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- PDB-8r8b: Wnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extrace... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r8b
タイトルWnt binding to COPalpha and COPBeta2 directs secretion on extracellular vesicles
要素
  • Coatomer subunit beta'
  • Small ribosomal subunit protein mS37
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Wnt signalling / Coatomer complex / Wnt7a / Regenerative myogenesis / COPI vesicles / COPalpha / COPBeta2 / Extracellular vesicles / Exosomes / Signal peptide.
機能・相同性
機能・相同性情報


COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport ...COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / COPI vesicle coat / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / intracellular mRNA localization / intra-Golgi vesicle-mediated transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ubiquitin binding / intracellular protein transport / mitochondrial inner membrane / structural constituent of ribosome / Golgi membrane / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. ...Ribosomal protein MRP10, mitochondrial / Coatomer beta' subunit (COPB2) / Coatomer, WD associated region / : / : / COPA/B second beta-propeller / COPA/B TPR domain / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / G-protein beta WD-40 repeat / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein mS37 / Coatomer subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.808 Å
データ登録者Gurriaran-Rodriguez, U. / Datzkiw, D. / Radusky, L.G. / Fisher, F. / Xiao, F. / Ming, H. / De Repentigny, Y. / Kothary, R. / Serrano, L. / Rojas, A.L. ...Gurriaran-Rodriguez, U. / Datzkiw, D. / Radusky, L.G. / Fisher, F. / Xiao, F. / Ming, H. / De Repentigny, Y. / Kothary, R. / Serrano, L. / Rojas, A.L. / Hierro, A. / Rudnicki, M.A.
資金援助 スペイン, カナダ, 3件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BFU2017-88766-R スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2020-119132GB-I00 スペイン
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FDN-148387 カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Identification of the Wnt signal peptide that directs secretion on extracellular vesicles.
著者: Gurriaran-Rodriguez, U. / Datzkiw, D. / Radusky, L.G. / Esper, M. / Javandoost, E. / Xiao, F. / Ming, H. / Fisher, S. / Marina, A. / De Repentigny, Y. / Kothary, R. / Azkargorta, M. / ...著者: Gurriaran-Rodriguez, U. / Datzkiw, D. / Radusky, L.G. / Esper, M. / Javandoost, E. / Xiao, F. / Ming, H. / Fisher, S. / Marina, A. / De Repentigny, Y. / Kothary, R. / Azkargorta, M. / Elortza, F. / Rojas, A.L. / Serrano, L. / Hierro, A. / Rudnicki, M.A.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Coatomer subunit beta'
BBB: Coatomer subunit beta'
CCC: Coatomer subunit beta'
DDD: Coatomer subunit beta'
EEE: Coatomer subunit beta'
FFF: Coatomer subunit beta'
GGG: Coatomer subunit beta'
HHH: Coatomer subunit beta'
III: Coatomer subunit beta'
JJJ: Coatomer subunit beta'
KKK: Coatomer subunit beta'
LLL: Coatomer subunit beta'
MMM: Coatomer subunit beta'
NNN: Coatomer subunit beta'
OOO: Coatomer subunit beta'
PPP: Coatomer subunit beta'
QQQ: Coatomer subunit beta'
RRR: Coatomer subunit beta'
SSS: Coatomer subunit beta'
TTT: Coatomer subunit beta'
UUU: Coatomer subunit beta'
VVV: Coatomer subunit beta'
WWW: Coatomer subunit beta'
XXX: Coatomer subunit beta'
aaa: Small ribosomal subunit protein mS37
bbb: Small ribosomal subunit protein mS37
ccc: Small ribosomal subunit protein mS37
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hhh: Small ribosomal subunit protein mS37
iii: Small ribosomal subunit protein mS37
jjj: Small ribosomal subunit protein mS37
kkk: Small ribosomal subunit protein mS37
lll: Small ribosomal subunit protein mS37
mmm: Small ribosomal subunit protein mS37
nnn: Small ribosomal subunit protein mS37
ooo: Small ribosomal subunit protein mS37
ppp: Small ribosomal subunit protein mS37
qqq: Small ribosomal subunit protein mS37
rrr: Small ribosomal subunit protein mS37
sss: Small ribosomal subunit protein mS37
ttt: Small ribosomal subunit protein mS37
uuu: Small ribosomal subunit protein mS37
vvv: Small ribosomal subunit protein mS37
www: Small ribosomal subunit protein mS37
xxx: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)874,181311
ポリマ－849,14348
非ポリマー25,038263
水60,3143348
1
AAA: Coatomer subunit beta'
aaa: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,09820
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,71718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Coatomer subunit beta'
bbb: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33012
ポリマ－35,3812
非ポリマー94910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Coatomer subunit beta'
ccc: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,52214
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,14112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
DDD: Coatomer subunit beta'
ddd: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,52614
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,14512
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
EEE: Coatomer subunit beta'
eee: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,23411
ポリマ－35,3812
非ポリマー8539
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
FFF: Coatomer subunit beta'
fff: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33012
ポリマ－35,3812
非ポリマー94910
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
GGG: Coatomer subunit beta'
ggg: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9498
ポリマ－35,3812
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
HHH: Coatomer subunit beta'
hhh: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,71016
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,32914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
III: Coatomer subunit beta'
iii: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33412
ポリマ－35,3812
非ポリマー95310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
JJJ: Coatomer subunit beta'
jjj: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,32612
ポリマ－35,3812
非ポリマー94510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
11
KKK: Coatomer subunit beta'
kkk: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,62215
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,24113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
12
LLL: Coatomer subunit beta'
lll: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,53014
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,14912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
13
MMM: Coatomer subunit beta'
mmm: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,42213
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,04111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
14
NNN: Coatomer subunit beta'
nnn: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,62215
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,24113
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
15
OOO: Coatomer subunit beta'
ooo: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33812
ポリマ－35,3812
非ポリマー95710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
16
PPP: Coatomer subunit beta'
ppp: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33412
ポリマ－35,3812
非ポリマー95310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
17
QQQ: Coatomer subunit beta'
qqq: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33412
ポリマ－35,3812
非ポリマー95310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
18
RRR: Coatomer subunit beta'
rrr: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,33812
ポリマ－35,3812
非ポリマー95710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
19
SSS: Coatomer subunit beta'
sss: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,71416
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,33314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
20
TTT: Coatomer subunit beta'
ttt: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,23811
ポリマ－35,3812
非ポリマー8579
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
21
UUU: Coatomer subunit beta'
uuu: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,81017
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,42915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
22
VVV: Coatomer subunit beta'
vvv: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,14510
ポリマ－35,3812
非ポリマー7658
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
23
WWW: Coatomer subunit beta'
www: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9498
ポリマ－35,3812
非ポリマー5686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
24
XXX: Coatomer subunit beta'
xxx: Small ribosomal subunit protein mS37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,43013
ポリマ－35,3812
非ポリマー1,04911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.457, 160.656, 160.619
Angle α, β, γ (deg.)107.268, 107.157, 107.241
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 ...
Coatomer subunit beta'


分子量: 34651.953 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41811
#2: タンパク質・ペプチド ...
Small ribosomal subunit protein mS37 / 37S ribosomal protein MRP10 / mitochondrial / YmS-T / Wnt7a


分子量: 728.985 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: O75012
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Hepes 7.0 2.0M AmSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979335 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月20日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979335 Å / 相対比: 1
Reflection twin
タイプCrystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
pseudo-merohedral11H, K, L10.2633
pseudo-merohedral22-H, -L, -K20.0987
pseudo-merohedral33-L, -K, -H30.1089
pseudo-merohedral44K, L, H40.1906
pseudo-merohedral55L, H, K50.1977
pseudo-merohedral66-K, -H, -L60.1408
反射解像度: 1.808→139.2 Å / Num. obs: 1088963 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.53
反射 シェル解像度: 1.81→1.92 Å / Num. unique obs: 178778 / CC1/2: 0.31

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2YNN

2ynn


解像度: 1.808→49.377 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.438 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.021 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1744 44507 5.062 %
Rwork0.1594 834790 -
all0.16 --
obs-879297 72.385 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.112 Å2-7.736 Å2-11.265 Å2
2---2.889 Å28.738 Å2
3---3.001 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.808→49.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数59524 0 1372 3348 64244
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01362402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01755954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2471.64485015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0411.577129999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.12157382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.72822.4393079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.2811510115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8415312
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0420.28087
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0267872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.0213316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1710.210344
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1710.259233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1570.228055
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0670.226824
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.23515
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1220.295
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X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1360.283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7293.16129561
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2564.74136879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4783.24832841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4783.24832842
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7884.8648119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7884.8648120
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it2.82135.57466958
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other2.66935.45666512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.808-1.8550.2323000.2256018X-RAY DIFFRACTION7.0266
1.855-1.9060.22914190.21626006X-RAY DIFFRACTION31.2821
1.906-1.9610.22920710.20637726X-RAY DIFFRACTION46.6542
1.961-2.0210.20124810.19343405X-RAY DIFFRACTION55.5359
2.021-2.0880.21626910.19249971X-RAY DIFFRACTION65.6609
2.088-2.1610.21828810.18753222X-RAY DIFFRACTION72.3854
2.161-2.2420.20328520.17955198X-RAY DIFFRACTION77.4413
2.242-2.3340.2130360.17556061X-RAY DIFFRACTION82.1499
2.334-2.4380.20429070.18256662X-RAY DIFFRACTION86.1185
2.438-2.5570.21928240.256197X-RAY DIFFRACTION89.6295
2.557-2.6950.22529240.19756612X-RAY DIFFRACTION94.6895
2.695-2.8580.20128800.17754440X-RAY DIFFRACTION96.6725
2.858-3.0550.18424700.16751380X-RAY DIFFRACTION96.67
3.055-3.30.16926900.15947756X-RAY DIFFRACTION96.9705
3.3-3.6150.1625160.14943857X-RAY DIFFRACTION97.214
3.615-4.0410.13921800.12940158X-RAY DIFFRACTION97.7219
4.041-4.6660.12418910.11134899X-RAY DIFFRACTION96.798
4.666-5.7130.13715920.13629640X-RAY DIFFRACTION96.9216
5.713-8.0720.1712330.16322874X-RAY DIFFRACTION97.0999
8.072-49.3770.1666690.15712708X-RAY DIFFRACTION98.1078

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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