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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r6x | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a coxsackievirus A6 virus-like particle | ||||||
![]() | (Genome polyprotein) x 3 | ||||||
![]() | VIRUS LIKE PARTICLE / coxsackievirus / virus-like particle | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
![]() | Giannopoulou, E.A. / Jakobi, A.J. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Enterovirus-like particles encapsidate RNA and exhibit decreased stability due to lack of maturation. 著者: Louis Kuijpers / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Yuzhen Feng / Wouter van den Braak / Abbas Freydoonian / Ramon Ramlal / Hugo Meiring / Belén Solano / Wouter H Roos / Arjen J Jakobi / Leo A ...著者: Louis Kuijpers / Evdokia-Anastasia Giannopoulou / Yuzhen Feng / Wouter van den Braak / Abbas Freydoonian / Ramon Ramlal / Hugo Meiring / Belén Solano / Wouter H Roos / Arjen J Jakobi / Leo A van der Pol / Nynke H Dekker / ![]() ![]() 要旨: To counteract hand, foot, and mouth disease-causing viruses such as enterovirus A71 and coxsackievirus A6, virus-like particles (VLPs) have emerged as a leading contender for the development of a ...To counteract hand, foot, and mouth disease-causing viruses such as enterovirus A71 and coxsackievirus A6, virus-like particles (VLPs) have emerged as a leading contender for the development of a multivalent vaccine. However, VLPs have shown rapid conversion from a highly immunogenic state to a less immunogenic state and low particle integrity lifetimes compared to inactivated virus vaccines, thus raising concerns about their overall stability. Here, we produce VLPs to investigate capsid stability using cryogenic electron microscopy (cryo-EM), mass spectrometry (MS), biochemical assays, and atomic force microscopy (AFM). In contrast to prior studies and prevailing hypotheses, we show that insect-cell produced enterovirus VLPs include encapsidated RNA fragments with viral protein coding sequences. Our integrated approach reveals that CVA6 VLPs do not undergo viral maturation, in contrast to virions; that they can encapsidate RNA fragments, similarly to virions; and that despite the latter, they are more brittle than virions. Interestingly, this indicates that CVA6 VLP stability is more affected by lack of viral maturation than the presence of RNA. Our study highlights how the development of VLPs as vaccine candidates should encompass probing for unwanted (viral) RNA content and establishing control of their maturation to enhance stability. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 106.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 18968MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33422.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35581.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
#3: タンパク質 | 分子量: 26338.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: A0A0D3QLE1, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase |
Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus A6 virus-like particle / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 5 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 18 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 99 % / 凍結前の試料温度: 20 K / 詳細: Blotting for 10 seconds from the carbon side |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 40000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 4.1 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / 最高温度: 100 K / 最低温度: 100 K |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 58.24 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1828 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 62219 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44582 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 130 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Average FSC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 3D fitting-ID: 1 / Accession code: 5yhq / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 5yhq / Source name: PDB / タイプ: experimental model
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精密化 | 解像度: 3.15→3.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / SU B: 11.874 / SU ML: 0.198 / ESU R: 0.3 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.645 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 4875 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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