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- PDB-8ral: CL3E peptide bound to the I-Ab murine MHC class II receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ral
タイトルCL3E peptide bound to the I-Ab murine MHC class II receptor
要素
  • (H-2 class II histocompatibility antigen, ...) x 2
  • CL3E peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class II / receptor / diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / protein antigen binding / positive regulation of T cell differentiation / antigen processing and presentation / response to type II interferon / toxic substance binding / multivesicular body / MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / cellular response to type II interferon / adaptive immune response / early endosome / lysosome / immune response / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Erausquin, E. / Urdiciain, A. / Serra, P. / Santamaria, P. / Lopez-Sagaseta, J.
資金援助 スペイン, European Union, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC201721683 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2021-125493OB-I00 スペイン
European Foundation for the Study of Diabetes (EFSD)European Union
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CL3E peptide bound to the I-Ab murine MHC class II receptor
著者: Lopez-Sagaseta, J. / Erausquin, E. / Urdiciain, A. / Serra, P. / Santamaria, P.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年11月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / cell / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_contact_author / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_conn_type / struct_mon_prot_cis / struct_sheet_range / symmetry
Item: _cell.volume / _chem_comp.formula ..._cell.volume / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_branch_scheme.asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id / _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id / _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_branch_scheme.mon_id / _pdbx_branch_scheme.num / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_entity_branch_list.comp_id / _pdbx_entity_branch_list.entity_id / _pdbx_entity_branch_list.num / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[2][3] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii / _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.name / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_comp_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Polymer backbone linkage
詳細: Sugar identity and linkages have been corrected. Na+ ions have been replaced by water molecules.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
B: H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
C: CL3E peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1106
ポリマ－49,0753
非ポリマー1,0353
水2,306128
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8040 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.057, 76.032, 133.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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H-2 class II histocompatibility antigen, ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain


分子量: 22030.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: V76C mutation to create cys trap with peptide / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14434
#2: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain


分子量: 25683.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal CL3E peptide (chain C identifier) fused through G-S linker
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P14483

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 C

#3: タンパク質・ペプチド CL3E peptide


分子量: 1361.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal Cys for cys trap linkage with I-Ab alpha chain
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 2種, 130分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979181 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月28日
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979181 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.85 Å / Num. obs: 30076 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 40.37 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.936 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2449 / CC1/2: 0.783 / Rpim(I) all: 0.739 / Rrim(I) all: 1.199

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→46.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 8.318 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 1495 4.974 %
Rwork0.2165 28561 -
all0.219 --
obs-30056 98.732 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 45.744 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.844 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.063 Å2-0 Å2
3----0.781 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2816 0 69 128 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122969
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.8184051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5881.7345833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.975359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.054513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10710379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg12.76110133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.22418
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.1170.21546
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1110.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1720.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.110.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.3075.0771459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.3045.0771459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8979.0891809
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8969.0891810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1955.3441510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1935.3451511
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0839.6782242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0829.6782243
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.47550.9393271
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.47550.9393272
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.3421070.3712100X-RAY DIFFRACTION99.774
2.154-2.2130.3781030.3462031X-RAY DIFFRACTION99.4872
2.213-2.2770.341060.3162005X-RAY DIFFRACTION99.6695
2.277-2.3470.312880.2931918X-RAY DIFFRACTION99.6523
2.347-2.4240.3011060.2761862X-RAY DIFFRACTION99.5951
2.424-2.5090.301990.2531828X-RAY DIFFRACTION99.5351
2.509-2.6030.299920.2221751X-RAY DIFFRACTION99.7834
2.603-2.7090.316770.2211691X-RAY DIFFRACTION99.2701
2.709-2.8290.323870.2081617X-RAY DIFFRACTION99.0698
2.829-2.9670.268770.1891554X-RAY DIFFRACTION98.9084
2.967-3.1270.261830.1851461X-RAY DIFFRACTION98.6581
3.127-3.3150.258710.1891394X-RAY DIFFRACTION98.5868
3.315-3.5430.211690.1781299X-RAY DIFFRACTION97.7841
3.543-3.8250.258780.2051219X-RAY DIFFRACTION97.5922
3.825-4.1870.206560.1831127X-RAY DIFFRACTION97.4465
4.187-4.6770.207520.1681014X-RAY DIFFRACTION97.0856
4.677-5.3920.228450.185915X-RAY DIFFRACTION96.8718
5.392-6.5820.325450.243766X-RAY DIFFRACTION95.7497
6.582-9.2180.23340.22619X-RAY DIFFRACTION95.7478
9.218-46.50.289200.267390X-RAY DIFFRACTION95.3488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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