[日本語] English
- PDB-8r6x: Cryo-EM structure of a coxsackievirus A6 virus-like particle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r6x
タイトルCryo-EM structure of a coxsackievirus A6 virus-like particle
要素(Genome polyprotein) x 3
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / coxsackievirus / virus-like particle
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A ...Protein of unknown function DUF3724, picornavirus / Protein of unknown function (DUF3724) / Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Giannopoulou, E.A. / Jakobi, A.J.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: PLoS Pathog / : 2025
タイトル: Enterovirus-like particles encapsidate RNA and exhibit decreased stability due to lack of maturation.
著者: Louis Kuijpers / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Yuzhen Feng / Wouter van den Braak / Abbas Freydoonian / Ramon Ramlal / Hugo Meiring / Belén Solano / Wouter H Roos / Arjen J Jakobi / Leo A ...著者: Louis Kuijpers / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Yuzhen Feng / Wouter van den Braak / Abbas Freydoonian / Ramon Ramlal / Hugo Meiring / Belén Solano / Wouter H Roos / Arjen J Jakobi / Leo A van der Pol / Nynke H Dekker /
要旨: To counteract hand, foot, and mouth disease-causing viruses such as enterovirus A71 and coxsackievirus A6, virus-like particles (VLPs) have emerged as a leading contender for the development of a ...To counteract hand, foot, and mouth disease-causing viruses such as enterovirus A71 and coxsackievirus A6, virus-like particles (VLPs) have emerged as a leading contender for the development of a multivalent vaccine. However, VLPs have shown rapid conversion from a highly immunogenic state to a less immunogenic state and low particle integrity lifetimes compared to inactivated virus vaccines, thus raising concerns about their overall stability. Here, we produce VLPs to investigate capsid stability using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), mass spectrometry (MS), biochemical assays, and atomic force microscopy (AFM). In contrast to prior studies and prevailing hypotheses, we show that insect-cell produced enterovirus VLPs include encapsidated RNA fragments with viral protein coding sequences. Our integrated approach reveals that CVA6 VLPs do not undergo viral maturation, in contrast to virions; that they can encapsidate RNA fragments, similarly to virions; and that despite the latter, they are more brittle than virions. Interestingly, this indicates that CVA6 VLP stability is more affected by lack of viral maturation than the presence of RNA. Our study highlights how the development of VLPs as vaccine candidates should encompass probing for unwanted (viral) RNA content and establishing control of their maturation to enhance stability.
履歴
登録2023年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,3433
ポリマ-95,3433
非ポリマー00
00
1
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
C: Genome polyprotein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,720,560180
ポリマ-5,720,560180
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
手法180-meric

-
要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 33422.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4
参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 35581.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 26338.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4
参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Coxsackievirus A6 virus-like particle / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量: 5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Coxsackievirus A6 (コクサッキーウイルス)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / : BTI-Tn-5B1-4
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
10.137 MSodium chlorideNaCl1
20.0027 MPotassium ChlorideKCl1
30.01 MSodium Phosphate DibasicNa2HPO41
40.0018 MPotassium phosphate monobasicKH2PO41
525 %(w/v)SucroseC12H22O111
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 18 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 20 K / 詳細: Blotting for 10 seconds from the carbon side

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 40000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 4.1 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 58.24 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1828
電子光学装置エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / : 3838 / : 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.1.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.1.1CTF補正
7Coot0.9.5モデルフィッティング
9cryoSPARC4.1.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.1.1分類
12cryoSPARC4.1.13次元再構成
13REFMAC5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 62219
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44582 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 130 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Average FSC
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 5yhq / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 5yhq

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-IDChain-ID
1AA
2BB
3CC
精密化解像度: 3.15→3.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / SU B: 11.874 / SU ML: 0.198 / ESU R: 0.3
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.24075 --
obs0.24075 51737 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 127.645 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 4875
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0090.0115017
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.0164606
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.521.6536859
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.51.56110605
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.2655615
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg19.813523
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg19.74310751
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0720.2764
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0080.025827
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.021189
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it17.54711.8842481
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other17.5311.8852481
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it24.67921.3613089
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other24.67521.3693090
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it21.6313.4862536
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other21.62513.4932537
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other29.92524.0153771
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined38.102146.5417186
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other38.101146.5417187
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.856 3854 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る