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万見
- PDB-8rag: Crystal structure of class Ie ribonucleotide reductase R2 subunit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rag
タイトルCrystal structure of class Ie ribonucleotide reductase R2 subunit without Y150 modification from Gardnerella vaginalis
要素ribonucleoside-diphosphate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ribonucleotide reductase R2e / Class Ie RNR / ferritin-like superfamily / NrdF / RNR beta-subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Gardnerella vaginalis ATCC 14019 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者John, J. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, 2件
組織認可番号国
Swedish Research Council2021-03992 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2019.0436 スウェーデン
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2025
タイトル: Characterization of a second class Ie ribonucleotide reductase.
著者: John, J. / Lundin, D. / Branca, R.M. / Kumar, R. / Srinivas, V. / Lebrette, H. / Hogbom, M.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribonucleoside-diphosphate reductase
B: ribonucleoside-diphosphate reductase
C: ribonucleoside-diphosphate reductase
D: ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,0304
ポリマ－167,0304
非ポリマー00
水21,5461196
1
A: ribonucleoside-diphosphate reductase
B: ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5152
ポリマ－83,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PISA
2
C: ribonucleoside-diphosphate reductase
D: ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5152
ポリマ－83,5152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8480 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.520, 173.520, 157.582
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質
ribonucleoside-diphosphate reductase


分子量: 41757.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gardnerella vaginalis ATCC 14019 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0421_21333 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: E3D8A3, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.8 % / 解説: transparent rhombohedron
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus G4 condition (0.1 M Carboxylic acids, 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5, 37.5% v/v Precipitant Mix 4) + 4% tert-butanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.95374 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95374 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→47.74 Å / Num. obs: 214258 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 36.95 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1704 / Rpim(I) all: 0.03803 / Rrim(I) all: 0.1746 / Net I/σ(I): 12.94
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / Rmerge(I) obs: 2.239 / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / Num. unique obs: 21312 / CC1/2: 0.596 / CC star: 0.864 / Rpim(I) all: 0.4927 / Rrim(I) all: 2.293

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→47.74 Å / SU ML: 0.1779 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.3556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 1450 0.68 %
Rwork0.1666 212726 -
obs0.1668 214176 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10607 0 0 1196 11803
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006411112
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.742215111
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04671650
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841966
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.86964137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.970.31771410.304521136X-RAY DIFFRACTION99.83
1.97-2.050.23861560.232821058X-RAY DIFFRACTION99.92
2.05-2.140.22451350.221421149X-RAY DIFFRACTION99.98
2.14-2.250.21421810.190821161X-RAY DIFFRACTION99.99
2.25-2.390.25721450.183621161X-RAY DIFFRACTION99.99
2.39-2.580.21111420.16521185X-RAY DIFFRACTION99.99
2.58-2.840.2251090.186921296X-RAY DIFFRACTION100
2.84-3.250.18891310.167221327X-RAY DIFFRACTION100
3.25-4.090.18691650.147821403X-RAY DIFFRACTION100
4.09-47.740.15481450.143421850X-RAY DIFFRACTION99.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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