PDB-8r88: Structure of P107T BlaC from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r88

タイトル

Structure of P107T BlaC from Mycobacterium tuberculosis

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Chikunova, A. / Ubbink, M.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024
タイトル: Conserved proline residues prevent dimerization and aggregation in the beta-lactamase BlaC.
著者: Chikunova, A. / Manley, M.P. / Heijjer, C.N. / Drenth, C.S. / Cramer-Blok, A.J. / Ahmad, M.U.D. / Perrakis, A. / Ubbink, M.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r88.cif.gz	206 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r88.ent.gz	163.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7a6zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.002, 70.616, 124.594
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28276.713 Da / 分子数: 4 / 変異: P107T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655AHQ9
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MB1 (pH 6.5), 0.06 M divalent, 30 %w/v 550M_20K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→124.59 Å / Num. obs: 58924 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 1.9 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 3969 / CC_1/2: 0.842

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→124.59 Å / SU B: 7.955 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.154 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2028	2928	5 %	RANDOM
R_work	0.16994	-	-	-
obs	0.17153	55982	98.81 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.49 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	1.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→124.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7610	0	42	475	8127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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