PDB-8r5w: Crystal structure of the three anaphylatoxin-like modules in fibulin-2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r5w

タイトル

Crystal structure of the three anaphylatoxin-like modules in fibulin-2

要素

Fibulin-2

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Extracellular matrix / Fibulins / anaphylatoxin-like

機能・相同性

機能・相同性情報

Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2024
タイトル: Biophysical and structural studies of fibulin-2.
著者: Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W.

履歴

登録	2023年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年7月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r5w.cif.gz	332.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r5w.ent.gz	274.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r5w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r5w_validation.pdf.gz	495.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r5w_full_validation.pdf.gz	506.3 KB	表示
XML形式データ	8r5w_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	8r5w_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (9) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fibulin-2

B: Fibulin-2

C: Fibulin-2

D: Fibulin-2

E: Fibulin-2

F: Fibulin-2

G: Fibulin-2

H: Fibulin-2

111 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Static light scattering was done to show that the molecule forms a dimer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.680, 34.510, 106.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fibulin-2 分子量: 13832.585 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fbln2 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: P37889
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 28.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M potassium nitrate, 2 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.97→48.8 Å / Num. obs: 54442 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.9993 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2700 / CC_1/2: 0.329 / % possible all: 99.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0419	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→48.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 20.487 / SU ML: 0.236 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.424 / ESU R Free: 0.28 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29742	1998	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24279	-	-	-
obs	0.24544	37274	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.605 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.79 Å²	0 Å²	0.47 Å²
2-	-	0.9 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6449	0	0	108	6557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	6624
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.532	1.817	8921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.529	1.78	13869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.13	5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.217	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.696	10	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	958
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7862
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.143	4.003	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.143	4.003	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.114	7.141	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.114	7.143	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.166	4.728	3150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.162	4.727	3149
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.026	8.443	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.692	50.58	7452
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.695	50.49	7443
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	120	-
R_work	0.329	2740	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8222	-0.5648	1.1765	0.8234	-0.4993	1.5614	-0.0227	-0.0658	0.0487	0.0371	0.025	0.0993	-0.0902	-0.1186	-0.0023	0.1028	-0.0216	0.0109	0.0835	0.0108	0.1728	40.2223	0.5267	18.9084
2	2.3118	-1.1062	1.2645	1.1515	-1.1201	3.1322	0.0001	0.0119	0.0591	-0.0791	0.0654	0.0122	-0.0531	-0.0308	-0.0655	0.0611	-0.0162	-0.0167	0.0716	-0.0281	0.095	49.6637	1.5416	9.4122
3	2.2341	1.4513	1.2389	2.4292	1.8689	3.0267	0.0489	0.0002	0.0176	-0.0249	-0.0025	-0.0893	-0.0881	0.005	-0.0464	0.0103	0.0104	0.0166	0.1099	0.0123	0.0651	75.6734	16.6849	44.3645
4	1.4353	1.1096	0.9619	1.7662	1.3541	2.0917	-0.0105	0.035	-0.07	-0.1251	0.0275	-0.201	-0.0736	0.0062	-0.017	0.0859	0.0344	0.063	0.1324	0.0101	0.2104	86.2786	16.169	36.1116
5	1.5512	-0.5622	1.2177	0.7599	-0.7947	1.5886	-0.0763	-0.0782	0.0015	0.0617	0.0803	0.053	-0.1278	-0.1494	-0.0041	0.1417	-0.0182	0.0339	0.1653	-0.0493	0.1705	62.1012	0.1142	72.9264
6	2.3746	-0.8172	0.8835	1.5139	-1.0756	2.3377	-0.0166	0.0127	0.0978	-0.0139	0.0234	-0.1058	-0.0547	0.0282	-0.0068	0.0429	-0.0226	-0.0004	0.1254	-0.0755	0.0624	71.3755	0.4033	63.0876
7	2.3175	1.0123	0.9523	1.6988	1.5166	3.0211	0.0024	0.0609	-0.0099	-0.0365	0.0478	-0.0122	-0.1302	-0.0206	-0.0502	0.0154	0.0177	-0.0001	0.0476	0.0372	0.091	98.3336	16.0437	97.3747
8	1.5441	0.8359	0.369	1.6467	1.0839	2.334	-0.0877	0.023	0.0334	-0.0584	0.0322	-0.0011	-0.022	0.2385	0.0554	0.0937	0.0372	0.0447	0.1158	0.0093	0.1582	108.992	16.3421	88.9117

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	419 - 545
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	427 - 545
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	427 - 545
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	423 - 544
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	419 - 544
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	427 - 545
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	427 - 545
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	426 - 544

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