PDB-8r8a: Structure of the N-terminal domain of CMA in complex with N-acety...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r8a

タイトル

Structure of the N-terminal domain of CMA in complex with N-acetyllactosamine

要素

Nigrin b-like

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / beta-trefoil / galactose / N-acetyllactosamine

機能・相同性

Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / N-acetyl-alpha-lactosamine / : / Nigrin b-like

機能・相同性情報

生物種

Cucumis melo (マスクメロン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.317 Å

データ登録者

Lundstrom, J. / Varrot, A.

資金援助

スウェーデン,

スイス, European Union, 4件

組織	認可番号	国
Knut and Alice Wallenberg Foundation		スウェーデン
Branco Weiss Fellowship - Society in Science		スイス
COST (European Cooperation in Science and Technology) action	CA18103	European Union
COST (European Cooperation in Science and Technology) action	CA18132	European Union

引用

ジャーナル: Beilstein J Org Chem / 年: 2024
タイトル: Elucidating the glycan-binding specificity and structure of Cucumis melo agglutinin, a new R-type lectin.
著者: Lundstrom, J. / Gillon, E. / Chazalet, V. / Kerekes, N. / Di Maio, A. / Feizi, T. / Liu, Y. / Varrot, A. / Bojar, D.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r8a.cif.gz	102.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r8a.ent.gz	58.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Nigrin b-like

ヘテロ分子

14.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.696, 36.782, 94.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.237, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-524- HOH

#1: タンパク質

Nigrin b-like

分子量: 13933.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residue 6-132 of the mature protein preceded by residues left from TEV cleavage site. We used the numbering such as we kept the one of the mature protein
由来: (組換発現)

Cucumis melo (マスクメロン) / 遺伝子: LOC107992255, 107992255 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner (DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4E5V9

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 糖鎖要素 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: N-acetyl-alpha-lactosamine

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAca1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CD / CADMIUM ION

分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.21 % / 解説: diamond
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 10% Peg Smear Medium, 0.1 M Mes pH 6.5, and 5 mM of CaCl2, MgCl2, CsCl2, CdCl2, NiCl2 and Zinc acetate transfered in 30% Peg Smear Medium 5mM CdCl2 for cryoprotection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.317→46.78 Å / Num. obs: 29695 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 25.2
反射シェル	解像度: 1.32→1.34 Å / R_merge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique obs: 1434 / CC_1/2: 0.969 / R_pim(I) all: 0.153 / R_rim(I) all: 0.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.13	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.317→46.778 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 1.297 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.054
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions anisotropic refinement

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1858	1503	5.062 %
R_work	0.1435	28191	-
all	0.146	-	-
obs	-	29694	99.798 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.471 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.245 Å²	-0 Å²	-0.068 Å²
2-	-	0.761 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.317→46.778 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	953	0	29	241	1223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1088
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	962
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.776	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.616	1.749	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.145	5	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	1.385	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14	10	159
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.075	10	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	228
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	193
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	544
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.12	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.229	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.287	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.445	1.397	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.444	1.398	558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.852	2.511	709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.852	2.512	710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.411	1.568	530
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.406	1.57	531
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.283	2.792	798
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.277	2.793	799
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.386	19.716	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.265	16.713	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	5.716	3	2050

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.317-1.351	0.297	120	0.216	2007	0.22	2185	0.973	0.984	97.3455	0.216
1.351-1.388	0.194	114	0.16	1990	0.162	2105	0.985	0.991	99.9525	0.16
1.388-1.428	0.183	123	0.138	1964	0.141	2087	0.981	0.991	100	0.138
1.428-1.472	0.177	115	0.126	1912	0.128	2027	0.984	0.992	100	0.126
1.472-1.52	0.138	97	0.1	1842	0.102	1939	0.988	0.994	100	0.1
1.52-1.573	0.144	85	0.102	1803	0.104	1888	0.988	0.994	100	0.102
1.573-1.633	0.149	83	0.108	1728	0.11	1811	0.987	0.993	100	0.108
1.633-1.699	0.154	92	0.116	1659	0.118	1751	0.988	0.992	100	0.116
1.699-1.775	0.178	77	0.103	1627	0.106	1704	0.98	0.994	100	0.103
1.775-1.861	0.135	76	0.11	1528	0.111	1604	0.988	0.993	100	0.11
1.861-1.962	0.156	67	0.121	1473	0.123	1540	0.988	0.993	100	0.121
1.962-2.08	0.151	65	0.127	1391	0.128	1456	0.988	0.992	100	0.127
2.08-2.224	0.127	79	0.127	1289	0.127	1368	0.992	0.991	100	0.127
2.224-2.401	0.196	57	0.134	1210	0.136	1267	0.977	0.989	100	0.134
2.401-2.63	0.167	68	0.141	1120	0.143	1188	0.984	0.987	100	0.141
2.63-2.939	0.199	55	0.142	1006	0.144	1061	0.976	0.987	100	0.142
2.939-3.392	0.195	38	0.151	917	0.153	955	0.974	0.985	100	0.151
3.392-4.148	0.192	43	0.163	769	0.165	812	0.976	0.983	100	0.163
4.148-5.844	0.284	30	0.175	603	0.18	633	0.967	0.986	100	0.175
5.844-46.778	0.372	19	0.314	352	0.316	372	0.941	0.952	99.7312	0.314

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