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- PDB-8r58: The RSK 2 N-terminal kinase domain in complex with BMF (1-19) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r58
タイトルThe RSK 2 N-terminal kinase domain in complex with BMF (1-19)
要素
  • Bcl-2-modifying factor
  • Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / RSK / Bcl-2-modifying factor / BMF / VF-motif / AGC kinase / Ribosomal s6 kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / anoikis ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / TORC1 signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / anoikis / myosin complex / toll-like receptor signaling pathway / ERK/MAPK targets / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / Recycling pathway of L1 / negative regulation of autophagy / central nervous system development / skeletal system development / positive regulation of cell differentiation / positive regulation of protein-containing complex assembly / cellular response to UV / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / response to lipopolysaccharide / chemical synaptic transmission / mitochondrial outer membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bcl-2-modifying factor / Bcl-2-modifying factor, apoptosis / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...Bcl-2-modifying factor / Bcl-2-modifying factor, apoptosis / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3, C-terminal catalytic domain / Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-QCT / Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / Bcl-2-modifying factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Sok, P. / Remenyi, A.
資金援助 ハンガリー, 1件
組織認可番号国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeKKP 126963 ハンガリー
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A new kinase docking system for RSK AGC kinase domain
著者: Alexa, A. / Sok, P. / Remenyi, A.
履歴
登録2023年11月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase alpha-3
B: Bcl-2-modifying factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1184
ポリマ－38,5772
非ポリマー5402
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area13450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.309, 88.256, 39.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

GOL

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase alpha-3 / S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated ...S6K-alpha-3 / 90 kDa ribosomal protein S6 kinase 3 / p90-RSK 3 / p90RSK3 / Insulin-stimulated protein kinase 1 / ISPK-1 / MAP kinase-activated protein kinase 1b / MAPK-activated protein kinase 1b / MAPKAP kinase 1b / MAPKAPK-1b / Ribosomal S6 kinase 2 / RSK-2 / pp90RSK2


分子量: 36338.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal kinase domain of the Ribosomal s6 kinase 2
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KA3, ISPK1, MAPKAPK1B, RSK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P51812, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Bcl-2-modifying factor


分子量: 2239.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide derived from the Bcl-2-modifying factor (1-19)
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96LC9
#3: 化合物 ChemComp-QCT / 2-(3,4-dihydroxyphenyl)-5,7-dihydroxy-4-oxo-4H-chromen-3-yl 6-deoxy-alpha-L-mannopyranoside / quercitrin / クエルシトリン


分子量: 448.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H20O11
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.36 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 550, 0,1M Tris pH 8.5, 10% isopropanol, 1.25 M NaCl as reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.308→88.256 Å / Num. obs: 7716 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 12.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obs
2.308-2.49611.71.63870.36961.8
2.496-2.60812.81.8573860.477975.81.618
2.608-2.72112.872.3073860.720275.31.318
2.721-2.8312.653.1323860.830477.220.971
2.83-2.94212.723.3733860.884477.51
2.942-3.05812.213.4263850.915581.910.972
3.058-3.16913.343.6483870.922689.150.932

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
STARANISOデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.31→44.13 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.12 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Data was anisotropic, elipsoid truncation and anisotropic correction was used by STARANISO server
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 767 9.98 %
Rwork0.2349 --
obs0.2376 7685 58.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→44.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 38 6 2364
拘束条件タイプ: f_plane_restr / Dev ideal: 0.006 / 数: 416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.490.3718350.3199322X-RAY DIFFRACTION14
2.49-2.740.3943890.3279771X-RAY DIFFRACTION34
2.74-3.130.34281270.29261218X-RAY DIFFRACTION52
3.13-3.940.26542400.23592129X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.83641.155-0.50315.966-2.37839.4702-0.2010.9756-1.3612-0.78290.08140.84040.9314-0.08670.46070.40730.0629-0.02460.8386-0.08620.7967-28.23550.8611-12.0897
211.71350.38820.40714.32813.29588.5497-0.4363-0.4253-0.06410.12710.18050.2966-0.3232-0.00540.1710.35170.168-0.05640.39040.09380.1889-17.56437.4061-3.4714
36.6124-0.9038-1.90185.5090.05325.3359-0.3386-1.06421.44430.25650.5904-0.9586-0.35350.1742-0.15010.3370.0848-0.08180.5462-0.33370.4885-5.3516.7520.1773
45.5450.45790.86083.031-0.0810.1248-1.6711-1.26940.2188-2.11130.39670.6749-0.0434-0.0310.55041.09220.0562-0.01910.4377-0.3151.68934.369627.2875-4.3069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 49 through 109 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 110 through 231 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 232 through 348 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 17 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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