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万見
- PDB-8raj: NMR structure of PKS docking domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8raj
タイトルNMR structure of PKS docking domains
要素
  • Beta-ketoacyl synthase
  • Trimethylamine monooxygenase
キーワードPROTEIN BINDING / DOCKING DOMAIN / POLYKETIDE SYNTHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / transaminase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...N,N-dimethylaniline monooxygenase activity / metabolic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / secondary metabolite biosynthetic process / fatty acid synthase activity / transaminase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain ...Flavin monooxygenase FMO / Flavin monooxygenase-like / Flavin-binding monooxygenase-like / : / : / Polyketide synthase dehydratase domain / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / PKS_PP_betabranch / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / PKS_DH / Polyketide synthase, dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-ketoacyl synthase / Carrier domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Scat, S. / Weissman, K.J. / Chagot, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2024
タイトル: Insights into docking in megasynthases from the investigation of the toblerol trans -AT polyketide synthase: many alpha-helical means to an end.
著者: Scat, S. / Weissman, K.J. / Chagot, B.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-ketoacyl synthase
B: Trimethylamine monooxygenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6772
ポリマ－11,6772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Beta-ketoacyl synthase


分子量: 6649.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
遺伝子: MexAM1_META2p0008 / プラスミド: pBG102 / 詳細 (発現宿主): pET27 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B3B7
#2: タンパク質・ペプチド Trimethylamine monooxygenase


分子量: 5027.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylorubrum extorquens AM1 (バクテリア)
遺伝子: MexAM1_META2p0010 / プラスミド: pBG102 / 詳細 (発現宿主): pE27 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B3B9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC
162isotropic12D 1H-13C HSQC
121isotropic12D 1H-15N HSQC
172isotropic12D 1H-15N HSQC
131isotropic13D HNCA
182isotropic13D HNCA
141isotropic13D HNCO
192isotropic13D HNCO
1101isotropic13D HN(CA)CB
1112isotropic13D HN(CA)CB
1121isotropic13D HN(CA)CO
1132isotropic13D HN(CA)CO
1141isotropic13D CBCA(CO)NH
1152isotropic13D CBCA(CO)NH
1171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1182isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1161isotropic13D CCH-TOCSY
1192isotropic13D CCH-TOCSY
1201isotropic13D C(CO)NH
1232isotropic13D C(CO)NH
1211isotropic13D H(CCO)NH
1222isotropic13D H(CCO)NH
1241isotropic13D 1H-13C NOESY
1252isotropic13D 1H-13C NOESY
1271isotropic13D 1H-15N NOESY
1262isotropic13D 1H-15N NOESY
1281isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1292isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1331isotropic13D HNHA
1322isotropic13D HNHA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TobC, 2 mM TobE, 100 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_13C_C_E90% H2O/10% D2O
solution21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TobE, 2 mM TobC, 100 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O15N_13C_E_C90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTobC[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMTobEnatural abundance1
100 mMsodium phosphatenatural abundance1
1 mMTobE[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMTobCnatural abundance2
100 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLchemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee W, Tonelli M, Markley JLpeak picking
CcpNmr Analysis AssignVranken WF, Boucher W, Stevens TJ, Fogh RH, Pajon A, Llinas M, Ulrich EL, Markley JL, Ionides J, and Laue ED.chemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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