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2559
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2178 1003 4.92 %
Rwork0.1782 19370 -
obs0.1803 20373 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→47.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 301 23 113 3575
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00673569
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93894890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511536
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084575
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.31261370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.50.33631390.28572718X-RAY DIFFRACTION99.9
2.5-2.650.26811160.24182736X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.860.28491570.23352722X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.140.23361240.20222751X-RAY DIFFRACTION99.97
3.14-3.60.2241620.17332735X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.18151470.14992790X-RAY DIFFRACTION100
4.53-47.640.19541580.15052918X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.94500007189-0.8750830615871.600042425074.140467434350.2496223821543.297179228-0.451042754387-0.6795554162720.6892278044060.5471652963380.27839754010.54362712012-1.03230293722-0.8603385634040.1667404649660.5932080273770.1770720076660.1134145474960.672971726717-0.07041212150320.606780977242-20.6961.69227.718
24.648582722630.545632053715-0.734312786014.299310114090.1575916385185.541408261890.2264228559550.0817930363052-1.08363854947-0.1226966182720.0476947440861-0.5480556436061.1134938539-0.0414517483974-0.2670884535760.5449715332220.0705997361441-0.1607300212080.269044301983-0.03039871375780.595918475209-2.498-24.46720.522
33.875390549631.392943109751.333099467472.82432231330.4315843628433.878352302220.4616867005140.0872306056729-1.11005597179-0.5528706632690.04370590177390.2514211795671.1456316627-0.342430723023-0.5008005224710.521300778886-0.147147770092-0.1718439549690.369968704278-0.003333276311390.583111570007-12.258-21.67914.53
44.22475887231-0.147569992120.7314664060543.37571508857-0.8757018850414.6547891733-0.02749362035310.0757409944383-0.171962249194-0.1056629842210.2420498877570.1141324283390.301377468127-0.704354918663-0.1698724958750.256363418144-0.0336954903809-0.01383827398520.288192271308-0.008926316292170.230527194515-11.765-11.25518.169
52.239523314980.4706526731370.7644963362674.95988100385-0.4395404600482.53028834674-0.148001822497-0.09930620342180.2523338829660.446847205246-0.0655738763461-0.649581617035-0.7410824622930.3171570805150.2087130718020.4103329901430.0119875318704-0.0858154564960.290358250347-0.04644240850010.4179658737561.1950.10124.851
63.73365553718-0.6914176588860.8404055093662.15837827503-0.006494900468425.42467856217-0.1558622468050.03612510201690.4152513187050.1317285862610.07746384003440.133886507674-0.81026699292-0.5379190422290.03541883046130.330988705480.081667676921-0.01923463409310.271575155841-0.01933950986950.289584980171-11.951-0.12219.813
75.171212201382.50134917069-0.6672168309253.7707328319-0.1323294706713.801947659720.1560359815060.4237357792510.764390474058-0.162399759189-0.03629571662850.750795283372-1.27213785085-1.34400103210.006228990189980.700826588060.360727674767-0.1244601677631.030486627490.1218082457920.667644390759-28.5314.2369.575
85.183742063260.294744851519-1.904934503463.994774655210.6140307035324.51862764906-0.0851056145388-0.0992792164186-0.614022994363-0.01098779826070.1723564171910.8459636916170.27913178828-1.663043413540.0115982388570.295289182607-0.012236514462-0.03600670295130.8506827353720.09684643630080.528175367674-26.347-9.27617.18
96.68468226671-1.27651566968-3.177684638931.684312428480.7673461212963.95363055007-0.1126340017630.371643187572-0.711717304157-0.220178580358-0.02625474897160.04157155303060.09487353397630.195246522935-0.05331204762650.7814382877750.116596076079-0.002734663337480.8800461519650.08308424443120.466043180738-13.704-0.546-10.897
103.193209554360.330715961312-0.9843434385832.844681978990.1566611580834.142789278450.2632862984480.7552535770220.364869147083-0.709081165541-0.352453306837-0.365875202179-0.4507990332560.8961971001640.1097709277121.168243450120.009501225232870.02535987150781.127105673030.2957922175080.561906920609-7.0277.784-12.46
117.73930518819-1.324666300960.7774254463432.55664954081-0.6660687129082.95781812904-0.722902680559-0.06892824842840.6233550666590.2114081600580.608871186410.221319368391-1.11002401354-0.4837821890110.2252197086341.053516958560.196448068242-0.02876614444050.766298490450.2583279962910.707363067867-18.16111.544-6.564
121.786867939035.001380172814.752140146514.275254020049.105189419338.90033273767-0.52502973482-0.1374572178820.334414431783-0.5897467561850.379159742360.0851086566174-0.8886578679470.4498141551780.04259176787080.5937252685120.00896403296848-0.1959053529060.618692253117-0.09040368504840.523423236708-23.089-18.833-0.101
138.563534921253.212276022730.565779418724.7110864513-1.01062971173.24178650328-0.94992984471-1.01195570723-0.1635530171862.488338643550.576735872269-0.152655540144-0.515461167776-0.434575985610.09293174873010.9338589867420.0616638237525-0.2676748935851.1760386508-0.2766251985040.515235782827-29.503-26.0592.674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 12:37 )A12 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 38:77 )A38 - 77
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 78:100 )A78 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 101:181 )A101 - 181
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 182:210 )A182 - 210
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 211:277 )A211 - 277
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 278:300 )A278 - 300
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 301:329 )A301 - 329
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 330:354 )A330 - 354
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 355:384 )A355 - 384
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 385:407 )A385 - 407
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 2:8 )B2 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN C AND RESID 2:8 )C2 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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