PDB-8r85: Xylanase from Bacillus circulans mutant E78Q/W9A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r85

タイトル

Xylanase from Bacillus circulans mutant E78Q/W9A

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Niallia circulans subsp. circulans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Chikunova, A. / Saberi, M. / Ubbink, M.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2024
タイトル: Bimodal substrate binding in the active site of the glycosidase BcX.
著者: Saberi, M. / Chikunova, A. / Ben Bdira, F. / Cramer-Blok, A. / Timmer, M. / Voskamp, P. / Ubbink, M.

履歴

登録	2023年11月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r85.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r85.ent.gz	73.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r85_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r85_full_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示
XML形式データ	8r85_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	8r85_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/8r85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8qxyC 8qxzC 8qy0C 8qy1C 8qy2C 8qy3C 8r86C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.001, 52.623, 72.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-318- HOH
2	1	A-466- HOH

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase 分子量: 20292.889 Da / 分子数: 1 / 変異: E78Q, W9A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Niallia circulans subsp. circulans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P09850
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 18.182 %v/v PEGSH 0.1 M BICINE 9.16 pH

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→42.63 Å / Num. obs: 40663 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.3→1.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1806 / CC_1/2: 0.544 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→42.63 Å / SU B: 2.204 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.049 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17197	2010	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13717	-	-	-
obs	0.13891	38613	98.51 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.711 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.6 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→42.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1439	0	13	187	1639

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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