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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r56 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of GH31 family Sulfoquinovosidase BmSQase in covalent complex with SQ-aziridine (SQZ) | ||||||
![]() | Glycosyl hydrolase, family 31 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Glycoside hydrolase / CAZy family 31 / sulfoquinovose / activity-based probe | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sharma, M. / Davies, G.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Detection of Sulfoquinovosidase Activity in Cell Lysates Using Activity-Based Probes. 著者: Li, Z. / Pickles, I.B. / Sharma, M. / Melling, B. / Pallasdies, L. / Codee, J.D.C. / Williams, S.J. / Overkleeft, H.S. / Davies, G.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 539.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 438 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 93.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80491.523 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: BMQ_3646 / プラスミド: pEt28a(+) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-Y2W / [( 分子量: 241.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: A crystal of BmSQase was grown using a 30 mg mL-1 protein solution in buffer C, 0.15 uL protein. 0.15 uL mother liquor, the latter comprising 0.2 M KSCN and 20% w/v PEG (polyethylene glycol) ...詳細: A crystal of BmSQase was grown using a 30 mg mL-1 protein solution in buffer C, 0.15 uL protein. 0.15 uL mother liquor, the latter comprising 0.2 M KSCN and 20% w/v PEG (polyethylene glycol) 3350 in 0.1 M Bis-TRIS propane buffer pH 7.5. A stock solution of 1 was prepared at 10 mM in mother liquor. Crystals were soaked for 5 min with 0.3 ul of 1 to a final concentration of 3 mM. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97624 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→74.99 Å / Num. obs: 102876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.08 / Rrim(I) all: 0.212 / Χ2: 1.11 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 737059 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.49 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.174 / Num. measured all: 36181 / Num. unique obs: 5135 / CC1/2: 0.637 / Rpim(I) all: 0.474 / Rrim(I) all: 1.267 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I) obs: 2.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.234 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.45→62.55 Å
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拘束条件 |
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