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- PDB-8r8e: DYRK1a in Complex with 2-Cyclopentyl-7-iodo-1H-indole-3-carbonitrile -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r8e
タイトルDYRK1a in Complex with 2-Cyclopentyl-7-iodo-1H-indole-3-carbonitrile
要素(Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / Small Molecule / Kinase / Halogen Bond / Water interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 ...negative regulation of heterochromatin formation / peptidyl-serine autophosphorylation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / tau-protein kinase activity / negative regulation of microtubule polymerization / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / peptidyl-threonine phosphorylation / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / positive regulation of RNA splicing / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / tau protein binding / circadian rhythm / nervous system development / peptidyl-serine phosphorylation / actin binding / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / transcription coactivator activity / histone H3T45 kinase activity / protein kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / axon / ribonucleoprotein complex / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / : / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Stahlecker, J. / Dammann, M. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Chem Theory Comput / 年: 2024
タイトル: Halogen Bonding on Water─A Drop in the Ocean?
著者: Engelhardt, M.U. / Zimmermann, M.O. / Dammann, M. / Stahlecker, J. / Poso, A. / Kronenberger, T. / Kunick, C. / Stehle, T. / Boeckler, F.M.
履歴
登録2023年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,13064
ポリマ－168,2464
非ポリマー7,88460
水9,332518
1
A: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,70821
ポリマ－42,0821
非ポリマー2,62620
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,18217
ポリマ－42,0821
非ポリマー2,10016
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,71313
ポリマ－42,0821
非ポリマー1,63112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,52813
ポリマ－42,0021
非ポリマー1,52612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)244.236, 64.473, 147.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.580, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-671-

HOH

21A-756-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 136 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 136 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 136 through 147 or (resid 148...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 136 and (name N or name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11TYRTYRGLNGLNAA136 - 32012 - 196
d_12ILEILEALAALAAA322 - 391198 - 267
d_13LYSLYSLYSLYSAA393 - 480269 - 356
d_21TYRTYRGLNGLNBB136 - 32012 - 196
d_22ILEILEALAALABB322 - 391198 - 267
d_23LYSLYSLYSLYSBB393 - 480269 - 356
d_31TYRTYRGLNGLNCC136 - 32012 - 196
d_32ILEILEALAALACC322 - 391198 - 267
d_33LYSLYSLYSLYSCC393 - 480269 - 356
d_41TYRTYRGLNGLNDD136 - 32012 - 196
d_42ILEILEALAALADD322 - 391198 - 267
d_43LYSLYSLYSLYSDD393 - 480269 - 356

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.875936457963, 0.478769427055, -0.0592887622452), (0.477959141132, -0.877932750836, -0.0280917144115), (-0.0655010001454, -0.00373104906179, -0.997845528252)-17.2724118926, 10.9021019335, 73.8739997236
2given(-0.568556173565, -0.821379919859, 0.0455950079911), (-0.821890499572, 0.569534324803, 0.0112543140071), (-0.0352119896278, -0.0310753941878, -0.998896609096)-25.9576708349, -13.6569336426, 17.0163051891
3given(0.898805262064, -0.436994573619, -0.0344215559443), (-0.435792708691, -0.899272978607, 0.0373205707341), (-0.0472632620375, -0.0185432622568, -0.998710334124)-47.1671058582, 11.3000407406, 59.4316290421

-
要素

-
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / hMNB


分子量: 42081.535 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A


分子量: 42001.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627

-
非ポリマー , 10種, 578分子

#3: 化合物
ChemComp-YOX / 2-cyclopentyl-7-iodanyl-1~{H}-indole-3-carbonitrile


分子量: 336.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H13IN2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#11: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS (pH = 8.5), 0.1 M Li2SO4, 34 % (v/v) PEG300, 12 mg/ml Protein, Dropsize (resovoir + Protein) 2 + 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→50 Å / Num. obs: 102354 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.54 % / Biso Wilson estimate: 50.72 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 2.22→2.35 Å / 冗長度: 4.42 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique obs: 16236 / CC1/2: 0.425 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.22→49.08 Å / SU ML: 0.3544 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1077
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2338 1536 1.5 %
Rwork0.1994 100785 -
obs0.1999 102321 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11088 0 454 518 12060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006711771
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.947915870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05781657
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00761985
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84614405
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.921599566542
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20342987383
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.916288279066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.22-2.290.38921360.35518924X-RAY DIFFRACTION97.57
2.29-2.370.33871390.30179086X-RAY DIFFRACTION99.92
2.37-2.470.33441390.2929116X-RAY DIFFRACTION99.89
2.47-2.580.29561390.25339152X-RAY DIFFRACTION99.94
2.58-2.720.25991380.23339091X-RAY DIFFRACTION99.94
2.72-2.890.28031400.23149159X-RAY DIFFRACTION99.94
2.89-3.110.2631400.23629183X-RAY DIFFRACTION99.95
3.11-3.420.2431400.20369182X-RAY DIFFRACTION99.96
3.42-3.920.20061400.17299200X-RAY DIFFRACTION99.91
3.92-4.940.19671410.15119255X-RAY DIFFRACTION99.83
4.94-49.080.20311440.18569437X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97434483309-0.08757787864940.674302818822.649850977691.178554436372.417928036750.170940912622-0.2394198291640.06704361935460.1896395552010.0295298401268-0.4332186381460.09053809704140.2529028688320.0001986284627640.5613058651720.0007173465710940.005004899931380.407033554193-0.03745131433640.4742947315777.38629.33933.655
21.15747323881.5392944760.2512814196662.00331897540.1926888031371.647644871710.0891604420143-0.123076962573-0.05266341204830.177152521938-0.0192566071834-0.0172762618639-0.0195649192677-0.0482723811061-0.0001634410090.44690525384-0.0115753449731-0.01051813971460.2781364067460.03627777228160.390462758076-2.5616.78223.252
31.41753362977-0.1443816587370.07410894085251.13497914450.1484081378291.811361661120.08892030622540.05791281111970.004109017785870.0564668388474-0.05670059303240.136358206148-0.0567211027646-0.220643542818-3.48132522911E-50.351416010955-0.01080211225590.03123534214020.305239709140.02549268030490.412265399346-11.84117.4437.439
41.2785204472-0.272384522004-0.8980453550872.820578658230.293246947872.169911365220.17980404864-0.04881072830340.2968979870180.02166300890570.0708708952988-0.38704301899-0.2454246057630.04148500803270.0001644520626320.639395666908-0.02931981691420.0844687383710.384093906923-0.0655253700850.5302892283221.62-12.18639.676
52.1402635988-1.334485868150.05590050297780.9608380035380.2930551748571.50952837790.174136192680.08212960404780.117264838211-0.303320000791-0.0507712568323-0.263115063586-0.002290410853310.184438413150.0006464328754580.657397907420.01102757449680.1077713745320.4178521860130.007388271404920.477153899629-12.911-5.84950.833
61.81107436062-0.14505346277-0.005263314101361.838760199030.2317444378632.03617933346-0.012840731534-0.126855777179-0.00212476117336-0.1014907480050.0499451244459-0.05682378602950.05151404214170.1219943072292.63085256914E-50.4314453238760.009045957992290.02766141400720.43299878491-0.008705755887520.370881371473-19.829-10.37567.235
70.688315154839-0.6621459092010.8044316436071.59068076702-0.2117068969961.236080096410.3013828473740.179712194335-0.402824289549-0.0251193339809-0.002369511512070.3627495978380.611575885727-0.2466309778390.0001484819492810.763278300198-0.0969977300767-0.245668209151.03696899712-0.03006930105910.762978254723-52.541-2.472-17.631
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121.30041658340.004266151140710.2854054631911.504066205730.3736648252361.91852881724-0.09459573363010.1724843794060.3256082582310.08649367966530.1357119908170.377530683345-0.384299637417-0.404367526474-0.000182251664550.455436387888-0.00689603477779-0.003405012025740.7448846381690.1943629576270.657933066308-65.7750.93352.33
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 135:239 )A135 - 239
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 240:320 )A240 - 320
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 322:481 )A322 - 481
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 135:239 )B135 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 240:320 )B240 - 320
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 322:481 )B322 - 481
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 136:239 )C136 - 239
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 240:320 )C240 - 320
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 322:481 )C322 - 481
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 135:239 )D135 - 239
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN D AND RESID 240:320 )D240 - 320
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 321:480 )D321 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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