PDB-8r74: Galectin-1 in complex with thiogalactoside derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r74

タイトル

Galectin-1 in complex with thiogalactoside derivative

要素

Galectin-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / galectin / ligand / thiogalactoside derivative

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Hakansson, M. / Diehl, C. / Peterson, K. / Zetterberg, F. / Nilsson, U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery of the Selective and Orally Available Galectin-1 Inhibitor GB1908 as a Potential Treatment for Lung Cancer.
著者: Zetterberg, F.R. / Peterson, K. / Nilsson, U.J. / Andreasson Dahlgren, K. / Diehl, C. / Holyer, I. / Hakansson, M. / Khabut, A. / Kahl-Knutson, B. / Leffler, H. / MacKinnon, A.C. / Roper, J.A. ...

履歴

登録	2023年11月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r74.cif.gz	304.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r74.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

30.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.139, 62.352, 98.016
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 134 / Label seq-ID: 3 - 135

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1 分子量: 14730.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382
#2: 化合物	ChemComp-YBC / (2~{R},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(3,4-dichlorophenyl)sulfanyl-6-(hydroxymethyl)-4-[4-(2-oxidanyl-1,3-thiazol-4-yl)-1,2,3-triazol-1-yl]oxane-3,5-diol 分子量: 491.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₇H₁₆Cl₂N₄O₅S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.98 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 6.2, 29 % PEG 4000, 0.2 M ammonium sulphate, seeded

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→46.72 Å / Num. obs: 48869 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.24 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.54→1.57 Å / R_merge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 15024 / CC_1/2: 0.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→46.715 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 6.585 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	2453	5.02 %
R_work	0.1752	46416	-
all	0.177	-	-
obs	-	48869	99.814 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.666 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.112 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.725 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.836 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→46.715 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2040	0	60	221	2321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2306
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2124
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.093	1.85	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.655	1.769	4908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.554	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.932	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.19	10	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.638	10	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	550
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.296	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.235	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.993	1.653	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.991	1.653	1143
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.687	2.969	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.686	2.968	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.175	1.845	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.102	1.842	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.112	3.316	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.096	3.313	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.438	22.086	9459
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.887	20.9	9282
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	6.189	3	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.117	0.05	4142

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1166	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1166	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.54-1.58	0.405	167	0.414	3353	0.414	3552	0.798	0.811	99.0991	0.398
1.58-1.623	0.391	179	0.376	3289	0.377	3471	0.872	0.866	99.9136	0.354
1.623-1.67	0.387	172	0.342	3218	0.344	3392	0.928	0.956	99.941	0.311
1.67-1.721	0.361	180	0.301	3115	0.304	3297	0.931	0.966	99.9393	0.266
1.721-1.778	0.298	139	0.269	3063	0.271	3204	0.974	0.975	99.9376	0.226
1.778-1.84	0.305	145	0.23	2937	0.233	3083	0.972	0.981	99.9676	0.19
1.84-1.909	0.238	158	0.198	2831	0.2	2992	0.969	0.986	99.8997	0.159
1.909-1.987	0.216	147	0.16	2723	0.163	2872	0.982	0.991	99.9304	0.128
1.987-2.075	0.186	137	0.152	2624	0.153	2762	0.985	0.991	99.9638	0.125
2.075-2.176	0.218	124	0.157	2511	0.159	2639	0.972	0.989	99.8484	0.136
2.176-2.294	0.19	136	0.146	2407	0.148	2544	0.981	0.99	99.9607	0.127
2.294-2.433	0.235	123	0.155	2263	0.159	2390	0.972	0.988	99.8326	0.14
2.433-2.6	0.208	110	0.159	2144	0.162	2262	0.98	0.987	99.6463	0.147
2.6-2.808	0.208	117	0.147	1988	0.15	2106	0.977	0.988	99.9525	0.139
2.808-3.075	0.201	99	0.157	1851	0.159	1952	0.974	0.986	99.8975	0.155
3.075-3.436	0.189	78	0.157	1699	0.158	1778	0.98	0.987	99.9438	0.159
3.436-3.964	0.184	86	0.152	1489	0.154	1579	0.979	0.988	99.7467	0.161
3.964-4.846	0.177	76	0.128	1287	0.131	1364	0.984	0.991	99.9267	0.142
4.846-6.816	0.212	44	0.182	1021	0.184	1073	0.981	0.986	99.2544	0.2
6.816-46.715	0.239	36	0.189	603	0.191	646	0.972	0.977	98.9164	0.213

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6054	0.3909	-0.4242	1.7411	-0.1762	1.4868	-0.1263	0.0299	0.0259	-0.1315	0.0035	0.0511	-0.0152	-0.089	0.1228	0.0137	0.0006	-0.0055	0.0402	0.0156	0.1781	29.7824	-14.7189	-6.8726
2	1.8404	-0.7395	0.6662	2.525	-1.6633	3.6742	-0.0628	-0.2556	-0.0318	0.1397	0.2933	-0.0663	0.0012	-0.5629	-0.2305	0.0275	-0.0041	-0.0356	0.2245	0.0383	0.2316	8.8549	-1.5656	-21.2577

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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