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- PDB-8r7i: X-ray structure of blue laccase BP76 from the termite Neocapriter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7i
タイトルX-ray structure of blue laccase BP76 from the termite Neocapritermes taracua
要素Laccase BP76
キーワードOXIDOREDUCTASE / insect / defence / protein stabilisation / glycosylation / allysine
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal ...Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / HYDROXIDE ION / 1,4-benzoquinone / : / : / Laccase BP76
類似検索 - 構成要素
生物種Neocapritermes taracua (ゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Skerlova, J. / Brynda, J. / Rezacova, P.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Crystal structure of blue laccase BP76, a unique termite suicidal defense weapon.
著者: Skerlova, J. / Brynda, J. / Sobotnik, J. / Zakopcanik, M. / Novak, P. / Bourguignon, T. / Sillam-Dusses, D. / Rezacova, P.
履歴
登録2023年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Laccase BP76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,46020
ポリマ－70,3051
非ポリマー5,15519
水18,1771009
1
A: Laccase BP76
ヘテロ分子

A: Laccase BP76
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,92040
ポリマ－140,6112
非ポリマー10,30938
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area19760 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area45570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.500, 163.500, 89.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-900-

HOH

21A-1539-

HOH

31A-1696-

HOH

41A-1765-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Laccase BP76


分子量: 70305.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neocapritermes taracua (ゴキブリ) / 参照: UniProt: A0A0S3AND7, laccase

-
糖 , 4種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1244.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-g1_c4-d1_d3-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-3-O-sulfo-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-3-O-sulfo-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1194.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp3SO3]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 3-O-sulfo-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2- ...3-O-sulfo-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1283.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp3SO3]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 8種, 1024分子

#6: 化合物 ChemComp-YKK / 2-methyl-5-oxidanyl-cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PLQ / 1,4-benzoquinone / cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione / QUINONE RING OF THE PLASTOQUINONE 9 / p-ベンゾキノン


分子量: 108.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-YMR / 2-methylcyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#12: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1009 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM sodium acetate pH 4.5, 2 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.362, 0.918
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.3621
20.9181
反射解像度: 1.8→47.2 Å / Num. obs: 126421 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 12.12
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.8-1.910.821202050.90.8641
1.91-2.040.528190890.9480.5581
2.04-2.20.345177330.9770.3621
2.2-2.410.246164240.9860.2581
2.41-2.70.178148820.9920.1881
2.7-3.110.125131520.9950.1311
3.11-3.810.083112070.9970.0881
3.81-5.360.06387180.9980.0661
5.36-47.20.05350110.9990.0561

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータスケーリング
SHELX位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→47.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14484 3179 2.5 %RANDOM
Rwork0.13221 ---
obs0.13253 123978 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20.52 Å2-0 Å2
2--1.04 Å2-0 Å2
3----3.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4897 0 323 1009 6229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0125687
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0165120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.8277802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.8431.74611884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3195689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.381537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.89310821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.026626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0520.021286
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1942.5472626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1882.5472626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0844.5823313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0834.5853314
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7373.2343061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.7363.2353062
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4145.7884474
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.73936.3431594
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.7436.3431595
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.844 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 230 -
Rwork0.228 9003 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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