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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r5w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the three anaphylatoxin-like modules in fibulin-2 | ||||||
![]() | Fibulin-2 | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Extracellular matrix / Fibulins / anaphylatoxin-like | ||||||
機能・相同性 | ![]() Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix binding / positive regulation of cell-substrate adhesion / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Biophysical and structural studies of fibulin-2. 著者: Sohail, A.A. / Koski, M.K. / Ruddock, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 332.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 274.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 495.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13832.585 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.65 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M potassium nitrate, 2 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年1月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→48.8 Å / Num. obs: 54442 / % possible obs: 99.87 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.9993 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 2700 / CC1/2: 0.329 / % possible all: 99.93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.605 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→48.8 Å
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拘束条件 |
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