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- PDB-8r7d: Complex of rice blast (Magnaporthe oryzae) mutant effector protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7d
タイトルComplex of rice blast (Magnaporthe oryzae) mutant effector protein PWL2-SNDE with the HMA domain of OsHIPP43 from rice (Oryza sativa)
要素
  • Os01g0507700 protein
  • Pwl2 protein
キーワードPLANT PROTEIN (植物) / Pathogen effector / host target protein / rice blast (イネいもち病菌) / disease resistance
機能・相同性Heavy metal binding protein HIPP/ATX1-like / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / response to stimulus / metal ion binding / Pwl2 protein / Os01g0507700 protein
機能・相同性情報
生物種Oryza sativa (イネ)
Pyricularia oryzae (イネいもち病菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zdrzalek, R. / Banfield, M.J.
資金援助 英国, European Union, 日本, 14件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W00108X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/WW002221/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V002937/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V016342 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V015508/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9795 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9796 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/X010996/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011216/1 英国
European Research Council (ERC)743165European Union
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05681 日本
Gatsby Charitable Foundation 英国
John Innes Foundation 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bioengineering a plant NLR immune receptor with a robust recognition interface towards a conserved fungal pathogen effector
著者: Zdrzalek, R. / Xi, Y. / Langner, T. / Bentham, A.R. / Petit-Houdenot, Y. / Harant, A. / Shimizu, M. / Were, V. / Talbot, N.J. / Terauchi, R. / Kamoun, S. / Banfield, M.J.
履歴
登録2023年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Os01g0507700 protein
B: Pwl2 protein
C: Os01g0507700 protein
D: Pwl2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0794
ポリマ－66,0794
非ポリマー00
水77543
1
A: Os01g0507700 protein
B: Pwl2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0392
ポリマ－33,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8960 Å2
手法PISA
2
C: Os01g0507700 protein
D: Pwl2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0392
ポリマ－33,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3170 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area8980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.378, 66.804, 81.901
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Os01g0507700 protein


分子量: 16658.377 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / 遺伝子: Os01g0507700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LJL3
#2: タンパク質 Pwl2 protein


分子量: 16380.946 Da / 分子数: 2 / Mutation: S42R, N52R, D62R, E89R, / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyricularia oryzae (イネいもち病菌)
遺伝子: MGG_04301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EI71
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium formate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.13 Å / Num. obs: 13157 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.285 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.296 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.351 / Num. measured all: 20237 / Num. unique obs: 1454 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.374 / Rrim(I) all: 1.402 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
Aimlessデータスケーリング
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→47.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.848 / SU B: 25.106 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.034 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28582 741 5.6 %RANDOM
Rwork0.21559 ---
obs0.21971 12376 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å20 Å2-0 Å2
2--1.52 Å2-0 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2821 0 0 43 2864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0122923
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162652
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.8613932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5921.816110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0435361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.016536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75410483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023673
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7592.2471441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7562.2471441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8154.0271797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8144.0281798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6382.6331482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6292.6311481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2224.692134
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.86822.863167
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.85922.853167
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 27 -
Rwork0.27 944 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8087-0.6809-1.5493.86670.97018.5325-0.102-0.22990.69230.0742-0.00350.1357-0.5363-0.22940.10550.04530.0238-0.01910.0197-0.04160.1785-2.1223.25914.87
24.04811.58991.04663.19181.90834.142-0.13220.08610.3201-0.34440.1475-0.1557-0.21660.2601-0.01530.0404-0.01650.02890.0207-0.00150.10817.51520.11310.062
34.2141-0.6175-1.35792.946-0.78448.43680.02780.16340.4894-0.4545-0.0080.3003-0.3375-0.235-0.01970.10390.0069-0.06650.01410.00760.129625.96152.1326.756
42.66121.03040.75384.77160.86813.0084-0.0117-0.2054-0.0522-0.219-0.04040.05730.2743-0.18070.05210.0482-0.01150.01370.02680.01510.040529.26342.08310.786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 94
2X-RAY DIFFRACTION2B23 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4D23 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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