PDB-8r6o: Tubulin-4AZA2996 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r6o

タイトル

Tubulin-4AZA2996 complex

要素

Detyrosinated tubulin alpha-1B chain
Stathmin-4
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase / regulation of metaphase plate congression / tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Herman, J. / Vanstreels, E. / Bardiot, D. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Gao, L.-J. / Vercruysse, T. / Daems, T. / Waer, M. / Herdewijn, P. ...

資金援助

ベルギー,

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: 3-nitropyridine analogues as novel microtubule-targeting agents.
著者: Herman, J. / Vanstreels, E. / Bardiot, D. / Prota, A.E. / Gaillard, N. / Gao, L.J. / Vercruysse, T. / Persoons, L. / Daems, T. / Waer, M. / Herdewijn, P. / Louat, T. / Steinmetz, M.O. / De ...

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r6o.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r6o.ent.gz	738 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r6o_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r6o_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	8r6o_validation.xml.gz	94.2 KB	表示
CIF形式データ	8r6o_validation.cif.gz	118.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4i4tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Detyrosinated tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.327, 158.182, 182.681
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Detyrosinated tubulin alpha-1B chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 器官: BRAIN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8V0Z8P0

-
非ポリマー , 8種, 358分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-RME / N6-(4-methylpyridin-2-yl)-N2-(2-morpholinoethyl)-3-nitropyridine-2,6-diamine / ~{N}6-(4-methylpyridin-2-yl)-~{N}2-(2-morpholin-4-ylethyl)-3-nitro-pyridine-2,6-diamine 分子量: 358.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂N₆O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 4% PEG 4K, 10% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.2 Å / Num. obs: 287043 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 49.15 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09849 / R_pim(I) all: 0.06235 / R_rim(I) all: 0.1171 / Net I/σ(I): 10.56
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / R_merge(I) obs: 2.133 / Num. unique obs: 14872 / CC_1/2: 0.178 / R_pim(I) all: 1.354 / R_rim(I) all: 2.537

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.2→48.2 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 28.7428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.233	14321	4.99 %
R_work	0.208	272722	-
obs	0.2093	287043	95.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17102	0	223	342	17667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0016	17729
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4636	24044
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0393	2618
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0024	3110
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9729	6550

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.23	0.398	417	0.3877	8029	X-RAY DIFFRACTION	84.99
2.23-2.25	0.3829	493	0.3751	9362	X-RAY DIFFRACTION	98.66
2.25-2.28	0.3814	493	0.3694	9317	X-RAY DIFFRACTION	98.49
2.28-2.31	0.3767	494	0.3623	9339	X-RAY DIFFRACTION	98.84
2.31-2.34	0.3649	484	0.3534	9370	X-RAY DIFFRACTION	98.57
2.34-2.37	0.3656	493	0.3467	9357	X-RAY DIFFRACTION	98.54
2.37-2.4	0.3387	493	0.342	9326	X-RAY DIFFRACTION	97.99
2.4-2.44	0.3572	478	0.3429	9245	X-RAY DIFFRACTION	97.76
2.44-2.48	0.3511	478	0.3281	9152	X-RAY DIFFRACTION	97.35
2.48-2.52	0.3423	485	0.3207	9290	X-RAY DIFFRACTION	97.47
2.52-2.56	0.3415	481	0.3101	9244	X-RAY DIFFRACTION	97.71
2.56-2.61	0.3285	485	0.296	9273	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.61-2.66	0.3117	476	0.285	9107	X-RAY DIFFRACTION	96.24
2.66-2.71	0.3484	479	0.2859	8951	X-RAY DIFFRACTION	94.4
2.71-2.77	0.294	445	0.2739	8558	X-RAY DIFFRACTION	90.43
2.77-2.84	0.2892	453	0.2647	8563	X-RAY DIFFRACTION	90.46
2.84-2.91	0.2957	452	0.2584	8797	X-RAY DIFFRACTION	93
2.91-2.99	0.3053	424	0.2581	8313	X-RAY DIFFRACTION	87.91
2.99-3.07	0.252	484	0.2298	9069	X-RAY DIFFRACTION	95.48
3.07-3.17	0.2461	497	0.2121	9477	X-RAY DIFFRACTION	99.38
3.17-3.29	0.2206	495	0.2086	9440	X-RAY DIFFRACTION	99.5
3.29-3.42	0.2283	495	0.1978	9331	X-RAY DIFFRACTION	99.2
3.42-3.57	0.2228	492	0.1903	9383	X-RAY DIFFRACTION	98.78
3.57-3.76	0.2103	503	0.1788	9384	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.76-4	0.1924	489	0.1618	9277	X-RAY DIFFRACTION	98.44
4-4.31	0.1785	499	0.1562	9306	X-RAY DIFFRACTION	98.39
4.31-4.74	0.1595	477	0.1402	9137	X-RAY DIFFRACTION	96.26
4.74-5.42	0.1878	457	0.1565	8593	X-RAY DIFFRACTION	90.78
5.42-6.83	0.1933	453	0.1756	8704	X-RAY DIFFRACTION	91.96
6.83-48.2	0.1785	477	0.1572	9028	X-RAY DIFFRACTION	95.13

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.49838763207	-0.043743275953	-0.126777070347	3.39361985843	1.35524247729	3.01456259611	0.0518439967204	0.174293384567	0.110270959466	-0.304481877214	0.328398474824	-0.439238849014	-0.612021099458	0.501088363094	-0.321758764794	0.482339203601	-0.0969982220626	0.104103347042	0.510999326708	-0.172550591669	0.496407363021	29.2610547555	87.0516329851	55.3970846573
2	1.5797927867	1.07671233339	-0.256380621004	3.74214615315	1.44989376914	5.57955705495	0.316801345735	-0.360216768129	0.109986194995	0.22624095449	-0.150409080008	0.486118622423	-0.126023723052	-0.523797389837	-0.0710847542636	0.45694951855	-0.00716306426308	0.0854319411135	0.377827052812	-0.143126473079	0.459791093205	14.6135729316	84.7610282539	71.346026508
3	0.93085571952	0.292670216379	0.97099256597	4.58801100284	1.15700636718	1.15791799615	-0.0563568944993	-0.258365417755	0.123551488019	1.15243874983	0.0143112988321	0.569544968348	-0.163059819195	-0.0363002645153	0.00437864494207	0.789283752593	0.0404844581336	0.162156000815	0.465193029101	-0.146335896106	0.492527266434	17.7382225353	87.8126566349	81.0729374408
4	0.893512220897	-0.119366352163	-0.370552833291	3.71782693659	1.73120204235	3.05445649291	-0.0191298268051	-0.0676715862282	-0.120013796868	0.68249101359	0.22148744949	-0.0754585956425	0.296357134482	0.487619064473	-0.217853238888	0.388404644806	0.0378825787576	-0.0382415993872	0.454328206274	-0.107997677306	0.429581822821	25.1399208752	74.0027063395	67.0523005881
5	5.17640633729	-2.1657432362	-0.0870348342147	2.92029368565	0.809786273587	4.56201742422	-0.0112082055325	0.1548933963	0.86588927864	-0.469752441115	-0.0477105287454	0.057480430219	-1.13025300197	-0.16364361276	0.0556941976303	0.64121336305	0.0514736507636	0.0181989265076	0.408993323483	-0.0277712120588	0.564725372469	15.5726768084	73.3612924212	21.7910306604
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28	3.4715404821	0.324110207318	3.00279755849	4.01173107762	-2.12782623335	4.06306888372	-0.186810156137	-0.940124616615	0.209107040041	0.431872570598	-0.252559194975	-0.316134067454	-0.170064998201	1.45032518821	0.134263656229	0.900125176319	0.327376037504	0.0471485792982	1.18368957343	0.162652103937	0.659598541317	12.9247846236	65.5783404477	102.702143275
29	1.14162525504	0.622984341928	-0.353201501449	1.19248874345	0.0628872241534	2.0769336596	-0.265684240296	-0.738823247509	-1.18442134733	0.767185359651	0.0566225808191	-0.722877445562	1.22549485848	1.30699659875	0.367829774521	1.42278653505	0.52572097053	0.114277917107	1.14103473313	0.444495304171	1.16455971823	9.89235049966	51.2648051903	105.49671771
30	1.40003352221	-0.199499190392	-1.00596326626	1.52208622037	-0.375490267329	1.41197743557	-0.722158832913	-0.240364368828	-1.13926787122	0.380895855748	0.179448443475	-0.18636809251	1.29849688263	0.347696472131	0.494222396295	1.61723175514	0.179784268174	0.403748629571	0.757178024558	0.18470020517	1.26349064345	-1.2590020872	45.8609000911	99.4449240829
31	3.63067395556	0.285429510449	-2.88961789397	0.927999316587	0.248464815636	4.27780558993	-0.419294049109	-0.409707443917	-0.507110193569	0.294440945095	0.218453452651	0.0698461293596	0.809367290192	0.169898937906	0.115203875969	0.889341326703	0.164341992991	0.124562102112	0.475237550607	0.0800083773798	0.594425051058	0.584833865288	61.7631458892	93.0155533127
32	4.32067752509	0.132147778805	-2.12029464478	1.90792242909	-0.253464772472	5.8234956417	-0.470937691642	0.771181841726	-0.760036910824	-0.185394377161	0.301361234192	0.385551040323	0.937412982118	-0.908490532487	0.298219850859	0.764138385633	-0.159605984075	0.148311523147	0.752884670633	-0.0624332112662	0.768585942357	-7.3783647705	57.1874567563	79.5034166888

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 259 )	A	A	1 - 259	1 - 259
2	2	chain 'A' and (resid 260 through 306 )	A	A	260 - 306	260 - 306
3	3	chain 'A' and (resid 307 through 338 )	A	A	307 - 338	307 - 342
4	4	chain 'A' and (resid 339 through 437 )	A	A	339 - 437	343 - 441
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 64 )	B	E	1 - 64	1 - 62
6	6	chain 'B' and (resid 65 through 88 )	B	E	65 - 88	63 - 86
7	7	chain 'B' and (resid 89 through 127 )	B	E	89 - 127	87 - 125
8	8	chain 'B' and (resid 128 through 243 )	B	E	128 - 243	126 - 241
9	9	chain 'B' and (resid 244 through 273 )	B	E	244 - 273	242 - 271
10	10	chain 'B' and (resid 274 through 311 )	B	E	274 - 311	272 - 309
11	11	chain 'B' and (resid 312 through 338 )	B	E	312 - 338	310 - 336
12	12	chain 'B' and (resid 339 through 401 )	B	E	339 - 401	337 - 391
13	13	chain 'B' and (resid 402 through 438 )	B	E	402 - 438	392 - 428
14	14	chain 'C' and (resid 1 through 199 )	C	K	1 - 199	1 - 203
15	15	chain 'C' and (resid 200 through 311 )	C	K	200 - 311	204 - 317
16	16	chain 'C' and (resid 312 through 372 )	C	K	312 - 372	318 - 380
17	17	chain 'C' and (resid 373 through 440 )	C	K	373 - 440	381 - 448
18	18	chain 'D' and (resid 1 through 88 )	D	O	1 - 88	1 - 86
19	19	chain 'D' and (resid 89 through 243 )	D	O	89 - 243	87 - 241
20	20	chain 'D' and (resid 244 through 295 )	D	O	244 - 295	242 - 284
21	21	chain 'D' and (resid 296 through 399 )	D	O	296 - 399	285 - 380
22	22	chain 'D' and (resid 400 through 441 )	D	O	400 - 441	381 - 422
23	23	chain 'E' and (resid 6 through 20 )	E	S	6 - 20	1 - 15
24	24	chain 'E' and (resid 21 through 46 )	E	S	21 - 46	16 - 26
25	25	chain 'E' and (resid 47 through 141 )	E	S	47 - 141	27 - 121
26	26	chain 'F' and (resid 1 through 66 )	F	T	1 - 66	1 - 66
27	27	chain 'F' and (resid 67 through 83 )	F	T	67 - 83	67 - 83
28	28	chain 'F' and (resid 84 through 144 )	F	T	84 - 144	84 - 103
29	29	chain 'F' and (resid 145 through 207 )	F	T	145 - 207	104 - 150
30	30	chain 'F' and (resid 208 through 275 )	F	T	208 - 275	151 - 218
31	31	chain 'F' and (resid 276 through 339 )	F	T	276 - 339	219 - 282
32	32	chain 'F' and (resid 340 through 380 )	F	T	340 - 380	283 - 314

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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