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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r6a | ||||||
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タイトル | DTX1 WWE domain in complex with ADP bound to WWE1 | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase DTX1 | ||||||
キーワード | LIGASE / WWE domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of T cell differentiation / regulation of Notch signaling pathway / glial cell differentiation / Notch binding / T cell differentiation / negative regulation of neuron differentiation / Notch signaling pathway / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cellular response to leukemia inhibitory factor / RING-type E3 ubiquitin transferase ...negative regulation of T cell differentiation / regulation of Notch signaling pathway / glial cell differentiation / Notch binding / T cell differentiation / negative regulation of neuron differentiation / Notch signaling pathway / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cellular response to leukemia inhibitory factor / RING-type E3 ubiquitin transferase / SH3 domain binding / ubiquitin protein ligase activity / transcription coactivator activity / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / nuclear body / protein ubiquitination / DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Muenzker, L. / Zak, K.M. / Boettcher, J. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: A ligand discovery toolbox for the WWE domain family of human E3 ligases. 著者: Munzker, L. / Kimani, S.W. / Fowkes, M.M. / Dong, A. / Zheng, H. / Li, Y. / Dasovich, M. / Zak, K.M. / Leung, A.K.L. / Elkins, J.M. / Kessler, D. / Arrowsmith, C.H. / Halabelian, L. / Bottcher, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r6a.cif.gz | 102 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r6a.ent.gz | 62.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r6a.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6a | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: ens_1
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999996780043, 0.00233841971642, 0.000985746729775), (-0.00233750537461, -0.999996837719, 0.000927696442905), (0.00098791295622, 0.000925389267484, 0.999999083841) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.999996780043, 0.00233841971642, 0.000985746729775), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19400.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DTX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86Y01 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.33 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 25 % v/v PEG MME 350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→68.68 Å / Num. obs: 15556 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.25 % / Biso Wilson estimate: 38.07 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.25 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å / Num. unique obs: 892 / CC1/2: 0.69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→53.03 Å / SU ML: 0.4693 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.3459 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→53.03 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.627279058513 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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