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- PDB-8ra0: Crystal structure of CysF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ra0
タイトルCrystal structure of CysF
要素AMP-dependent synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Beta lactone formation
機能・相同性ANL, N-terminal domain / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / CITRATE ANION / AMP-dependent synthetase
機能・相同性情報
生物種Kitasatospora cystarginea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Levy, C.W.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/V048929/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V016083/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V008552/1 英国
European CommissionEP/Y023714/1European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2024
タイトル: Cryptic enzymatic assembly of peptides armed with beta-lactone warheads.
著者: Xu, G. / Torri, D. / Cuesta-Hoyos, S. / Panda, D. / Yates, L.R.L. / Zallot, R. / Bian, K. / Jia, D. / Iorgu, A.I. / Levy, C. / Shepherd, S.A. / Micklefield, J.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-dependent synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7833
ポリマ－54,3991
非ポリマー3832
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area730 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area21230 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.052, 68.776, 75.399
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.833, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 AMP-dependent synthetase


分子量: 54399.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kitasatospora cystarginea (バクテリア)
遺伝子: cysF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6R555
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: JCSG Plus A2 0.1 M Sodium citrate 5.5 20 % w/v PEG 3000
Temp details: Cold Room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50.65 Å / Num. obs: 35828 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.08 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.0991 / Net I/σ(I): 5.97
反射 シェル解像度: 1.89→1.958 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / Num. unique obs: 3488 / CC1/2: 0.419 / Rpim(I) all: 0.83 / % possible all: 97.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.89→50.65 Å / SU ML: 0.2642 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9179
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1763 4.93 %
Rwork0.1927 33982 -
obs0.195 35745 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→50.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3698 0 26 255 3979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01193857
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98225256
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0598589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0112707
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.47331455
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.89-1.940.3521420.31862470X-RAY DIFFRACTION95.43
1.94-20.32811600.29462599X-RAY DIFFRACTION99.35
2-2.060.30951160.27262580X-RAY DIFFRACTION99.37
2.06-2.140.34361470.25632594X-RAY DIFFRACTION99.75
2.14-2.220.29651270.22892666X-RAY DIFFRACTION99.89
2.22-2.320.26521050.22242614X-RAY DIFFRACTION99.89
2.32-2.440.25581410.21162621X-RAY DIFFRACTION99.82
2.45-2.60.26951320.20782615X-RAY DIFFRACTION99.89
2.6-2.80.25231380.20392623X-RAY DIFFRACTION99.89
2.8-3.080.24841430.1972614X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.530.22391320.17212641X-RAY DIFFRACTION99.89
3.53-4.440.17211370.14282654X-RAY DIFFRACTION100
4.44-50.650.19271430.1592691X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.28604606640.3633143751450.2904222414921.29653613640.2518605924990.7022209300820.004392522603840.0749728432698-0.04174885055630.0629491827716-0.0378022352465-0.005093404986770.09891996281810.05755148735820.04792163305950.2504611452420.00644293365208-0.01228263358210.1563179857610.001403999553650.15497226926836.060583515420.079443557141.3715552106
20.986960448467-0.208251470569-0.05721958463850.818513750873-0.2666265613360.814859516777-0.0219184446518-0.1158101474880.02974708017750.09185259705630.01930415481440.0284999061597-0.0253886096024-0.04236856811490.01499755196560.24002247208-0.00397943205091-0.0176432101590.189837301389-0.01592514216930.17615432554927.705924250934.672796219357.0067761201
30.4075879426190.256877102450.1760034125572.97129532878-0.3301597519420.4442233990620.0867775163965-0.0399539684145-0.02355389296670.041197859068-0.124788803667-0.0148069776828-0.133556341120.0001526038774770.02284290041110.4623133999210.04499309190480.001612976952840.390099832881-0.04285548656150.29174260236142.068259018542.887119774668.2508694027
41.62206026958-0.53521381019-0.9829432411942.221243231070.8772500254783.425091946470.01774320076030.08829174748470.0401027788577-0.0281657355938-0.0531078167357-0.14066587664-0.4383888594760.211840145140.06748498200930.4207299138980.00307628225353-0.008883352722940.2900360500460.01408432695320.25178668467248.578057721656.943197066160.1932833166
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 154 )1 - 1541 - 154
22chain 'A' and (resid 155 through 346 )155 - 346155 - 346
33chain 'A' and (resid 347 through 420 )347 - 420347 - 420
44chain 'A' and (resid 421 through 485 )421 - 485421 - 485

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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