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万見
- PDB-8r5e: JNK1 covalently bound to RU77 cyclohexenone based inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r5e
タイトルJNK1 covalently bound to RU77 cyclohexenone based inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードSIGNALING PROTEIN / MAPK / MAP kinase / Kinase / Inhibitor / Covalent Inhibitor / c-Jun N-terminal kinases
機能・相同性
機能・相同性情報


JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity ...JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / basal dendrite / Activation of BMF and translocation to mitochondria / Interleukin-38 signaling / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / Activation of BIM and translocation to mitochondria / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / Activation of the AP-1 family of transcription factors / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / energy homeostasis / peptidyl-threonine phosphorylation / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / response to mechanical stimulus / negative regulation of protein binding / response to UV / stress-activated MAPK cascade / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK cascade / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / cellular response to amino acid starvation / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to reactive oxygen species / FCERI mediated MAPK activation / cellular response to mechanical stimulus / regulation of circadian rhythm / peptidyl-serine phosphorylation / histone deacetylase binding / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / cellular senescence / rhythmic process / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / MAPK cascade / regulation of protein localization / cellular response to lipopolysaccharide / cellular response to oxidative stress / response to oxidative stress / Oxidative Stress Induced Senescence / protein phosphatase binding / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / Mitogen-activated protein kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sok, P. / Poti, A. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeKKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The covalent coordination of cyclohexenone inhibitors in the MAP kinase docking groove
著者: Poti, A. / Sok, P. / Remenyi, A.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9505
ポリマ－42,0331
非ポリマー9174
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, JNK 163CYS is covalently linked to RU77 C3 carbon atom
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16770 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)65.341, 75.249, 82.869
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated ...MAP kinase 8 / MAPK 8 / JNK-46 / Stress-activated protein kinase 1c / SAPK1c / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1


分子量: 42032.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The dephosphorylated inactive JNK1-beta-1 kinase with RU77 covalent inhibitor at the kinase docking groove
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8, SAPK1, SAPK1C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase

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非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-Y6K / ~{O}3-~{tert}-butyl ~{O}1-methyl (1~{S},3~{R},5~{R})-6-methylidene-4-oxidanylidene-bicyclo[3.2.1]octane-1,3-dicarboxylate


分子量: 294.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 % / 解説: Long rods
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 8% PEG 20000 , 0,1 M HEPES pH 7.5, 10% MPD, and as reservoir 1.25 M NaCl was used

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.697→65.341 Å / Num. obs: 34746 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible all
1.697-1.8488.11.3531.71217370.761167.6
1.848-1.9129.752.20717380.79276.15
1.912-1.9619.872.43817370.824688.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→55.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 5.911 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22161 2001 5.8 %RANDOM
Rwork0.17449 ---
obs0.17719 32690 75.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.106 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→55.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2844 0 59 120 3023
拘束条件タイプ: r_bond_refined_d / Dev ideal: 0.007 / Dev ideal target: 0.012 / 数: 2993
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.741 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.552 10 -
Rwork0.351 161 -
obs--5.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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